隨著人們對畜禽產(chǎn)品的要求不斷提高,優(yōu)質(zhì)雞的生產(chǎn)成為畜禽產(chǎn)業(yè)工作者的重點目標之一。優(yōu)質(zhì)雞除了要求肉品質(zhì)本身營養(yǎng)物質(zhì)含量,風(fēng)味物質(zhì)以及口感等方面的要求,另外還需要具備特有的包裝性狀。質(zhì)量性狀將成為地方優(yōu)質(zhì)雞的天然標識,能夠起到防偽標識的作用。對于家禽來說,與色素相關(guān)的質(zhì)量性狀有脛色和膚色等。為了建立優(yōu)質(zhì)雞育種黑色素相關(guān)性狀的分子標記輔助選擇技術(shù)（MAS）,本文基于集群分離分析法利用目標區(qū)域捕獲測序技術(shù)對雞真皮黑色素抑制基因進行定位,并對雞青脛和烏膚性狀進行了分子標記鑒定和位點的多態(tài)性分析,建立了分子標記輔助選擇體系。本研究獲得以下主要研究結(jié)果:試驗一目標區(qū)域捕獲測序技術(shù)定位雞真皮黑色素抑制基因利用固始雞-安卡雞F2資源群體,建立脛色表型極端DNA混池——黃脛DNA混池和青脛DNA混池,采用目標序列捕獲測序技術(shù),以Chr Z 67.1-72.3 Mb為核心區(qū)域的10 Mb區(qū)間,對黃脛DNA混池和青脛DNA混池,分別進行了200×深度測序。對青脛DNA混池和黃脛DNA混池進行測序得到的SNP等突變位點進行SHOREmap分析和差異位點分析,定位雞真皮黑色素抑制基因的區(qū)間位于雞Z染色體的71.5... 

【文章來源】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)河南省

【文章頁數(shù)】：107 頁

【學(xué)位級別】：博士

【文章目錄】：
致謝
Abstract
摘要
1 文獻綜述
    1.1 雞黑色素相關(guān)的質(zhì)量性狀的基因定位研究進展
        1.1.1 雞脛色性狀的定位
        1.1.2 膚色性狀的定位
        1.1.3 白羽性狀的定位
    1.2 黑色素的研究進展
        1.2.1 黑色素細胞的起源、分化與形成
        1.2.2 黑色素的產(chǎn)生、運輸及沉積
    1.3 集群分離分析法
        1.3.1 集群分離分析法的原理和方法
        1.3.2 集群分離分析法的應(yīng)用
        1.3.3 構(gòu)建DNA混池的注意事項
    1.4 新一代測序技術(shù)
        1.4.1 新一代測序技術(shù)的原理
        1.4.2 目標序列捕獲
        1.4.3 目標序列捕獲測序技術(shù)的應(yīng)用
    1.5 拷貝數(shù)變異及其檢測方法
        1.5.1 家禽拷貝數(shù)變異的研究進展
        1.5.2 拷貝數(shù)變異的檢測方法
    1.6 分子標記及其研究方法
        1.6.1 分子標記的發(fā)展
        1.6.2 單核苷酸多態(tài)性
2 引言
    2.1 雞質(zhì)量性狀研究的重要性.
    2.2 本研究的目的、意義及主要研究內(nèi)容
3 目標區(qū)域捕獲測序技術(shù)定位雞真皮黑色素抑制基因
    3.1 材料與方法
        3.1.1 試驗樣品采集和DNA混池的構(gòu)建
        3.1.2 目標區(qū)域捕獲試劑盒的定制
        3.1.3 混池文庫的構(gòu)建
        3.1.4 目標區(qū)域捕獲測序
        3.1.5 測序數(shù)據(jù)的處理
        3.1.6 定位雞真皮黑色素抑制基因
    3.2 結(jié)果與分析
        3.2.1 混池文庫的構(gòu)建
        3.2.2 捕獲測序結(jié)果
        3.2.3 測序數(shù)據(jù)的Mapping
        3.2.4 測序結(jié)果的SNV和In Del分析
        3.2.5 SHOREmap分析
        3.2.6 青脛DNA混池和白脛DNA混池的差異位點篩選與分析
        3.2.7 不同脛色混池的基因型頻率和基因型頻率比值
    3.3 結(jié)論與討論
        3.3.1 基于集群分離分析法構(gòu)建F2極端表型混池
        3.3.2 目標區(qū)域捕獲測序定位基因
        3.3.3 基因型頻率和基因型頻率比值
    3.4 本章小結(jié)
4 雞真皮黑色素抑制基因的候選基因確定
    4.1 材料與方法
        4.1.1 試驗動物
        4.1.2 試驗方法
    4.2 結(jié)果與分析
        4.2.1 雞真皮黑色素抑制基因的位置候選基因
        4.2.2 差異位點的基因分型
        4.2.3 差異位點基因型與脛色的關(guān)聯(lián)分析
        4.2.4 雞脛色性狀的分子標記
        4.2.5 位置候選基因的生物信息學(xué)分析
        4.2.6 位置候選基因的組織表達分析
    4.3 結(jié)論與討論
    4.4 本章小結(jié)
5 雞烏膚性狀原因突變的驗證與分子標記開發(fā)
    5.1 材料與方法
        5.1.1 試驗動物及樣品采集
        5.1.2 試驗方法
        5.1.3 試驗數(shù)據(jù)的處理
    5.2 結(jié)果與分析
        5.2.1 標準曲線的制作
        5.2.2 不同膚色的雞種在EDN3位點的相對拷貝數(shù)
        5.2.3 絲羽烏骨雞與淅川烏骨雞在EDN3位點的相對拷貝數(shù)
        5.2.4 不同基因型個體在EDN3位點的相對拷貝數(shù)
    5.3 結(jié)論與討論
    5.4 本章小結(jié)
6 全文結(jié)論、需進一步研究的內(nèi)容及創(chuàng)新點
    6.1 全文結(jié)論
    6.2 需要進一步開展的工作
    6.3 創(chuàng)新點
參考文獻
附錄
作者簡介



本文編號：2976213