為了適應(yīng)高海拔地區(qū)的極端環(huán)境,高原動(dòng)物進(jìn)化出了一些典型的解剖學(xué)和生理學(xué)特征,包括更大的肺臟和心臟、遲鈍的缺氧性肺血管收縮、更大的血流量以及更強(qiáng)的代謝能力。近年來(lái),高海拔適應(yīng)性機(jī)制這個(gè)有趣的生物學(xué)問(wèn)題吸引了包括生理學(xué)家、遺傳學(xué)家等研究人員的關(guān)注。人們?cè)谛螒B(tài)學(xué)、解剖學(xué)、血液學(xué)、生理學(xué)和基因組學(xué)等層面對(duì)高海拔適應(yīng)性機(jī)制展開了大量研究,但少有研究關(guān)注小RNA在高海拔適應(yīng)性中的作用,特別是microRNAs在高海拔適應(yīng)性中的多物種比較分析。為了揭示農(nóng)業(yè)動(dòng)物高海拔適應(yīng)的分子機(jī)制,本研究利用小RNA轉(zhuǎn)錄組測(cè)序手段獲得了四個(gè)典型農(nóng)業(yè)動(dòng)物高低海拔群體的小RNA轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù),試圖探討四個(gè)動(dòng)物在高海拔適應(yīng)過(guò)程中miRNA參與機(jī)制的相似性,主要研究結(jié)果如下:（1）收集了雞、豬、牛和綿羊四個(gè)物種的高低海拔動(dòng)物,每個(gè)群體三個(gè)生物學(xué)重復(fù),采集心臟、肝臟、脾臟、肺臟、腎臟和肌肉六個(gè)組織。對(duì)141個(gè)樣本本進(jìn)行了小RNA文庫(kù)的構(gòu)建和測(cè)序,共獲得1.68 Gb的原始數(shù)據(jù),平均每個(gè)樣本11.90 Mb。經(jīng)過(guò)過(guò)濾,每個(gè)樣本平均產(chǎn)生11.41 Mb的高質(zhì)量數(shù)據(jù);使用miRDeep2軟件,在四個(gè)物種中分別鑒定了數(shù)量從323到596個(gè)... 

【文章來(lái)源】：四川農(nóng)業(yè)大學(xué)四川省 211工程院校

【文章頁(yè)數(shù)】：121 頁(yè)

【學(xué)位級(jí)別】：博士

【部分圖文】：

小RNA文庫(kù)構(gòu)建實(shí)驗(yàn)流程

圖 2. Orthologue 鑒定流程Figure 2. Workflow of orthologue identification成份分析（Principal Variance Component Analysis, PVC析使用 R 包里面的 pvca 軟件完成：ductor.org/packages/release/bioc/html/pvca.html。iRNA 鑒定、靶基因預(yù)測(cè)及功能富集分析 edgeR 軟件對(duì)特定物種和組織內(nèi)部高低海拔群體樣本之鑒定。當(dāng)校正后的 P 值≤ 0.05 時(shí)，我們鑒定此 miRNA的 miRNA�？煽康� miRNA 靶基因，我們使用基于序列匹配的軟件 T分析對(duì) miRNA 進(jìn)行了靶基因的鑒定。各個(gè)物種基因的 3le 91.0 Biomart 數(shù)據(jù)庫(kù)中下載。我們首先使用 Targetsc

圖 3. pSilencer 3.1-H1 neo 載體質(zhì)粒結(jié)構(gòu)圖（引自 Thermo Fisher Scientific 公司 3. The structure of pSilencer 3.1-H1 neo vector （quoted from Thermo Fisher Scien用NEB公司的T4連接酶將合成的黃牛和牦牛前體序列與線性pSilenc連接形成環(huán)狀重組質(zhì)粒，連接反應(yīng)體系與反應(yīng)程序如表 8。然后使用司的 Top10 感受態(tài)細(xì)胞，將重組質(zhì)粒轉(zhuǎn)化到感受態(tài)細(xì)胞內(nèi)。表 8. 連接反應(yīng)體系Table 8. Reaction system of coupled reaction試劑 用量T4 連接酶 Buffer 2 μLT4 連接酶 1 μL載體（pSilencer 3.1-H1 neo） 1 μL目的片段（Pri-miR-378）H2O3 μL13 μL


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