天祝白牦牛因其被毛純白而具有較高的利用價(jià)值,除生產(chǎn)肉、絨、毛、奶等產(chǎn)品外,也被當(dāng)作高原地區(qū)景觀動(dòng)物,被毛長短是影響其景觀價(jià)值的重要因素之一。本研究通過2b-RAD測(cè)序,利用一般線性模型和混合線性模型進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析,篩選與白牦牛被毛長短相關(guān)的多態(tài)位點(diǎn)和候選基因,并采用實(shí)時(shí)熒光定量PCR技術(shù)對(duì)候選基因進(jìn)行了驗(yàn)證,旨在尋找影響白牦牛被毛長短的分子標(biāo)記,為長毛型白牦牛的選育提供一定的理論依據(jù)。現(xiàn)得到如下結(jié)果:1.對(duì)60頭天祝白牦牛個(gè)體進(jìn)行2b-RAD測(cè)序,根據(jù)完整性80%,最小等位基因頻率(MAF)0.01為標(biāo)準(zhǔn)進(jìn)行過濾,獲得78732個(gè)多態(tài)性標(biāo)記。2.通過全基因組關(guān)聯(lián)分析,獲得了43個(gè)顯著相關(guān)SNP位點(diǎn)和8個(gè)候選基因:位于2號(hào)染色體上的FER基因,位于6號(hào)染色體上的DKK1基因,位于7號(hào)染色上的MST1基因,位于12號(hào)染色體上的ZFP36L1基因和PDGFD基因,位于24號(hào)染色體上的FGF5基因和LEF1基因,以及位于26號(hào)染色體上的BMP6基因。3.實(shí)時(shí)熒光定量PCR分析發(fā)現(xiàn),在正常個(gè)體中皮膚組織中,FGF5基因和DKK1基因表達(dá)量極顯著高于長毛型個(gè)體(P0.01),BMP6基因表達(dá)量顯著低于長毛型個(gè)體(P0.05)。LEF1、FER、MST1、ZFP36L1和PDGFD基因表達(dá)量差異不顯著(P0.05)。
【學(xué)位單位】：西北民族大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S823.85
【部分圖文】：

第二章 材料與方法2.1 材料2.1.1 試驗(yàn)樣品試驗(yàn)選取的 60 頭白牦牛來自甘肅省武威市天祝藏族自治縣松山鎮(zhèn)黑馬圈河，由天�？h牦牛繁育場提供。白牦牛年齡為 2-3 歲，飼養(yǎng)條件相同，健康狀況良好，樣本采集時(shí)間一致。主要采集對(duì)象毛長差異明顯的牦牛（如圖 2-1），表型數(shù)據(jù)見附錄�，F(xiàn)場使用抗凝管采集血樣，立即送回試驗(yàn)室進(jìn)行基因組 DNA 的提取。同時(shí)在長毛組和正常組中各選取三頭牦牛，分別采取體側(cè)皮膚組織，清洗后放入事先備好 RNAlater 的凍存管中，投入液氮罐帶回試驗(yàn)室進(jìn)行皮膚組織 RNA 的提取。

圖 2-2 2b-RAD 建庫測(cè)序流程Fig.2-2 The test process of 2b-RAD2.2.3.2 信息分析流程利用電子酶切從牦牛參考基因組中提取含有酶切識(shí)別位點(diǎn)的標(biāo)簽，作為參考序列；利用 SOAP[105]軟件（version2.21）將測(cè)序數(shù)據(jù)比對(duì)到參考序列上，利用最大似然法（ML）[106]對(duì)多態(tài)性位點(diǎn)進(jìn)行分型�；谏鲜龇治鏊�，進(jìn)行生物信息學(xué)分析，主要為全基因組關(guān)聯(lián)分析。具體分析流程如下（圖 2-3）：(1) 數(shù)據(jù)過濾：為保證后續(xù)數(shù)據(jù)分析結(jié)果的準(zhǔn)確性，將 Raw Reads 進(jìn)行過濾；(2) Enzyme Reads 提�。禾崛『忻盖凶R(shí)別位點(diǎn)的 Reads（Enzyme Reads）用于后續(xù)分析；(3) 數(shù)據(jù)比對(duì)：利用 SOAP 軟件將 Enzyme Reads 比對(duì)到構(gòu)建好的參考序列上；(4) SNP 分型：根據(jù)比對(duì)結(jié)果，利用最大似然法（ML）進(jìn)行分型；(5) SNP 注釋：使用 SnpEff 軟件對(duì)得到的 SNP 進(jìn)行注釋，以確定 SNP 在基因元件的位置、對(duì)氨基酸的變化影響。

圖 2-3 2b-RAD 生物信息學(xué)分析流程圖Fig.2-3 The main protocol of bioinformatics analysis2.2.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析對(duì)樣本進(jìn)行測(cè)序分析后，確定本研究最終獲得的總標(biāo)簽數(shù)目、樣品測(cè)序深度Unique 標(biāo)簽數(shù)目及 SNP 標(biāo)記數(shù)目。對(duì)獲得的遺傳信息進(jìn)行 SNP 注釋，進(jìn)行目標(biāo)性狀的全基因組關(guān)聯(lián)分析，研究顯著相關(guān)的 SNP 位點(diǎn)，挖掘影響不同白牦牛個(gè)體間被毛長短差異形成的功能基因。通過基于兩種不同的算法的統(tǒng)計(jì)軟件 EMMAX 和 PLINK 分別進(jìn)行 GWAS先用一般線性模型進(jìn)行分析（GLM），發(fā)現(xiàn)顯著關(guān)聯(lián)的位點(diǎn)，再采用混合線性模型（MLM）對(duì)目標(biāo)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析。以群體遺傳結(jié)構(gòu)為固定效應(yīng)，個(gè)體親緣關(guān)系為隨機(jī)效應(yīng)，以校正群體結(jié)構(gòu)和個(gè)體親緣關(guān)系的影響。關(guān)聯(lián)分析的模型為：= a + bx + g + e，（式中 Y 代表性狀表型值；a 代表性狀平均值；b 代表候選基因型和加性效應(yīng)；x 代表基因型矢量值（0，1，2），g 代表親緣關(guān)系效應(yīng)，e 代表隨
【參考文獻(xiàn)】

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8 梁育林;萬占全;;天祝白牦牛品種特征及資源保護(hù)措施[J];中國牧業(yè)通訊;2008年14期

9 吳克亮,李藏蘭,梁育林;天祝白牦牛產(chǎn)業(yè)發(fā)展的調(diào)查[J];中國畜牧雜志;2004年11期

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2 翟正曉;基于RAD簡化基因組測(cè)序技術(shù)的13種中國地方優(yōu)良雞品種SNPs多態(tài)性圖譜構(gòu)建及群體遺傳學(xué)分析[D];上海交通大學(xué);2014年

3 劉薇;DKK1轉(zhuǎn)基因體細(xì)胞克隆西藏小型豬的制備[D];南方醫(yī)科大學(xué);2013年

4 張愛花;天祝白牦牛資源現(xiàn)狀分析及保護(hù)利用對(duì)策研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2005年

本文編號(hào)：2849514