飼糧添加殼聚糖對仔鵝生產(chǎn)性能、腸道微生物組成的影響
【學(xué)位單位】:揚(yáng)州大學(xué)
【學(xué)位級別】:碩士
【學(xué)位年份】:2018
【中圖分類】:S835.5
【部分圖文】:
2.1基因組DNA提取結(jié)果??按照上述方法提取腸道微生物總DNA,并用DNA定量儀測定其濃度,1%??的瓊脂糖電泳檢測結(jié)果如圖5-1所示,得到的目的片段大小在2000bp左右,且??A、C、E組DNA的含量較高,完整性保存較好。E組呈現(xiàn)拖尾現(xiàn)象,說明有部??分DNA降解,但降解程度較小。??圖5-丨菌群總DNA瓊脂糖電泳??備注:1-A1?2-A2?3-A3?4-B1?5-B2?6-B3?7-C1?8-C2?9-C3??10-D1?11-D2?12-D3?13-El?14-E2?15-E3??2.2?PCR擴(kuò)增結(jié)果??微生物總的DNA經(jīng)16SrRNAV3區(qū)引物擴(kuò)增后采用2%濃度的瓊脂糖凝膠??進(jìn)行電泳檢測,結(jié)果如圖5-2所示,擴(kuò)增效果較好,均可得到約150?bp的PCR??產(chǎn)物,可以用于后續(xù)分析。??
為研宄樣品的物種組成多樣性,對所有樣品的有效序列進(jìn)行聚類分析,以??97%的一致性將序列聚類成為OTUs,然后對OTUs的代表序列進(jìn)行物種注釋。??如圖5-3所示,所有樣品共得到273360序列,其中A、B、C、D、E組總序列??即為有效序列分別為61058.、44936、58706、63203、45457用于0TU聚類后續(xù)??分析;分類的Tags數(shù)目分別為58277、43235、56986、60072、43751可用于構(gòu)??建OTUs并獲得注釋信息;每個(gè)腸道樣品的OTU數(shù)目表現(xiàn)出較高的豐度和多樣??性,所有樣品得到共得到5034個(gè)OTUs,單個(gè)樣品得到的OTUs數(shù)目分別為908、??1318、1042、858、918;特殊序列頻數(shù)為1,無法被聚類到OTUs,不用于后續(xù)??分析。??70000??mm?m?圓圍???SIKD0?II?pi??怠序列教??M?■〇〇?_丨?■分類序列??列?II?II?II?II?II?數(shù)??^?30000?II?II?IB?*?鐘_??mm?II?^?i?*.o;u教??-I?I?I?I?I??A?B?C?D?E??圖5-3樣品序列與OTU數(shù)目統(tǒng)計(jì)??2.4物種分布??
:ii:)y?;:?:;b^??圖5-2菌群16s?rRNA?V3區(qū)PCR擴(kuò)增??備注:1-A1?2-A2?3-A3?4-B1?5-B2?6-B3?7-C1?8-C2?9-C3??10-D1?11-D2?12-D3?13-El?14-E2?15-E3??2.3測序收獲水平??為研宄樣品的物種組成多樣性,對所有樣品的有效序列進(jìn)行聚類分析,以??97%的一致性將序列聚類成為OTUs,然后對OTUs的代表序列進(jìn)行物種注釋。??如圖5-3所示,所有樣品共得到273360序列,其中A、B、C、D、E組總序列??即為有效序列分別為61058.、44936、58706、63203、45457用于0TU聚類后續(xù)??分析;分類的Tags數(shù)目分別為58277、43235、56986、60072、43751可用于構(gòu)??建OTUs并獲得注釋信息;每個(gè)腸道樣品的OTU數(shù)目表現(xiàn)出較高的豐度和多樣??性,所有樣品得到共得到5034個(gè)OTUs,單個(gè)樣品得到的OTUs數(shù)目分別為908、??1318、1042、858、918;特殊序列頻數(shù)為1,無法被聚類到OTUs,不用于后續(xù)??分析。??70000??mm?m?圓圍???SIKD0?II?pi??怠序列教??M?■〇〇?_丨?
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