山羊是人類最早馴化的畜種之一,由于我國自然生態(tài)類型的多樣和人民對不同山羊產(chǎn)品的需求,山羊品種和遺傳資源非常豐富。我國有悠久的山羊飼養(yǎng)歷史,目前山羊飼養(yǎng)數(shù)量大,產(chǎn)品種類豐富,羊肉、絨、奶、板皮等羊產(chǎn)品產(chǎn)量也大,山羊養(yǎng)殖是我國重要的農(nóng)業(yè)經(jīng)濟來源之一,對滿足居民的消費需要,增加農(nóng)牧民收入有重要意義。然而,目前對山羊生長、繁殖等重要經(jīng)濟性狀的基礎(chǔ)研究非常不足,對具有優(yōu)良性狀的山羊品種選育工作進展緩慢。隨著高通量測序技術(shù)和分子生物學(xué)的發(fā)展,為從全基因組層面解析山羊經(jīng)濟性狀遺傳機理,并篩選經(jīng)濟性狀的相關(guān)候選分子標(biāo)記用于今后的分子標(biāo)記輔助選擇成為可能。材料與方法:本研究利用12個山羊個體(大足黑山羊,DBG,n=6;內(nèi)蒙古絨山羊,IMCG,n=6)全基因組重測序結(jié)果,以山羊基因組CHIR1.0版本為參考序列,通過SAMtools工具包過濾掉測序深度和比對質(zhì)量值較低的位點,從而進行全基因組范圍的插入缺失多態(tài)性(Insertion and Deletion,Indel)識別。然后將高質(zhì)量的Indels通過ANNOVAR進行功能注釋,并統(tǒng)計分析每條染色體上的Indels分布。變異比較分析首先得到每個群體共有Indels,然后比較分析群體特有的Indels,注釋到基因并篩選候選位點。對3個山羊品種(遺傳資源)(大足黑山羊,DBG,n=36;內(nèi)蒙古絨山羊,IMCG,n=65;合川白山羊,HWG,n=74)進行性能測定,并采集山羊組織樣品,提取DNA,通過Kompetitive Allele-Specific PCR(KASP)方法對候選Indels進行分型,并作群體遺傳學(xué)分析;最后用最小二乘法對候選位點與3個山羊品種(遺傳資源)的體重、體高、體長等生長性狀表型測定數(shù)據(jù)進行關(guān)聯(lián)分析。結(jié)果:1、Indels候選位點篩選:對12個山羊個體192.747 GB基因組數(shù)據(jù)進行分析,平均每個個體檢測到高質(zhì)量的Indels位點為334,151個;比較基因組分析得到DBG和IMCG分別含有共有Indels位點11,486和9,125個,特有Indels分別為110和100個,分別注釋到38和30個基因內(nèi)含子區(qū)域。2、候選Indels位點分型結(jié)果:從群體特有Indels中挑選的3個候選位點(rs668795676和rs657996810位點為大足黑山羊群體特有,rs669452874位點為內(nèi)蒙古絨山羊群體特有)在DBG、IMCG和HWG研究群體中插入(Ins)均表現(xiàn)為優(yōu)勢基因,純合插入基因型(Ins/Ins)為優(yōu)勢基因型,均表現(xiàn)為低度或中度多態(tài);只有rs669452874位點在DBG群體中略偏離Hardy-Weinberg平衡(P=0.04910.05)。3、候選Indels與山羊生長性狀關(guān)聯(lián)分析:rs668795676和rs657996810位點上,在3個研究群體的生長性狀關(guān)聯(lián)分析中均無顯著差異;但在rs669452874位點上,DBG Ins/Del基因型個體體重和胸深顯著大于Ins/Ins基因型個體(P0.05),IMCG Ins/Del基因型個體體高、體長和管圍均顯著大于Ins/Ins基因型個體(P0.05),在HWG中,Del/Del基因型個體體長和胸圍均顯著大于Ins/Del和Ins/Ins基因型的個體(P0.05)。結(jié)論:本文獲得了2個山羊品種基因組上Indels的分布規(guī)律;研究了3個候選Indels位點(rs668795676、rs657996810和rs669452874)在不同山羊品種中的群體遺傳結(jié)構(gòu),關(guān)聯(lián)分析發(fā)現(xiàn)rs669452874位點與山羊生長性狀顯著性相關(guān),為今后開發(fā)山羊優(yōu)良性狀的分子遺傳標(biāo)記研究奠定了基礎(chǔ)。
【學(xué)位單位】：西南大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：S827
【部分圖文】：

圖 1.1 KASP 分型混合物Figure 1.1 KASP Assay mix第二步：第一輪 PCR，模板會與可互補的（3'末端能配對的）PCR 引物，并發(fā)生擴增，這步完成 SNP 識別。第三步：第 2 輪 PCR 擴增，擴增出帶有標(biāo)簽序列的 PCR 產(chǎn)物，這步完標(biāo)簽序列引入與 SNP 對應(yīng)的 PCR 產(chǎn)物。第四步：經(jīng)過接下來幾輪的 PCR 擴增，一方面淬滅探針被切碎，另一方針更多地退火到新合成的、沒有淬滅基團的互補鏈上，發(fā)出熒光。見下

圖 1.1 KASP 分型混合物Figure 1.1 KASP Assay mix第二步：第一輪 PCR，模板會與可互補的（3'末端能配對的）PCR 引物，并發(fā)生擴增，這步完成 SNP 識別。第三步：第 2 輪 PCR 擴增，擴增出帶有標(biāo)簽序列的 PCR 產(chǎn)物，這步完標(biāo)簽序列引入與 SNP 對應(yīng)的 PCR 產(chǎn)物。第四步：經(jīng)過接下來幾輪的 PCR 擴增，一方面淬滅探針被切碎，另一方針更多地退火到新合成的、沒有淬滅基團的互補鏈上，發(fā)出熒光。見下

技術(shù)路線圖
【參考文獻(xiàn)】

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本文編號：2841971