南陽黃牛是我國五大良種黃牛之一,但近年來出現(xiàn)了品種衰退、單一化程度升高等問題。對南陽黃牛遺傳多樣性的現(xiàn)狀進(jìn)行調(diào)查和分析,是這一重要地方種質(zhì)資源可持續(xù)發(fā)展和合理利用的關(guān)鍵前提。微衛(wèi)星(simple sequence sepeat,SSR)分子標(biāo)記在群體遺傳多樣性研究中發(fā)揮著重要作用。本研究從已知牛表達(dá)序列標(biāo)簽(expressed sequence tag,EST)中查找SSR,根據(jù)對EST的功能注釋篩選出包含SSR位點的與牛重要經(jīng)濟(jì)性狀相關(guān)的區(qū)段,設(shè)計聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)(polymerase chain reaction,PCR)所需引物。然后利用開發(fā)出的EST-SSR分子標(biāo)記對采自不同牛品種的基因組DNA進(jìn)行檢測,篩選出可用于檢測南陽黃牛遺傳多樣性的標(biāo)記,為開展南陽黃牛的種質(zhì)資源研究提供借鑒。本研究的結(jié)果如下:1.從GenBank數(shù)據(jù)庫中調(diào)取拼接后的牛(Bos taurus)非冗余UniGene序列45364條,包含1387262條EST序列。經(jīng)分析共獲得4453個包含2~6個堿基重復(fù)的SSR位點,分布在3660條序列上。牛轉(zhuǎn)錄序列中平均每間隔12.71 Kb會出現(xiàn)一個SSR位點,檢出率為8.07%。分析獲得的牛EST-SSR主要是雙堿基(49.02%)和三堿基(47.43%)重復(fù),其中核心序列AT/TA(16.45%)最為常見。2.分別利用blastx和interproscan對包含SSR位點的3660條序列進(jìn)行序列比對和結(jié)構(gòu)注釋,發(fā)現(xiàn)有2346條包含SSR位點的牛轉(zhuǎn)錄序列可找到同源蛋白產(chǎn)物。參照基因本體(gene ontology)數(shù)據(jù)庫對這些序列的基因功能注釋和聚類分析,選取了與牛生長發(fā)育、肉質(zhì)和繁殖等重要性狀相關(guān)的序列,設(shè)計獲得10對可用于擴(kuò)增SSR位點的PCR引物。3.從南陽黃牛、西門塔爾牛、夏羅萊牛、皮爾蒙特牛和新疆牛的多個樣本采集血樣,利用合成的SSR引物對其基因組DNA進(jìn)行PCR,產(chǎn)物用聚丙烯酰胺凝膠進(jìn)行分離并分別采用銀染法和熒光染色法進(jìn)行染色觀察。結(jié)果顯示:(1)、銀染法和熒光染色法呈現(xiàn)的DNA電泳條帶帶型一致,并且熒光染色法步驟更為簡單,可替代傳統(tǒng)銀染法進(jìn)行SSR電泳檢測;(2)、十對SSR引物在所有樣本中均能產(chǎn)生有效擴(kuò)增,其中位于胰島素樣生長因子2(insulin-like growth factor 2,IGF-2)基因的SSR位點(SSR4)經(jīng)PCR擴(kuò)增后的片段長度在南陽黃牛和其它品種間呈現(xiàn)差異性,表明該SSR可作為南陽黃牛遺傳多樣性研究的有效標(biāo)記。
【學(xué)位單位】：南陽師范學(xué)院
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S823.81
【部分圖文】：

AP3ISA（MIcroSAtellite identification tool）、SSrimer3：Blast、Interproscanlast2GO、WEGO（Ubuntu 18.04 LTS）已有的完成拼接的牛 UniGene 序列。對篩選和拼接驗證。的設(shè)計流程如下圖所示：

圖 2-2 黃牛各組織中 EST-SSR 中不同重復(fù)基序類型分布tion of different repeat motif types in EST-SSR in various tissues of，AT/TA 是含量最多的核心序列類型，占比 16.45%，此要比例，分別是 14.29%，15.39%。CA/CT，GT/CA，T6%，9.89%，12.23%。具體如圖所示（見圖 2-3）

圖 2-2 黃牛各組織中 EST-SSR 中不同重復(fù)基序類型分布tribution of different repeat motif types in EST-SSR in various tissues o中，AT/TA 是含量最多的核心序列類型，占比 16.45%，主要比例，分別是 14.29%，15.39%。CA/CT，GT/CA，11.96%，9.89%，12.23%。具體如圖所示（見圖 2-3）
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本文編號：2838294