南陽黃牛是我國五大良種黃牛之一,但近年來出現(xiàn)了品種衰退、單一化程度升高等問題。對南陽黃牛遺傳多樣性的現(xiàn)狀進行調查和分析,是這一重要地方種質資源可持續(xù)發(fā)展和合理利用的關鍵前提。微衛(wèi)星(simple sequence sepeat,SSR)分子標記在群體遺傳多樣性研究中發(fā)揮著重要作用。本研究從已知牛表達序列標簽(expressed sequence tag,EST)中查找SSR,根據對EST的功能注釋篩選出包含SSR位點的與牛重要經濟性狀相關的區(qū)段,設計聚合酶鏈式反應(polymerase chain reaction,PCR)所需引物。然后利用開發(fā)出的EST-SSR分子標記對采自不同牛品種的基因組DNA進行檢測,篩選出可用于檢測南陽黃牛遺傳多樣性的標記,為開展南陽黃牛的種質資源研究提供借鑒。本研究的結果如下:1.從GenBank數(shù)據庫中調取拼接后的牛(Bos taurus)非冗余UniGene序列45364條,包含1387262條EST序列。經分析共獲得4453個包含2~6個堿基重復的SSR位點,分布在3660條序列上。牛轉錄序列中平均每間隔12.71 Kb會出現(xiàn)一個SSR位點,檢出率為8.07%。分析獲得的牛EST-SSR主要是雙堿基(49.02%)和三堿基(47.43%)重復,其中核心序列AT/TA(16.45%)最為常見。2.分別利用blastx和interproscan對包含SSR位點的3660條序列進行序列比對和結構注釋,發(fā)現(xiàn)有2346條包含SSR位點的牛轉錄序列可找到同源蛋白產物。參照基因本體(gene ontology)數(shù)據庫對這些序列的基因功能注釋和聚類分析,選取了與牛生長發(fā)育、肉質和繁殖等重要性狀相關的序列,設計獲得10對可用于擴增SSR位點的PCR引物。3.從南陽黃牛、西門塔爾牛、夏羅萊牛、皮爾蒙特牛和新疆牛的多個樣本采集血樣,利用合成的SSR引物對其基因組DNA進行PCR,產物用聚丙烯酰胺凝膠進行分離并分別采用銀染法和熒光染色法進行染色觀察。結果顯示:(1)、銀染法和熒光染色法呈現(xiàn)的DNA電泳條帶帶型一致,并且熒光染色法步驟更為簡單,可替代傳統(tǒng)銀染法進行SSR電泳檢測;(2)、十對SSR引物在所有樣本中均能產生有效擴增,其中位于胰島素樣生長因子2(insulin-like growth factor 2,IGF-2)基因的SSR位點(SSR4)經PCR擴增后的片段長度在南陽黃牛和其它品種間呈現(xiàn)差異性,表明該SSR可作為南陽黃牛遺傳多樣性研究的有效標記。
【學位單位】：南陽師范學院
【學位級別】：碩士
【學位年份】：2019
【中圖分類】：S823.81
【部分圖文】：

AP3ISA（MIcroSAtellite identification tool）、SSrimer3：Blast、Interproscanlast2GO、WEGO（Ubuntu 18.04 LTS）已有的完成拼接的牛 UniGene 序列。對篩選和拼接驗證。的設計流程如下圖所示：

圖 2-2 黃牛各組織中 EST-SSR 中不同重復基序類型分布tion of different repeat motif types in EST-SSR in various tissues of，AT/TA 是含量最多的核心序列類型，占比 16.45%，此要比例，分別是 14.29%，15.39%。CA/CT，GT/CA，T6%，9.89%，12.23%。具體如圖所示（見圖 2-3）

圖 2-2 黃牛各組織中 EST-SSR 中不同重復基序類型分布tribution of different repeat motif types in EST-SSR in various tissues o中，AT/TA 是含量最多的核心序列類型，占比 16.45%，主要比例，分別是 14.29%，15.39%。CA/CT，GT/CA，11.96%，9.89%，12.23%。具體如圖所示（見圖 2-3）
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本文編號：2838294