延黃牛ALDH1A1基因?qū)χx的影響及其遺傳變異分析
發(fā)布時(shí)間:2020-10-09 10:29
ALDH1A1為乙醛脫氫酶(ALDH)基因超家族成員之一,是參與視黃醛代謝、促進(jìn)維甲酸代謝通路的活化和調(diào)控脂肪酸代謝通路的關(guān)鍵基因之一。本試驗(yàn)將ALDH1A1基因構(gòu)建到PMD18-T載體上,克隆延黃牛ALDH1A1基因cDNA序列,利用生物信息學(xué)軟件分析該基因理化性質(zhì)及其蛋白結(jié)構(gòu),并通過qRT-PCR技術(shù)檢測ALDH1A1基因在延黃牛各個(gè)組織間的表達(dá)差異。結(jié)果顯示:延黃牛ALDH1A1基因共編碼501個(gè)氨基酸,理論等電點(diǎn)為7.16,屬于堿性氨基酸,在細(xì)胞質(zhì)中發(fā)揮主要作用;不是分泌性蛋白,屬于親水性蛋白,存在31個(gè)氨基酸磷酸化位點(diǎn);蛋白質(zhì)二級(jí)和三級(jí)結(jié)構(gòu)預(yù)測結(jié)果顯示4種結(jié)構(gòu),分別是α螺旋、β折疊、β轉(zhuǎn)角和無規(guī)則卷曲。ALDH1A1基因在肝、胃、皮下脂肪、十二指腸和腎組織中表達(dá)極顯著(P0.01),在背最長肌中顯著表達(dá)(P0.05)。利用分子克隆技術(shù)成功構(gòu)建了延黃牛ALDH1A1基因的siRNA干擾和過表達(dá)載體,再由脂質(zhì)體2000介導(dǎo)轉(zhuǎn)染到體外分離的延黃牛前體脂肪細(xì)胞中,利用qRT-PCR和蛋白質(zhì)免疫印記檢測ALDH 1A1基因mRN A和蛋白水平的表達(dá)情況。結(jié)果顯示:ALDH1A1、LPL和成脂關(guān)鍵基因(C/EBPα和PPARγ),在誘導(dǎo)延黃牛前體脂肪細(xì)胞分化時(shí)呈現(xiàn)先升高后降低的趨勢(shì)。ALDH1A1基因干擾組在誘導(dǎo)前體脂肪細(xì)胞分化的第0、4和9天中,呈現(xiàn)出先下降后升高的趨勢(shì);而過表達(dá)組在誘導(dǎo)前體脂肪細(xì)胞分化的第0、4和9天中,呈現(xiàn)出先升高后下降的趨勢(shì);ALDH1A1基因的過表達(dá)能顯著促進(jìn)成熟脂肪細(xì)胞脂滴和甘油三酯的生成,同時(shí)還顯著促進(jìn)LPL和成脂關(guān)鍵因子C/EBPα和PPARγ的表達(dá),而ALDH1A1基因的干擾則與其相反,顯著降低脂肪細(xì)胞脂滴及甘油三酯含量的生成,且顯著抑制LPL和成脂關(guān)鍵因子C/EBPα和PPARγ的表達(dá)。研究表明ALDH1A1基因參與前體脂肪細(xì)胞分化的過程。為了進(jìn)一步探索ALDH1A1基因的功能,本研究以99頭18月齡的延黃牛母牛為試驗(yàn)對(duì)象,通過測序的方法篩查ALDH1A1基因的多態(tài)位點(diǎn),再分析其與延黃牛肉用性狀的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果顯示:延黃牛ALDH1A1基因13個(gè)外顯子中只有外顯子4和11中檢測到突變位點(diǎn)。外顯子4在Chr9.49381142處存在T/G的突變且引起編碼氨雄酸絡(luò)氨酸的改變。外顯子11在Chr9.49361243處存在T/A的突變,未引起編碼氨基酸發(fā)生改變。內(nèi)含子4在Chr9.49381356處存在G/T的突變。關(guān)聯(lián)分析結(jié)果顯示:ALDH1A1基因外顯子4 TT基因型與延黃牛肉用性狀中的十字部高、胸圍、腹圍、管圍和背膘厚存在顯著相關(guān)(P0.05),與肌內(nèi)脂肪具有一定的相關(guān)性(P0.056);ALDH1A1基因外顯子11 AA基因型與延黃牛肉用性狀中的十字部高、官圍、體重和背膘厚存在顯著相關(guān)(P0.05)。綜上所述,本研究成功克隆獲得延黃牛ALDH1A1基因編碼區(qū)序列,并研究該基因在延黃牛各組織間的表達(dá)差異以及對(duì)脂代謝的影響和遺傳多態(tài)性分析,為開展延黃牛ALDH1A1基因的功能及肉質(zhì)基因篩選的工作提供理論基礎(chǔ)和科學(xué)依據(jù)。
【學(xué)位單位】:延邊大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S823.81
【部分圖文】:
2.3.邋1總RNA電泳檢測結(jié)果逡逑對(duì)各組織總RNA進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳并在凝膠成像儀下觀察,提取的RNA逡逑完整性較好(見圖2.1),其D26Gnni/D28()nm值均在2.0左右,說明RNA提取質(zhì)量逡逑較高,可用于后續(xù)試驗(yàn)。逡逑1邐2邐3邐4邐5邐6邐7邐8逡逑—I、逡逑圖2.邋1邋KNA瓊脂糖凝膠電泳圖逡逑注;1,2,邋3,邋4,邋5,6,,7,邋8分別表樂心、肝、肺、賢、捋、f邋:指腸、皮下脂肪和竹eA長肌。逡逑Fig.邋2.邋1邋Agarose邋gel邋electrophoresis邋of邋RNA逡逑Note;邋1,2,3,4.5,6.7,8邋denotes邋heart,邋liver,邋lung,邋kidney,邋stomach,邋intestine,邋subcutaneous邋fat.邋and邋longissimus邋dorsi.逡逑2.邋3.邋2邋ALDH〗A1基因克隆結(jié)果逡逑PCR產(chǎn)物經(jīng)1.0邋%瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn),ALDH1A丨甚因CDS片段逡逑長1506邋bp,與預(yù)期擴(kuò)增片段大小一致,條帶明亮可用于切膠純化,如圖2.2所逡逑示。按照ALDH1A1基因擴(kuò)增的引物和反應(yīng)條件進(jìn)行菌落PCR擴(kuò)增鑒定。所得逡逑條帶長度為載體中插入的目的片段長度1506邋bp,條帶明亮且無雜帶如圖2.3所逡逑示。逡逑15逡逑
2.3.7延黃牛ALDH1A1蛋白信號(hào)肽預(yù)測逡逑通過SignalP軟件預(yù)測延黃牛ALDH1A】蛋白信號(hào)肽,結(jié)p}顯小該蛋門在逡逑463處存在一個(gè)剪切位點(diǎn)C,在186處存在一個(gè)峭的位置S邋(如閣2.8所示),逡逑該處S值只有0.448,不是信號(hào)肽 ̄亞細(xì)胞分析結(jié)果-致不屬于分泌性蛋白質(zhì)見逡逑表邋2.6。逡逑表2.6延黃牛ALDH邋1AI蛋白信號(hào)肽預(yù)測數(shù)值逡逑Tahle.2.6邋Predictive邋Value邋of邋ALDH邋1A1邋Protein邋Signal邋Peptide邋in邋Yanhuang邋Cattle逡逑測量邋Measure邐位置邋Position邐tfi邋Value邐截止邐Cutoff邐信號(hào)肽邋signal邋peptidev逡逑C-max邐463邐0.165邐0.32邐NO逡逑Y-max邐186邐0.129邐0.33邐NO逡逑S-max邐1邐0.448邐0.87邐NO逡逑S-mean邐1-185邐0.026邐0.48邐NO逡逑D邐1-185邐0.077邐0.43邐NO逡逑注:S足峰值;C是剪切位點(diǎn);Y足S值和C值的一個(gè)參數(shù);S-mcan坫從N端氨貓酸If始到�。浊形稽c(diǎn)處各逡逑魏儕酸的f均S值;D是S-mean和Y-max的f均饑。逡逑-
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本文編號(hào):2833575
【學(xué)位單位】:延邊大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位年份】:2019
【中圖分類】:S823.81
【部分圖文】:
2.3.邋1總RNA電泳檢測結(jié)果逡逑對(duì)各組織總RNA進(jìn)行瓊脂糖凝膠電泳并在凝膠成像儀下觀察,提取的RNA逡逑完整性較好(見圖2.1),其D26Gnni/D28()nm值均在2.0左右,說明RNA提取質(zhì)量逡逑較高,可用于后續(xù)試驗(yàn)。逡逑1邐2邐3邐4邐5邐6邐7邐8逡逑—I、逡逑圖2.邋1邋KNA瓊脂糖凝膠電泳圖逡逑注;1,2,邋3,邋4,邋5,6,,7,邋8分別表樂心、肝、肺、賢、捋、f邋:指腸、皮下脂肪和竹eA長肌。逡逑Fig.邋2.邋1邋Agarose邋gel邋electrophoresis邋of邋RNA逡逑Note;邋1,2,3,4.5,6.7,8邋denotes邋heart,邋liver,邋lung,邋kidney,邋stomach,邋intestine,邋subcutaneous邋fat.邋and邋longissimus邋dorsi.逡逑2.邋3.邋2邋ALDH〗A1基因克隆結(jié)果逡逑PCR產(chǎn)物經(jīng)1.0邋%瓊脂糖凝膠電泳檢測結(jié)果發(fā)現(xiàn),ALDH1A丨甚因CDS片段逡逑長1506邋bp,與預(yù)期擴(kuò)增片段大小一致,條帶明亮可用于切膠純化,如圖2.2所逡逑示。按照ALDH1A1基因擴(kuò)增的引物和反應(yīng)條件進(jìn)行菌落PCR擴(kuò)增鑒定。所得逡逑條帶長度為載體中插入的目的片段長度1506邋bp,條帶明亮且無雜帶如圖2.3所逡逑示。逡逑15逡逑
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2.3.7延黃牛ALDH1A1蛋白信號(hào)肽預(yù)測逡逑通過SignalP軟件預(yù)測延黃牛ALDH1A】蛋白信號(hào)肽,結(jié)p}顯小該蛋門在逡逑463處存在一個(gè)剪切位點(diǎn)C,在186處存在一個(gè)峭的位置S邋(如閣2.8所示),逡逑該處S值只有0.448,不是信號(hào)肽 ̄亞細(xì)胞分析結(jié)果-致不屬于分泌性蛋白質(zhì)見逡逑表邋2.6。逡逑表2.6延黃牛ALDH邋1AI蛋白信號(hào)肽預(yù)測數(shù)值逡逑Tahle.2.6邋Predictive邋Value邋of邋ALDH邋1A1邋Protein邋Signal邋Peptide邋in邋Yanhuang邋Cattle逡逑測量邋Measure邐位置邋Position邐tfi邋Value邐截止邐Cutoff邐信號(hào)肽邋signal邋peptidev逡逑C-max邐463邐0.165邐0.32邐NO逡逑Y-max邐186邐0.129邐0.33邐NO逡逑S-max邐1邐0.448邐0.87邐NO逡逑S-mean邐1-185邐0.026邐0.48邐NO逡逑D邐1-185邐0.077邐0.43邐NO逡逑注:S足峰值;C是剪切位點(diǎn);Y足S值和C值的一個(gè)參數(shù);S-mcan坫從N端氨貓酸If始到�。浊形稽c(diǎn)處各逡逑魏儕酸的f均S值;D是S-mean和Y-max的f均饑。逡逑-
【參考文獻(xiàn)】
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本文編號(hào):2833575
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