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藍(lán)舌病病毒和鹿流行性出血熱病毒雙重?zé)晒舛縍T-PCR檢測方法的建立

發(fā)布時間:2020-10-01 18:53
   為建立可同時檢測藍(lán)舌病病毒(BTV)和鹿流行性出血熱病毒(EHDV)的快速診斷方法,本研究根據(jù)BTV和EHDV保守基因序列設(shè)計特異性引物和探針,建立了雙重?zé)晒舛縍T-PCR,對該方法進(jìn)行反應(yīng)條件、特異性及敏感性的驗證,并用該方法對部分已知臨床樣品進(jìn)行檢測。結(jié)果顯示,該方法與口蹄疫病毒、水泡性口炎病毒、小反芻獸疫病毒等牛、羊常見疾病病原無交叉反應(yīng);對兩種重組質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品的檢出極限均為1×10~2copies/L;批內(nèi)和批間重復(fù)試驗的變異系數(shù)均小于2.55%。臨床試驗表明,該方法能夠快速準(zhǔn)確地檢測出臨床組織樣品中BTV和EHDV的核酸。結(jié)果表明,本研究建立的檢測方法特異性強(qiáng)、敏感性高、重復(fù)性好,可以為BTV和EHDV的快速鑒別檢測及流行病學(xué)調(diào)查提供有效的技術(shù)手段。
【部分圖文】:

標(biāo)準(zhǔn)曲線,雙重?zé)晒?標(biāo)準(zhǔn)曲線


├磁卸ǜ梅椒ǖ鬧?復(fù)性。1.11雙重?zé)晒舛縍T-PCR的應(yīng)用收集經(jīng)過實驗室驗證的40份陽性樣品(20份BTV陽性、10份EHDV陽性、10份BTV與EHDV混合感染樣品),其他臨床組織樣品40份,共計80份,采用建立的雙重?zé)晒舛縍T-PCR進(jìn)行檢測,以驗證該方法的準(zhǔn)確性。2結(jié)果2.1標(biāo)準(zhǔn)曲線的繪制以濃度為1×102~1×107copies/L的混合質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品作為模板,根據(jù)已優(yōu)化的條件進(jìn)行雙重?zé)晒舛縍T-PCR。生成的標(biāo)準(zhǔn)曲線顯示,BTV和EHDV的相關(guān)系數(shù)R2分別為0.990和0.982,表明起始模板濃度與Ct值呈現(xiàn)良好的線性關(guān)系(見圖1)。2.2特異性試驗分別對BTV、EHDV、FMDV、VSV、SBV、PPRV、GTPV和SPPV病毒樣品提取RNA,利用建立的雙重?zé)晒舛縍T-PCR方法進(jìn)行檢測。結(jié)果顯示,BTV和EHDV在各自的檢測通道均有特異性擴(kuò)增,而其他病毒則無明顯擴(kuò)增曲線(見圖2),說明該方法具有較好的特異性。3530252015101086420拷貝數(shù)(lg)CopynumberEHDVBTV圖1雙重?zé)晒舛縍T-PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線Fig.1Standardcurvesoftheduplexreal-timeRT-PCR圖2雙重?zé)晒舛縍T-PCR特異性試驗的擴(kuò)增曲線Fig.2Dynamiccurvesoftheduplexreal-timeRT-PCRforspecificitydetection400350300250200150100500-50-100-150循環(huán)數(shù)Cyclenumber0510152025303540123-9-1.8529.68相對熒光強(qiáng)度Relativeluorescenceunits(RFU)熱循環(huán)數(shù)Thresholdcycle1126

擴(kuò)增曲線,雙重?zé)晒?標(biāo)準(zhǔn)曲線


,以驗證該方法的準(zhǔn)確性。2結(jié)果2.1標(biāo)準(zhǔn)曲線的繪制以濃度為1×102~1×107copies/L的混合質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品作為模板,根據(jù)已優(yōu)化的條件進(jìn)行雙重?zé)晒舛縍T-PCR。生成的標(biāo)準(zhǔn)曲線顯示,BTV和EHDV的相關(guān)系數(shù)R2分別為0.990和0.982,表明起始模板濃度與Ct值呈現(xiàn)良好的線性關(guān)系(見圖1)。2.2特異性試驗分別對BTV、EHDV、FMDV、VSV、SBV、PPRV、GTPV和SPPV病毒樣品提取RNA,利用建立的雙重?zé)晒舛縍T-PCR方法進(jìn)行檢測。結(jié)果顯示,BTV和EHDV在各自的檢測通道均有特異性擴(kuò)增,而其他病毒則無明顯擴(kuò)增曲線(見圖2),說明該方法具有較好的特異性。3530252015101086420拷貝數(shù)(lg)CopynumberEHDVBTV圖1雙重?zé)晒舛縍T-PCR標(biāo)準(zhǔn)曲線Fig.1Standardcurvesoftheduplexreal-timeRT-PCR圖2雙重?zé)晒舛縍T-PCR特異性試驗的擴(kuò)增曲線Fig.2Dynamiccurvesoftheduplexreal-timeRT-PCRforspecificitydetection400350300250200150100500-50-100-150循環(huán)數(shù)Cyclenumber0510152025303540123-9-1.8529.68相對熒光強(qiáng)度Relativeluorescenceunits(RFU)熱循環(huán)數(shù)Thresholdcycle1126

擴(kuò)增曲線,雙重?zé)晒?敏感性試驗,標(biāo)準(zhǔn)品


ityassayofthedulplexreal-timeRT-PCR病毒Virus標(biāo)準(zhǔn)品濃度/(copies·L-1)組內(nèi)試驗Intra-assay組間試驗Inter-assayConcentrationofstandard平均值X±SD變異系數(shù)/%CV平均值X±SD變異系數(shù)/%CVEHDV1×10332.83±0.180.5432.78±0.391.201×10427.47±0.381.3927.79±0.301.091×10524.89±0.110.4525.48±0.321.27BTV1×10328.47±0.421.4628.18±0.401.431×10425.38±0.160.6224.94±0.642.551×10523.51±0.130.5523.10±0.562.40圖3雙重?zé)晒舛縍T-PCR敏感性試驗的擴(kuò)增曲線Fig.3Dynamiccurvesoftheduplexreal-timeRT-PCRforsensitivitydetectionA:EHDV的擴(kuò)增曲線;B:BTV的擴(kuò)增曲線;1~6:質(zhì)粒濃度分別為1×107~1×102copies/L;7:陰性A:EHDVamplification;B:BTVamplification;1—6:Plasmidconcentrationof1×107—1×102copies/L;7:Negative2.3敏感性試驗以濃度為1×101~1×107copies/L的混合質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品作為模板,根據(jù)已優(yōu)化的條件進(jìn)行雙重?zé)晒舛縍T-PCR。結(jié)果顯示,1×101copies/L未被檢測到熒光信號,其他濃度的標(biāo)準(zhǔn)品均呈陽性,說明BTV和EHDV的檢出下限均為1×102copies/L(見圖3)。2.4重復(fù)性試驗取3個濃度的混合質(zhì)粒標(biāo)準(zhǔn)品對該方法進(jìn)行重復(fù)性檢驗,結(jié)果顯示,不同濃度標(biāo)準(zhǔn)品的組內(nèi)Ct值變異系數(shù)(CV)在0.54%~1.46%之間,組間Ct值CV在1.09%~2.55%之間(見表2),說明該方法具有較好的重復(fù)性。2.5臨床樣品的檢測用建立的方法對80份已知臨床樣品進(jìn)行檢測,結(jié)果,40份陽性樣品的檢驗結(jié)果均為陽性:20份BTV陽性,10份EHDV陽性,10份混合感染陽性,檢出率為100%;其他40份樣品?

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6 趙大維;藍(lán)舌病病毒VP3、5、7蛋白及小反芻獸疫病毒H蛋白的原核表達(dá)及其抗原性分析[D];南京農(nóng)業(yè)大學(xué);2011年

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