本文關(guān)鍵詞：香豬繁殖性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：香豬是我國稀有的優(yōu)良地方微型豬種,與大白豬、榮昌豬相比,香豬的繁殖生理特性明顯的不同,如產(chǎn)仔數(shù)低、性成熟早,但香豬繁殖率低的生理特性調(diào)控機制還不太清楚。本論文是利用Illumina Porcine SNP60K芯片進行全基因組關(guān)聯(lián)分析(Genome-wide association study,GWAS),得出與繁殖性狀相關(guān)聯(lián)候選單核苷酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)位點。采用等位基因特異性PCR(allele-specific PCR,AS-PCR)方法對6個與繁殖相關(guān)的候選SNP:ASGA0076852、M1GA0008617、ASGA0020493、DIAS0003365、H3GA0056106、ALGA0115838進行大樣本驗證,得到以下結(jié)果:1.ASGA0076852多態(tài)性位點ASGA0076852(rs80839320)位于谷胱甘肽合成酶(glutathione synthetase,GSS)基因的第三內(nèi)含子,rs80839320位點的高產(chǎn)香豬的A等位基因頻率低于低產(chǎn)香豬的相應值(P0.01),與香豬二胎產(chǎn)仔數(shù)、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱的負相關(guān)。6個豬品種在ASGA0076852位點基因型分布存在多態(tài)性。6個豬群之間相比:香豬的A等位基因明顯高于糯谷豬、黔北黑豬、大白豬的相應值(P0.01);柯樂豬A等位基因明顯低于糯谷豬(P0.01),低于黔北黑豬(P0.05);糯谷豬、黔北黑豬的A等位基因明顯高于榮昌豬和糯谷豬的相應值(P0.01)。2.M1GA0008617多態(tài)性位點M1GA0008617(rs81388211)位于基因間,rs81388211位點的高產(chǎn)香豬的D等位基因頻率高于低產(chǎn)香豬的相應值(P0.01),與香豬二胎產(chǎn)仔數(shù)、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱的正相關(guān)。4個貴州地方豬品種、榮昌豬和大白豬在rs81388211位點均存在多態(tài)性。6個豬品種之間相比:大白豬C等位基因頻率明顯高于其它5個豬品種的相應值(P0.01);榮昌豬D等位基因頻率明顯低于柯樂豬和香豬的相應值(P0.01),也低于黔北黑豬(P0.05);貴州4個地方豬品種之間沒有明顯(P0.05)。3.ASGA0020493多態(tài)性位點ASGA0020493(rs80951600)位于TBX19(T-box 19)基因的外顯子3中,為C/T單核苷酸變異,引起錯義突變,m RNA由ACC變?yōu)镚CC,導致189位的氨基酸(amina acid,AA)由蘇氨酸(threonine,Thr)變?yōu)楸彼?alanine,Ala)。rs80951600位點在高產(chǎn)香豬的E等位基因頻率高于低產(chǎn)香豬相應值,(卡方檢驗P值為0.073接近0.05)與香豬二胎產(chǎn)仔數(shù)、三胎產(chǎn)仔數(shù)呈弱的正相關(guān)。6個豬品種在ASGA0020493位點的基因型分布存在多態(tài)性。6個豬品種之間相比:大白豬的等位基因E頻率高于榮昌豬和4種貴州地方豬品種的相應值(P0.01);榮昌豬等位基因E頻率低于糯谷豬和黔北黑豬相應值(P0.01);柯樂豬的E等位基因頻率明顯高于糯谷豬和黔北黑豬相應值(P0.01);香豬等位基因E頻率低于糯谷豬相應值(P0.05)。4.DIAS0003365多態(tài)性位點DIAS0003365(rs81213998)位點位于MKLN1(muskelin 1,intracellular mediator containing kelch motifs)基因的外顯子18,rs81213998位點高產(chǎn)香豬的E等位基因頻率與低產(chǎn)香豬的相應值沒有差異(P0.05),與香豬的一胎、二胎、三胎的產(chǎn)仔數(shù)沒有相關(guān)性。4個貴州地方豬品種在rs81213998位點存在多態(tài)性。豬品種之間相比,香豬的等位基因G明顯高于柯樂豬、糯谷豬、黔北黑豬的相應值(P0.01);黔北黑豬、糯谷豬和柯樂豬之間的差異不明顯(P0.05)。5.H3GA0056106和ALGA0115838多態(tài)性位點H3GA0056106(rs81320066)和ALGA0115838(rs81345180)位于基因的間隔區(qū),rs81320066和rs81345180位點高產(chǎn)香豬的J和K等位基因頻率與低產(chǎn)香豬的相應值沒有差異(P0.05)。綜上,ASGA0076852、M1GA0008617位點可能是香豬繁殖相關(guān)的微效SNP位點;ASGA0020493位點的多態(tài)性可能反映了豬品種的進化信息;DIAS0003365位點可能與豬品種的生長表型有關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：香豬 芯片 SNP位點 GWAS 關(guān)聯(lián)分析 基因型
【學位授予單位】：貴州大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S828
【目錄】：

• 中文摘要6-8
• SUMMARY8-11
• 第一章 前言11-19
• 1.1 論文中的豬品種11-13
• 1.1.1 從江香豬11-12
• 1.1.2 柯樂豬12
• 1.1.3 糯谷豬12
• 1.1.4 黔北黑豬12-13
• 1.1.5 榮昌豬13
• 1.1.6 大白豬13
• 1.2 全基因組多態(tài)性研究13-18
• 1.2.1 SNP的研究進展14-17
• 1.2.1.1 SNP的簡介14
• 1.2.1.2 SNP檢測的方法14-17
• 1.2.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析17-18
• 1.3 研究目的和意義18-19
• 第二章 材料與方法19-35
• 2.1 實驗材料及試劑19-23
• 2.1.1 實驗材料19-21
• 2.1.2 主要試劑21-22
• 2.1.3 主要溶液的配制22
• 2.1.4 主要儀器設備22-23
• 2.2 實驗方法23-34
• 2.2.1 組織/血液基因組DNA的提取23-25
• 2.2.2 豬全基因組SNP研究25-27
• 2.2.3 AS-PCR分析27-34
• 2.3 數(shù)據(jù)處理34-35
• 第三章 結(jié)果35-61
• 3.1 香豬產(chǎn)仔數(shù)分析35
• 3.2 組織基因組DNA提取35-36
• 3.3 SNP分型36-61
• 3.3.1 SNP的獲得36-42
• 3.3.2 ASGA0076852多態(tài)性位點42-46
• 3.3.3 M1GA0008617多態(tài)性位點46-50
• 3.3.4 ASGA0020493多態(tài)性位點50-53
• 3.3.5 DIAS0003365多態(tài)性位點53-57
• 3.3.6 H3GA0056106多態(tài)性位點57-59
• 3.3.7 ALGA0115838多態(tài)性位點59-61
• 第四章 討論61-67
• 4.1 ASGA0076852多態(tài)性位點61-62
• 4.2 M1GA0008617多態(tài)性位點62-63
• 4.3 ASGA0020493多態(tài)性位點63-64
• 4.4 DIAS0003365多態(tài)性位點64-66
• 4.5 H3GA0056106和ALGA0115838多態(tài)性位點66-67
• 第五章 小結(jié)67-68
• 參考文獻68-75
• 縮略詞表75-77
• 致謝77-78
• 附錄78

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中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 付光棟,劉楊,劉培瓊;劍白香豬的臟器測定[J];貴州農(nóng)業(yè)科學;2004年06期

2 尹公鵬;;提高藏香豬經(jīng)濟效益措施初探[J];畜禽業(yè);2006年21期

3 鄧仕剛;李祖平;;香豬特殊的生物學及行為特征[J];畜牧獸醫(yī)科技信息;2007年02期

4 李文明;;香豬資源特點和利用現(xiàn)狀[J];豬業(yè)科學;2011年11期

5 姜天團;滾雙寶;張昌吉;李峰松;俞惠萍;王璐;寇永謀;;香豬生長發(fā)育性能的研究[J];甘肅畜牧獸醫(yī);2012年05期

6 劉培瓊,張啟林,劉若余,劉江良;貴州劍河白香豬Ⅱ系選育初報[J];山地農(nóng)業(yè)生物學報;2000年06期

7 俞沛初,華修國,徐建雄,周新初,陳克強,陳魯勇;香豬生長發(fā)育和育肥性能測定[J];上海交通大學學報(農(nóng)業(yè)科學版);2002年03期

8 張?zhí)祜w,蔣登金,左艷芳,陳丙波;貴州小型香豬在手術(shù)中的意外與對策[J];四川動物;2003年04期

9 曾瓊,張啟林,劉培瓊,劉楊;劍白香豬5世代肉質(zhì)的常規(guī)指標測定[J];貴州農(nóng)業(yè)科學;2004年03期

10 謝愛純,陳文超,艾曉杰,朱淑文,華修國;溫度刺激對香豬甲狀腺激素和皮質(zhì)醇水平的影響[J];西南農(nóng)業(yè)大學學報(自然科學版);2004年04期

中國重要會議論文全文數(shù)據(jù)庫 前9條

1 俞沛初;華修國;徐建雄;陳克強;周新初;許金友;;香豬的生長和繁殖特性測定研究[A];動物學專輯——上海市動物學會2001年年會論文集[C];2001年

2 俞沛初;陳克強;華修國;徐建雄;周新初;楊麗娥;;兩個世代香豬的生理和生化指標測定分析[A];動物學專輯——上海市動物學會2002年年會論文集[C];2002年

3 劉楊;張勤;劉培瓊;張依裕;;貴州劍河香豬血清蛋白多態(tài)性研究[A];第一屆中國養(yǎng)豬生產(chǎn)和疾病控制技術(shù)大會——2005中國畜牧獸醫(yī)學會學術(shù)年會論文集[C];2005年

4 謝愛純;艾曉杰;朱淑文;華修國;趙恩軍;陳軍;;溫度刺激對香豬血液生理指標的影響[A];動物學專輯——上海市動物學會2002年年會論文集[C];2002年

5 李麗立;范覺鑫;袁曉雪;張彬;耿梅梅;羅佳捷;印遇龍;;大豆異黃酮對香豬雄性發(fā)育的影響[A];“生泰爾”杯全國養(yǎng)豬技術(shù)征文大賽——中國畜牧獸醫(yī)學會養(yǎng)豬學分會五屆三次理事會暨生豬產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新發(fā)展論壇論文集[C];2012年

6 辜雪冬;陳祖明;肖嵐;辛松林;;藏香豬特色菜肴的開發(fā)[A];第五屆中國畜牧科技論壇論文集[C];2011年

7 鄒艷冶;林羽;李洪忠;;巴馬小型香豬在人體經(jīng)皮給藥系統(tǒng)體內(nèi)評價中的應用前景[A];實驗動物與藥理學、毒理學研究學術(shù)交流會論文匯編[C];2009年

8 朱秋勁;賀承淵;任瓊;;新型臘香豬的加工[A];2001年肉類科技交流會暨中國畜產(chǎn)品加工研究會第三屆肉類科技大會論文集[C];2001年

9 俞沛初;喬中東;郭傳甲;華修國;艾曉杰;;3個品種豬的PIT-1基因外顯子多態(tài)性[A];2005年上海市動物學會學術(shù)會議論文集[C];2005年

中國博士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前1條

1 俞沛初;香豬的特性及PIT—1基因多態(tài)性的研究[D];山西農(nóng)業(yè)大學;2003年

中國碩士學位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 劉霞;重慶地區(qū)香豬養(yǎng)殖現(xiàn)狀及存在問題分析調(diào)研報告[D];重慶師范大學;2011年

2 李蓉蓉;香豬的7個拷貝數(shù)變異檢測及其功能研究[D];貴州大學;2016年

3 王洋;香豬8個SNP的群體分型及其與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)研究[D];貴州大學;2016年

4 牛秋錦;香豬繁殖性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究[D];貴州大學;2016年

5 鐘壘;雌激素對香豬睪丸支持細胞、生殖細胞、ERs等的影響研究[D];貴州大學;2016年

6 謝玲玲;香豬生長性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究[D];貴州大學;2016年

7 曾瓊;劍白香豬染色體核型及生產(chǎn)性能研究[D];貴州大學;2006年

8 胡俊西;巴馬小型香豬皮膚比較生物學研究[D];西南大學;2006年

9 陳偉;劍白香豬血液生理生化指標常值測定及肥大細胞觀察[D];貴州大學;2007年

10 戴q，

本文編號：283010