近年來新發(fā)傳染病屢見不鮮,種類越來越多,流行本底越來越復(fù)雜、防控形勢(shì)越發(fā)嚴(yán)峻,已經(jīng)成為人類健康和社會(huì)發(fā)展的一個(gè)嚴(yán)重的威脅。因此,有效預(yù)測(cè)和防控新發(fā)突發(fā)傳染病已成為人類公共衛(wèi)生事業(yè)亟待解決的重大科學(xué)問題之一。嚙齒動(dòng)物是全球地理分布最廣、種類最多的哺乳動(dòng)物種群,是哺乳動(dòng)物中數(shù)量最大的目,全球約有2277種,占所有哺乳動(dòng)物種類的42%左右,也是重要的人獸共患病自然宿主之一。所以了解嚙齒目動(dòng)物病毒組對(duì)新發(fā)傳染病的預(yù)警溯源體系具有非常重要的意義。旱獺作為嚙齒動(dòng)物重要物種,分布廣泛,在北美地區(qū)旱獺中發(fā)現(xiàn)引起腦炎的Powassan Virus(POW)、狂犬病毒、土撥鼠肝炎病毒(包括乙肝病毒和丁肝病毒)等。而長尾旱獺作為帕米爾高原代表性物種,對(duì)其攜帶病毒組的研究尚未開展,所以對(duì)長尾旱獺病毒組進(jìn)行研究十分必要。目的:了解帕米爾高原地區(qū)長尾旱獺攜帶病毒的病原本底數(shù)據(jù)和潛在新發(fā)病毒情況,為預(yù)測(cè)和防范旱獺源新發(fā)突發(fā)人獸共患病提供基礎(chǔ)數(shù)據(jù)。方法:解剖旱獺,取肺臟、腸道、肝臟、腎臟、淋巴、脾臟保存?zhèn)溆�。將肺臟、腸道、腎臟、淋巴組織樣品混合,提取混樣中病毒核酸,反轉(zhuǎn)錄成cDNA并加入錨定引物,合成dscDNA,通過PCR擴(kuò)增,電泳檢測(cè)產(chǎn)物,合格樣品送至深圳華大科技有限公司進(jìn)行高通量測(cè)序。對(duì)測(cè)序結(jié)果進(jìn)行病毒宏基因組學(xué)分析,通過PCR方法對(duì)部分病毒進(jìn)行驗(yàn)證,根據(jù)驗(yàn)證結(jié)果對(duì)病毒進(jìn)行流行率檢測(cè)、全基因組擴(kuò)增及遺傳演化分析等。結(jié)果:(1)共收集101只長尾旱獺,通過病毒宏基因組學(xué)分析,共發(fā)現(xiàn)25個(gè)病毒科,其中脊椎動(dòng)物病毒13個(gè)科18個(gè)屬,昆蟲病毒有2個(gè)科2個(gè)屬,植物病毒有6個(gè)科和6個(gè)屬,噬病毒體1個(gè)科1個(gè)屬及噬菌體3個(gè)科25個(gè)屬。(2)本研究著重對(duì)腺病毒科、皰疹病毒科、星狀病毒科、指環(huán)病毒科、圓環(huán)病毒科、多頭瘤病毒科、細(xì)小病毒科、呼腸孤病毒科、小雙節(jié)RNA病毒科及小RNA病毒科等病毒科進(jìn)行鑒定分析,發(fā)現(xiàn)陽性率介于1.0%-76.2%。對(duì)檢測(cè)片段進(jìn)行初步的遺傳進(jìn)化分析,發(fā)現(xiàn)腺病毒檢測(cè)片段可分成兩個(gè)組,并得到DNA Pol、Hexon及IVa2三段基因;皰疹病毒檢測(cè)片段分成兩個(gè)組,得到一株DNA Pol基因;星狀病毒檢測(cè)片段可分成四個(gè)組;指環(huán)病毒檢測(cè)片段為三種病毒基因;細(xì)小病毒檢測(cè)片段為兩種病毒基因;小雙節(jié)RNA病毒檢測(cè)片段為同一種病毒基因;小RNA病毒檢測(cè)片段為四種病毒基因。(3)得到兩株圓環(huán)病毒及三株多頭瘤病毒全基因組序列。結(jié)論:本研究通過病毒宏基因組學(xué)方法對(duì)新疆長尾旱獺病毒組進(jìn)行全面調(diào)查,發(fā)現(xiàn)并驗(yàn)證11種脊椎動(dòng)物病毒科病毒,1種昆蟲病毒科病毒,1種大病毒依賴科病毒。根據(jù)ICTV最新分類標(biāo)準(zhǔn),初步遺傳進(jìn)化分析顯示都是新的病毒種或亞種,其中兩株圓環(huán)病毒和五株腺病毒新種;一株多頭瘤病毒、一株皰疹病毒和四株星狀病毒,暗示可能為新的種。本研究對(duì)新疆長尾旱獺進(jìn)行病毒宏基因組學(xué)研究,這些病毒的發(fā)現(xiàn),豐富了新疆長尾旱獺病毒組學(xué)數(shù)據(jù),體現(xiàn)了病毒宏基因組學(xué)分析對(duì)于挖掘病毒信息的效率,有突破性的作用。
【學(xué)位單位】：石河子大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位年份】：2018
【中圖分類】：S852.65
【部分圖文】：

腺病毒（Adenovirus）為無囊膜雙鏈 DNA 病毒，病毒粒子約 90 nm，基因組約 35-36kb，基因組兩端均有倒置重復(fù)序列（inverted terminal repetitions，ITR），屬于腺病毒科（Adenoviridae）。腺病毒宿主范圍豐富多樣，包括哺乳動(dòng)物、鳥類、爬行動(dòng)物、兩棲動(dòng)物和魚類，同時(shí)還能造成多種疾病[50, 51]。在病毒宏基因組學(xué)注釋信息中，有 20 條序列注釋到哺乳動(dòng)物腺病毒屬，拼接成 3條重疊序列，經(jīng)驗(yàn)證兩條為病毒序列，如圖 1.4，與一株 Simian adenovirus 44 具有核酸最高同源性為 86%。本研究對(duì) 101 只旱獺混樣 DNA 均進(jìn)行 PCR 驗(yàn)證，發(fā)現(xiàn)有 22.8%（23/101）的陽性率，擴(kuò)增基因是位于腺病毒 Hexon 基因的一段長 767 bp 的片段，腺病毒檢測(cè)電泳結(jié)果如圖 1.5。這些檢測(cè)片段通過多序列比較發(fā)現(xiàn)，兩兩之間核酸同源性在 64.3%-98.2%之間，與當(dāng)前 NCBI 數(shù)據(jù)庫收錄病毒 BLAST 比對(duì)顯示，核苷酸同源性在 66%-84%，氨基酸同源性在 63%-70%之間。挑取核酸同源性差異最大的兩份并命名為：Rodent AdenovirusXinjiang H48（RoAdV XJ-H48）和 Rodent Adenovirus Xinjiang H82 （RoAdV XJ-H82），經(jīng)過BLAST 發(fā)現(xiàn)，RoAdV XJ-H48與一株 Squirrel adenovirus 1 核酸同源性最高為 75%；H82 與一株 Human adenovirus E4 核酸同源性最高為 81%。采用鄰間法（Neighbor-Joining，NJ），應(yīng)用 MEGA6.06 軟件進(jìn)行進(jìn)化分析，如圖 1.6。

腺病毒電泳檢測(cè)結(jié)果

18傳進(jìn)化分析 RoAdV XJ-H48 和 RoAdV XJ-H82，分析片段為 767 bp 的 Hexon 基中的序列標(biāo)記為黑三角。 1.6 Phylogenetic analyses of RoAdV XJ-H48 and RoAdV XJ-H82 based on 767 bp sequence. The sequence in our study is identified by a filled triangle.病毒檢測(cè)結(jié)果病毒科（Anelloviridae）是單鏈環(huán)狀 DNA 病毒，最新國際病毒分tional Committee on Taxonomy of Virus, ICTV）報(bào)告顯示，該病毒科68 個(gè)病毒種[52]。該病毒是僅次于圓環(huán)病毒的第二小病毒，成熟的病二十面體對(duì)稱球形，直徑 30~32 nm，病毒基因組為 2.0~3.9 kb[53]。病除人類外，其他靈長類、家畜家禽、嚙齒動(dòng)物及節(jié)肢動(dòng)物都有發(fā)現(xiàn)[5病毒宏基因組結(jié)果，指環(huán)病毒有兩個(gè)屬（Deltatorquevirus、IotatorquTorque teno tupaia virus、Torque teno sus virus 1a、Mosquito VEM AA、Rodent Torque teno virus 1）， 細(xì)環(huán)病毒有 113 條序列，拼接成 8

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2818719