發(fā)布時(shí)間：2020-09-10 10:40

　　 家養(yǎng)水牛是我國(guó)南方的一種重要家畜,通常用于水田的耕作,在稻作文化的發(fā)展和傳播中扮演著重要的角色。家養(yǎng)水牛由亞洲野水牛在3,000-6,000年前馴化而來(lái),主要分布在南亞、東南亞及東亞的熱帶和亞熱帶區(qū)域。線粒體DNA(mtDNA)、Y染色體微衛(wèi)星(Y-STR)與Y染色體單核苷酸多態(tài)性(Y-SNP)是研究動(dòng)物起源最有效的母系起源與父系起源的分子遺傳標(biāo)記。近年來(lái)對(duì)水牛的分子遺傳研究表明,沼澤型水牛與江河型水牛是獨(dú)立馴化的,江河型水牛是在印度次大陸的西部被馴化的。對(duì)沼澤型水牛mtDNA、Y-SNP和基因組芯片數(shù)據(jù)的研究分別認(rèn)為沼澤型水牛是在中國(guó)西南地區(qū)、中國(guó)西南-東南亞邊境地區(qū)、泰國(guó)北部地區(qū)馴化的,關(guān)于沼澤型水牛的馴化地點(diǎn)仍然存在爭(zhēng)議。為了全面分析沼澤型水牛的起源和馴化,本研究以江河型水牛為外群,采集了中國(guó)、越南、泰國(guó)、老撾、緬甸、印度共800余份沼澤型水牛樣本,對(duì)mtDNA D-loop區(qū)、mtDNA Cytb基因、mtDNA基因組與Y-STR進(jìn)行了測(cè)序和熒光微衛(wèi)星毛細(xì)管電泳測(cè)序,分別分析、討論了沼澤型水牛的遺傳多樣性、母系起源、父系起源及馴化地點(diǎn)和時(shí)間,得出以下結(jié)果:(1)沼澤型水牛具有豐富的mtDNA遺傳多樣性和較弱的系統(tǒng)地理結(jié)構(gòu)。沼澤型水牛mtDNA包括10個(gè)支系:SA1、SA2、SA3、SB1、SB2、SB3、SB4、SC、SD和SE,其中SA1為主要支系,SC、SD、SE和SA3為稀有支系。(2)沼澤型水牛的馴化發(fā)生在7,000-3,000年前。SA1支系的馴化在中國(guó)長(zhǎng)江流域中下游地區(qū)約6,400年前,后來(lái)的擴(kuò)張沿著L1和L2路線向長(zhǎng)江上游和東南方向遷移,最后到達(dá)東南亞;在遷移的過(guò)程中,長(zhǎng)江流域上游(SB3,約4,100年前)、中國(guó)西南-東南亞北部(SB1和SB2,約3,300年前)地區(qū)發(fā)生了幾次后期的馴化活動(dòng);發(fā)現(xiàn)SA2支系的首次大規(guī)模群體擴(kuò)張(“二次馴化”)發(fā)生在約3,300年的中國(guó)西南部。首次提出沼澤型水牛的馴化-遷移-馴化的多次非獨(dú)立馴化模式。沼澤型水牛的馴化與水稻馴化后的大規(guī)模傳播有密切的關(guān)系。(3)江河型水牛與沼澤型水牛的分歧時(shí)間為913±78 Kya,江河型水牛R1與R2支系的分歧時(shí)間為82±18 Kya,SA、SB支系于189.6±27.2 Kya開(kāi)始逐漸分化形成。SA、SB、SD、SE支系的分化發(fā)生在200-130 Kya的里斯冰期。水牛的系統(tǒng)發(fā)育模式是受冰期影響而形成的,在冰期寒冷的氣候和適宜棲息地減少的條件下,水牛被長(zhǎng)期隔離而分化為不同的支系,在冰期避難所得以幸存的個(gè)體在溫暖的冰后期被馴化形成家養(yǎng)水牛。(4)Y-STR研究發(fā)現(xiàn)沼澤型水牛存在4個(gè)父系起源(Y1-Y4),Y1支系是主要的父系起源,長(zhǎng)江流域可能是Y1支系的馴化中心,西南邊境和東南亞是沼澤型水牛父系起源的重要地點(diǎn)之一。
【學(xué)位單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：博士
【學(xué)位年份】：2019
【中圖分類】：S823.83
【部分圖文】：

第一章 文獻(xiàn)綜述水牛（屬）（Bubalus）是牛亞科（Bovinae）的重要成員之一，在動(dòng)物學(xué)分類屬于脊椎動(dòng)物門（Vertebrate）、哺乳綱（Mammalia）、偶蹄目（Artiodactyla）Bovidae）、牛亞科（Bovinae）、水牛屬（Bubalus）。水牛因其皮厚，汗腺極不發(fā)達(dá)牛的 1/6），熱的調(diào)節(jié)散熱能力差，喜歡在池塘、水坑、河流中浸泡、打滾，而得名。牛亞科包含 6 個(gè)屬，它們分別是，家牛屬（Bos）、牦牛屬（Poephag牛屬（Bibos)、野牛屬（Bison）、水牛屬（Bubalus）和非洲水牛屬（Syncerus），水牛屬（Bubalus）包含亞洲家水牛（Bubalus bubalis）、亞洲野水牛（Buee）、菲律賓水牛（Bubalus mindorensis）又稱塔瑪勞水牛(Tamaraw)、印度尼西Bubalus depressicornis）又稱低地倭水牛（Lowland Anoa），山地倭水牛包括（Bubalusquarlesi 和 Bubalusfergusoni）(常洪, 2009)（牛亞科動(dòng)物的分類學(xué)系1-1）。

體重 500-700 kg，體長(zhǎng) 240-340 cm，為褐色或黑色。此外，森林野水牛（2N=54-56）異(Fritz, 1997; Melletti et al., 2007; Stark, 1986)水牛兩個(gè)亞種分布于薩赫勒熱帶稀樹(shù)大草原，水牛之間，但兩者間在形態(tài)上較難以區(qū)分，其來(lái)，由于受到毀滅性牛瘟疫的影響以及人類牛損失了大約群體 90%的個(gè)體，從 3000000 頭A（mtDNA）和微衛(wèi)星對(duì)各群體的群體遺傳并沒(méi)有導(dǎo)致遺傳多樣性的顯著下降，在絕大多性和低水平的群體分化(Stark, 1986)。但直到影響中恢復(fù)過(guò)來(lái)，并且持續(xù)受到棲息地的喪失l., 2013)。2008 年，非洲野水牛被世界自然保，其現(xiàn)存的分布區(qū)域見(jiàn)圖 1-2。

野水牛的分布牛(Bubalus arnee)體型巨大且強(qiáng)壯，體重在 800-1200kg 之間，主要棲息于低洼的沖積草原及其周圍，也活動(dòng)于河岸森在早上和晚上進(jìn)食，正午高溫時(shí)，它會(huì)退到陰涼處，在水時(shí)幾乎完全淹沒(méi)在水中，只露出鼻孔。在有大量的人類活夜間活動(dòng)。數(shù)頭雌性亞洲野牛和幼仔組成一個(gè)群體，這個(gè)性個(gè)體帶領(lǐng)并伴隨著一頭成年公牛，而其他雄性個(gè)體則獨(dú)居體(Aryal et al., 2011)。牛被認(rèn)為是家水牛的祖先，在史前時(shí)期，亞洲野水牛的分布度，西到美索不達(dá)米亞，東到中國(guó)南部和中部(Barker et al. 4000 只野生亞洲水牛存在，它們分布在不丹、柬埔寨、印度爾、泰國(guó)（圖 1-3），并且正在受到嚴(yán)重的家養(yǎng)水牛的基因，在中國(guó)生物多樣性紅色名錄中，被列為 EW，屬于已滅絕、印度尼西亞和老撾也已經(jīng)滅絕( Duckworth, 1999; Hed，并且各地存活的野生亞種都已是瀕危種(Aryal et al., 2011)

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