飼養(yǎng)猴彎曲菌流行病學(xué)調(diào)查及分離株MLST、耐藥特征分析
發(fā)布時(shí)間:2020-07-27 14:41
【摘要】:彎曲菌病是一種重要的人畜共患病,與人類的日常生活息息相關(guān)。感染彎曲菌病可能會(huì)引起腹瀉,小腸結(jié)腸炎,流產(chǎn)以及胎兒死亡。此外,彎曲菌的感染也與一種神經(jīng)性疾病——格林巴利綜合征有關(guān)。彎曲菌通常存在于許多動(dòng)物的腸道內(nèi),如雞、鴨、鵝等。有研究發(fā)現(xiàn),靈長(zhǎng)類動(dòng)物也可以作為彎曲菌的宿主。猴屬于靈長(zhǎng)類動(dòng)物,具有與人類相似的身體結(jié)構(gòu)、遺傳結(jié)構(gòu)和生活習(xí)慣。在以非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物為主的養(yǎng)殖和研究中,彎曲菌的感染可能會(huì)導(dǎo)致許多問(wèn)題,如影響實(shí)驗(yàn)進(jìn)展,影響非人靈長(zhǎng)類動(dòng)物的生長(zhǎng)和繁殖,危害公共環(huán)境,危害與其接觸人員的健康等。因此了解彎曲菌在猴群中的流行,減少?gòu)澢母腥竞捅苊獠槐匾慕徊娓腥?同時(shí)采取一些措施來(lái)預(yù)防彎曲菌的感染顯得尤為重要。本實(shí)驗(yàn)的研究目的為:(1)調(diào)查彎曲菌在猴群中的分布規(guī)律和流行特點(diǎn),并探索彎曲菌在不同養(yǎng)殖環(huán)境中的流行規(guī)律;(2)通過(guò)跟蹤采樣調(diào)查新生猴成長(zhǎng)過(guò)程中的彎曲菌的感染規(guī)律及其分離株的流行特征;(3)進(jìn)一步探索猴源彎曲菌分離株的分子流行病學(xué)特性和耐藥特性。一.不同樣品中及不同養(yǎng)殖模式下彎曲菌的流行狀況從2017年4月至2018年12月,共采集A、B、C三家養(yǎng)殖場(chǎng)共1668份樣品,其中包括1275份猴肛拭樣(剔除重復(fù)采集的樣本數(shù))、371份環(huán)境樣和22份工作人員肛拭樣,共分離到彎曲菌405株,其中空腸彎曲菌82株,結(jié)腸彎曲菌317株,其它彎曲菌6株。猴的彎曲菌陽(yáng)性率為29.2%。將1275只猴的彎曲菌感染情況樣按被采樣猴的年齡進(jìn)行分析,以每4歲(48個(gè)月)為一個(gè)年齡段,彎曲菌陽(yáng)性率隨猴年齡的增長(zhǎng)呈遞減趨勢(shì),且差異顯著(P0.05)。按被采樣猴的性別進(jìn)行分析,雌性總彎曲菌感染率(32.6%)高于雄性(18.3%),且差異顯著(P0.05)。按被采樣猴的種類進(jìn)行分析,食蟹猴的彎曲菌感染率(35.6%)顯著高于恒河猴(13.6%)。由于只有A養(yǎng)殖場(chǎng)的猴出現(xiàn)腹瀉癥狀,所以對(duì)A養(yǎng)殖場(chǎng)的973只猴子單獨(dú)進(jìn)行分析,腹瀉猴中彎曲菌陽(yáng)性率(61.7%)高于非腹瀉猴(33.4%),且差異顯著(P0.05)。針對(duì)彎曲菌污染狀況較為嚴(yán)重的A養(yǎng)殖場(chǎng)285份環(huán)境樣品進(jìn)行深入分析,共檢測(cè)出18株結(jié)腸彎曲菌,彎曲菌陽(yáng)性都集中在食槽(10.3%)、地面(6.6%)、工作人員鞋底(30.4%)三類環(huán)境樣品中。這樣的結(jié)果說(shuō)明,猴養(yǎng)殖場(chǎng)彎曲菌的傳播可能與對(duì)猴糞便的處理方式有關(guān):A養(yǎng)殖場(chǎng)采用糞便從猴籠落地后,工作人員每天用水管沖刷地面的方式,排泄物隨水流入下水道,所以地面和工作人員的鞋底均可能攜帶彎曲菌,導(dǎo)致彎曲菌通過(guò)“糞口途徑”傳播并對(duì)猴造成感染。通過(guò)深入調(diào)查,我們發(fā)現(xiàn)了養(yǎng)殖場(chǎng)養(yǎng)殖方法上的不同可能是導(dǎo)致彎曲菌感染的重要原因:A養(yǎng)殖場(chǎng)采用糞便落地后人工用水管沖刷的方式處理猴子的排泄物,B養(yǎng)殖場(chǎng)的飼養(yǎng)員會(huì)在籠子下面放置一個(gè)裝有玉米芯墊料的鐵盤使猴子的排泄物落在玉米芯墊料上,并每天更換新墊料。此外,食蟹猴和恒河猴養(yǎng)殖方法不同。工作人員采樣大籠群養(yǎng)和小籠獨(dú)養(yǎng)相結(jié)合的方法養(yǎng)殖食蟹猴,且由于實(shí)驗(yàn)需要,食蟹猴經(jīng)常需要在兩種籠子中被調(diào)換,這樣的養(yǎng)殖方式無(wú)疑增加了猴與猴之間相互接觸的機(jī)會(huì),可能也因此造成食蟹猴彎曲菌陽(yáng)性率較高,而恒河猴全部被單獨(dú)分開(kāi)養(yǎng)在小籠子里。綜上所述,在猴的養(yǎng)殖過(guò)程中,猴的養(yǎng)殖方法和對(duì)猴排泄物的處理方式是影響彎曲菌傳播的重要因素。二.新生食蟹猴中彎曲菌感染的跟蹤調(diào)查及分析自2017年8月到2018年6月,跟蹤了 10只新生猴的彎曲菌感染情況。新生猴在第1-10周內(nèi)出現(xiàn)彎曲菌感染僅6次,陽(yáng)性率最低,為6%。其中出現(xiàn)空腸彎曲菌5次,出現(xiàn)結(jié)腸彎曲菌感染1次。第11-20周共出現(xiàn)彎曲菌感染14次,陽(yáng)性率為14%。其中出現(xiàn)空腸彎曲菌感染6次,出現(xiàn)結(jié)腸彎曲菌感染8次。21周及以后共跟蹤采集肛拭樣品80份,共出現(xiàn)彎曲菌感染28次,陽(yáng)性率為35%。其中出現(xiàn)空腸彎曲菌10次,結(jié)腸彎曲菌18次。在40周齡前的新生猴中,隨著新生猴的長(zhǎng)大,彎曲菌陽(yáng)性率越來(lái)越高,差異顯著(P0.05)。且空腸彎曲菌的比例不斷降低,結(jié)腸彎曲菌的比例不斷升高。從MLST的結(jié)果來(lái)看,共測(cè)序25株新生猴結(jié)腸彎曲菌分離株,測(cè)出7種ST型,優(yōu)勢(shì)ST 型主要有 ST-3753、ST-828、novel ST5,占 68%(17/25)。7 種 ST 型中新 ST 型有 5種,共包含13株結(jié)腸彎曲菌,占所測(cè)新生猴結(jié)腸彎曲菌總數(shù)的52%(13/25)。在新生猴中新ST型發(fā)現(xiàn)較多且占比較大,據(jù)此猜測(cè)是否新生動(dòng)物的體質(zhì)更適合菌株的基因發(fā)生變化,并產(chǎn)生新的ST型。三.猴源彎曲菌分離株的MLST和耐藥性分析對(duì)171株結(jié)腸彎曲菌進(jìn)行MLST分型研究,共獲得23種不同的ST型,體現(xiàn)了猴源結(jié)腸彎曲菌基因組的多樣性。其中,主要的優(yōu)勢(shì)ST型有:ST-1586、ST-829、ST-3023、ST-1096,占所測(cè)分離株總數(shù)的45.6%。另外,分離出11種目前PubMLST庫(kù)中未曾出現(xiàn)的新ST型,新ST型共包含38株分離株,占所測(cè)分離株總數(shù)的22.2%。其中,17株環(huán)境樣品結(jié)腸彎曲菌分離株共有11種ST型,與猴肛拭樣分離株中126株結(jié)腸彎曲菌的ST型匹配,占分離株總數(shù)的81.8%。此外,黏附侵襲實(shí)驗(yàn)表明,菌株的粘附侵襲能力與其ST型不存在顯著的對(duì)應(yīng)關(guān)系。為了評(píng)估抗生素使用對(duì)猴場(chǎng)彎曲菌耐藥的影響,對(duì)35株空腸彎曲菌分離株和79株結(jié)腸彎曲菌分離株進(jìn)行針對(duì)12種抗生素的藥敏實(shí)驗(yàn)。結(jié)果表明空腸彎曲菌(82.86%)和結(jié)腸彎曲菌(89.87%)的分離株都表現(xiàn)出對(duì)環(huán)丙沙星的高度耐藥。114株彎曲菌分離株中共出現(xiàn)104株多重耐藥菌株,共包含43種多重耐藥表型。35株空腸彎曲菌中27株菌有多重耐藥表型,其中耐2抗菌株占彎曲菌數(shù)總數(shù)的40%?漳c彎曲菌中多重耐藥譜型CIP-LEV(環(huán)丙沙星-左氧氟沙星)的菌株數(shù)目最多,占空腸彎曲菌總數(shù)的18.5%。結(jié)腸彎曲菌中多重耐藥菌株有77株,其中以耐4抗、5抗和6抗的表型為主,占結(jié)腸彎曲菌總數(shù)的64.6%,其中耐藥譜型為CIP-P-LEV-CRO-CTX-S(環(huán)丙沙星-青霉素-左氧氟沙星-頭孢曲松-頭孢噻肟-鏈霉素)和CIP-P-E-AZM-LEV(環(huán)丙沙星-青霉素-紅霉素-阿奇紅霉素-左氧氟沙星)的菌株最多,分別占結(jié)腸彎曲菌總數(shù)的13.0%和10.4%。與空腸彎曲菌相比,結(jié)腸彎曲菌的多重耐藥現(xiàn)象較為嚴(yán)重。在檢測(cè)的12種抗生素中,對(duì)空腸彎曲菌和結(jié)腸彎曲菌敏感性都在80%以上的抗生素包括慶大霉素、阿莫西林,這2種抗生素可考慮用于猴養(yǎng)殖場(chǎng)中彎曲菌感染的防控。
【學(xué)位授予單位】:揚(yáng)州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:S858.9
【圖文】:
如表1-6所示,由于只有A養(yǎng)殖場(chǎng)的猴出現(xiàn)腹瀉癥狀,所以對(duì)A養(yǎng)殖場(chǎng)973只猴子單逡逑獨(dú)進(jìn)行分析,腹瀉猴中彎曲菌陽(yáng)性率(61.7%)氋于非腹瀉猴(33.4%),且差異顯著(P<0.05)。逡逑如圖1-2所示,腹瀉猴所感染的彎曲菌中結(jié)腸彎曲菌所占比率(89.66%)高于非腹瀉猴>斤逡逑感染的彎曲菌中結(jié)腸彎曲菌所占比率(76.38%)。邐;-逡逑表1-6不同健康狀況的猴中彎曲菌分離情況逡逑邐Table邋1_6邋Different邋species邋of邋Cfl/wpy/ofefle/gr邋from邋different邋physical邋status邐逡逑陽(yáng)性樣品數(shù)(陽(yáng)性率)逡逑是否腹瀉邐總數(shù)邋邐逡逑空腸彎曲菌邐結(jié)腸彎曲菌邐其它彎曲菌邐合計(jì)逡逑非腹瀉邐926邐67邋(7.2%)邐249邋(26.9%)邐6邋(0.6%)邐309邋(33.4%)逡逑腹瀉邐47邐3邋(6.4%)邐27(57.4%)邐0(0%)邐29(61.7%)逡逑由于存在少數(shù)同時(shí)感染兩種彎曲菌的個(gè)體,所以空腸彎曲菌、結(jié)腸彎曲菌和其它彎曲菌之和會(huì)稍大于合逡逑計(jì)的個(gè)體數(shù)。逡逑
Fig邋2-1邋Distribution邋of邋Campylobacter邋in邋newborn邋monkeys邋of邋different邋ages逡逑2.2新生猴結(jié)腸彎曲菌分離株的MLST分型結(jié)果與分析逡逑如圖2-2所示,共測(cè)序25株新生猴結(jié)腸彎曲菌分離株(新生猴都為食蟹猴),包含7逡逑種邋ST邋型,優(yōu)勢(shì)邋ST邋型主要有邋ST-3753、ST-828、novelST5,占邋68%邋(17/25)。7邋種邋ST邋型逡逑中新ST型有5種,共包含13株結(jié)腸彎曲菌,占所測(cè)新生猴結(jié)腸彎曲菌總數(shù)的52%(13/25)。逡逑ST-3753和ST-828同屬于同源復(fù)合體ST-828,兩個(gè)ST型間遺傳距離較近,只相差一個(gè)等逡逑位基因值,屬于該同源復(fù)合體的分離株共12株,占48%,其它ST型未被分配同源復(fù)合體。逡逑
-53邐孔科飼養(yǎng)猴彎曲菌流行病學(xué)調(diào)g胺擲脛?shì)復(fù)L言、镍r┨卣鞣治齬膊獬雋隋澹保敝幟殼骯剩停蹋櫻鑰庵形叢魷值模櫻孕,以neP觶澹戾澹櫻藻澹ㄐ攏櫻孕停┎罰保泵攏櫻孕凸玻常鋼輳妓夥擲脛曜蓯模玻玻玻。10粥崣言型:言-1096、言-1(dān)福、辶x希櫻裕保罰叮貳ⅲ櫻裕玻罰常病ⅲ櫻裕常埃玻場(chǎng)ⅲ櫻裕常罰擔(dān)場(chǎng)ⅲ櫻裕擔(dān)保玻場(chǎng)ⅲ櫻裕福玻、言-829、言-8(dān)村逋粲詬鐾錘春咸澹ǎ悖歟錚睿幔戾澹悖錚恚穡歟澹,邋CC,指遗传学上具有相箙Q緣幌嗤南婦希涸錘春咸澹櫻裕福玻,占所测窋S脛曜蓯模罰保梗ィO碌模保持鄭櫻孕臀幢環(huán)峙渫錘春咸。辶x賢粲諭煌錘春咸宓模櫻孕圖湟糯嗬虢轄e義
本文編號(hào):2771975
【學(xué)位授予單位】:揚(yáng)州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:S858.9
【圖文】:
如表1-6所示,由于只有A養(yǎng)殖場(chǎng)的猴出現(xiàn)腹瀉癥狀,所以對(duì)A養(yǎng)殖場(chǎng)973只猴子單逡逑獨(dú)進(jìn)行分析,腹瀉猴中彎曲菌陽(yáng)性率(61.7%)氋于非腹瀉猴(33.4%),且差異顯著(P<0.05)。逡逑如圖1-2所示,腹瀉猴所感染的彎曲菌中結(jié)腸彎曲菌所占比率(89.66%)高于非腹瀉猴>斤逡逑感染的彎曲菌中結(jié)腸彎曲菌所占比率(76.38%)。邐;-逡逑表1-6不同健康狀況的猴中彎曲菌分離情況逡逑邐Table邋1_6邋Different邋species邋of邋Cfl/wpy/ofefle/gr邋from邋different邋physical邋status邐逡逑陽(yáng)性樣品數(shù)(陽(yáng)性率)逡逑是否腹瀉邐總數(shù)邋邐逡逑空腸彎曲菌邐結(jié)腸彎曲菌邐其它彎曲菌邐合計(jì)逡逑非腹瀉邐926邐67邋(7.2%)邐249邋(26.9%)邐6邋(0.6%)邐309邋(33.4%)逡逑腹瀉邐47邐3邋(6.4%)邐27(57.4%)邐0(0%)邐29(61.7%)逡逑由于存在少數(shù)同時(shí)感染兩種彎曲菌的個(gè)體,所以空腸彎曲菌、結(jié)腸彎曲菌和其它彎曲菌之和會(huì)稍大于合逡逑計(jì)的個(gè)體數(shù)。逡逑
Fig邋2-1邋Distribution邋of邋Campylobacter邋in邋newborn邋monkeys邋of邋different邋ages逡逑2.2新生猴結(jié)腸彎曲菌分離株的MLST分型結(jié)果與分析逡逑如圖2-2所示,共測(cè)序25株新生猴結(jié)腸彎曲菌分離株(新生猴都為食蟹猴),包含7逡逑種邋ST邋型,優(yōu)勢(shì)邋ST邋型主要有邋ST-3753、ST-828、novelST5,占邋68%邋(17/25)。7邋種邋ST邋型逡逑中新ST型有5種,共包含13株結(jié)腸彎曲菌,占所測(cè)新生猴結(jié)腸彎曲菌總數(shù)的52%(13/25)。逡逑ST-3753和ST-828同屬于同源復(fù)合體ST-828,兩個(gè)ST型間遺傳距離較近,只相差一個(gè)等逡逑位基因值,屬于該同源復(fù)合體的分離株共12株,占48%,其它ST型未被分配同源復(fù)合體。逡逑
-53邐孔科飼養(yǎng)猴彎曲菌流行病學(xué)調(diào)g胺擲脛?shì)復(fù)L言、镍r┨卣鞣治齬膊獬雋隋澹保敝幟殼骯剩停蹋櫻鑰庵形叢魷值模櫻孕,以neP觶澹戾澹櫻藻澹ㄐ攏櫻孕停┎罰保泵攏櫻孕凸玻常鋼輳妓夥擲脛曜蓯模玻玻玻。10粥崣言型:言-1096、言-1(dān)福、辶x希櫻裕保罰叮貳ⅲ櫻裕玻罰常病ⅲ櫻裕常埃玻場(chǎng)ⅲ櫻裕常罰擔(dān)場(chǎng)ⅲ櫻裕擔(dān)保玻場(chǎng)ⅲ櫻裕福玻、言-829、言-8(dān)村逋粲詬鐾錘春咸澹ǎ悖歟錚睿幔戾澹悖錚恚穡歟澹,邋CC,指遗传学上具有相箙Q緣幌嗤南婦希涸錘春咸澹櫻裕福玻,占所测窋S脛曜蓯模罰保梗ィO碌模保持鄭櫻孕臀幢環(huán)峙渫錘春咸。辶x賢粲諭煌錘春咸宓模櫻孕圖湟糯嗬虢轄e義
本文編號(hào):2771975
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