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蘇尼特羊GDF9基因關(guān)聯(lián)性分析及其突變對(duì)啟動(dòng)子活性的影響

發(fā)布時(shí)間:2020-07-07 07:10
【摘要】:蒙古羊及其亞種廣泛分布在我國長江以北,蒙古高原及中亞地區(qū),具有耐寒、耐粗飼和肉質(zhì)鮮美等優(yōu)良特征。因其繁殖力較低,影響了蒙古羊體系的生產(chǎn)效率。本研究采集蘇尼特羊260只(其中經(jīng)產(chǎn)單羔羊183只,經(jīng)產(chǎn)雙羔羊77只)作為試驗(yàn)樣本,同時(shí)采集烏珠穆沁羊36只、呼倫貝爾羊(大尾型)、呼倫貝爾羊(小尾型)、小尾寒羊與湖羊各30只,研究樣本總數(shù)為416只。利用PCR-RFLP及直接測序技術(shù),挖掘和分析蘇尼特羊GDF9基因存在的突變位點(diǎn)及其對(duì)蘇尼特羊產(chǎn)羔數(shù)的影響,并對(duì)其進(jìn)行遺傳多樣性分析、生物信息學(xué)分析和功能性驗(yàn)證。結(jié)果表明:(1)在蘇尼特羊群體GDF9(生長分化因子9,Growth differentiation factor 9)基因中發(fā)現(xiàn)11個(gè)SNP(單核苷酸多態(tài)性,Single nucleotide polymorphism),在這11個(gè)突變位點(diǎn)中有兩組突變位點(diǎn)屬于連鎖不平衡(Linkage disequilibrium,LD),分別為LD1(g.41770932CT SNP+g.41771134AG SNP+g.41771380CT SNP)和LD2(g.41771007GT SNP+g.41771305AG SNP+g.41771380CT SNP),且g.41770718TG SNP與LD1在產(chǎn)雙羔母羊群體中呈一定的相互連鎖;關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果表明,g.41770718TG(P0.01)、LD1(P0.001)、p.Ser347Phe(P0.05)和c.1525AG SNP(P0.01)與蘇尼特羊平均產(chǎn)羔數(shù)顯著相關(guān);(2)雙熒光素酶對(duì)啟動(dòng)子活性分析表明,g.41770932CT SNP在LD1中起主要作用,并且在啟動(dòng)子上游-177bp處為GDF9的核心啟動(dòng)子;G等位基因在-118處(g.41770718TG SNP)可使GDF9啟動(dòng)子活性下降,而T等位基因在-332處(LD1的g.41770932CT SNP)可使其啟動(dòng)子活性上升,當(dāng)G和T等位基因同時(shí)存在于-118和-332,同樣使啟動(dòng)子活性上升。上述結(jié)果表明,g.41770932CT SNP(LD1)位點(diǎn)可以顯著影響GDF9基因的表達(dá)量,且與蘇尼特羊產(chǎn)羔數(shù)顯著相關(guān)。
【學(xué)位授予單位】:內(nèi)蒙古大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2019
【分類號(hào)】:S826
【圖文】:

模式圖,模式圖,卵母細(xì)胞,體外成熟


圖 1-2 BMP15 和 GDF9 同源二聚體與 GDF9:BMP15 異二聚體作用于卵丘細(xì)胞模式圖[58]Figure1-2 Models for BMP15 and GDF9 homodimers and GDF9:BMP15 heterodimers in regulating cumulusgranulosa cell functions[58]2.1.2 GDF9 對(duì)卵子成熟的作用GDF9 不僅在卵巢發(fā)育初級(jí)發(fā)揮關(guān)鍵作用,還調(diào)控卵子成熟的一些發(fā)育事件。在牛的 IVF期間,用外源重組的 GDF9 蛋白對(duì) COC 進(jìn)行處理,發(fā)現(xiàn)其囊胚率有明顯提升[59]。在小鼠[60-61]、山羊[62]和豬[63]等物種當(dāng)中,均發(fā)現(xiàn)了類似的現(xiàn)象。體外成熟的卵母細(xì)胞可能無法分泌能夠維持卵母細(xì)胞減數(shù)分裂成熟的卵母細(xì)胞因子。例如,在小鼠的體外成熟卵中,BMP15 要明顯少于體內(nèi)成熟的 COC[64]。GDF9 可以促進(jìn)卵母細(xì)胞中細(xì)胞核(質(zhì))成熟以及谷胱甘肽過氧化物酶 1(Glutathioneperoxidase1)的表達(dá),并且可以預(yù)防透明帶硬化[64]。所以,GDF9 有利于 IVM 中卵母細(xì)胞的發(fā)育。上述研究表明,GDF9 在卵巢及卵泡發(fā)育中均發(fā)揮重要作用。

相對(duì)位置,基因,碩士研究生論文,內(nèi)蒙古大學(xué)


內(nèi)蒙古大學(xué) 碩士研究生論文序后,一共檢測到了 11 個(gè) SNP,其中有 9 個(gè)位于轉(zhuǎn)錄起始位點(diǎn)上游的 1000bp 以內(nèi),分別位于-118bp(g.41770718T>GSNP)、-332bp(g.41770932C>TSNP)、-349bp(g.41770949C>TSNP)、-407bp(g.41771007G>T SNP)、-534bp(g.41771134A>G SNP)、-705bp(g.41771305A>G SNP)、-780bp(g.41771380C>T SNP)、-799bp(g.41771399C>T SNP)、-822bp(g.41771422T>C SNP)的位置;另外兩個(gè)分別位于外顯子的 1040bp(p.Ser347PheSNP)處和 3’UTR163bp(c.1525A>GSNP)處(圖 3-1 和圖 3-2)。在所有的突變位點(diǎn)當(dāng)中,g.41770932C>T、g.41771007G>T 和g.41771134A>G SNP 已有報(bào)道[83],但只發(fā)現(xiàn)了 g.41771134A>G SNP 具有顯著的關(guān)聯(lián)性。結(jié)果表明,GDF9 基因 SNP 發(fā)生位置主要集中于啟動(dòng)子區(qū)域。

測序,基因,關(guān)聯(lián)性分析,呼倫貝爾


30圖 3-2 GDF9 基因各 SNP 測序結(jié)果Figure 3-2 The results of sequencing of each SNPs in GDF9關(guān)聯(lián)性分析718T>G SNP 的關(guān)聯(lián)性分析特羊、小尾寒羊、湖羊、呼倫貝爾羊(大尾型和小尾型)以及烏珠穆沁

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