【摘要】：蝙蝠是世界上僅次于嚙齒類(lèi)動(dòng)物的哺乳動(dòng)物,分布于除地球兩極以外的其它陸地。蝙蝠常作為許多人獸共患病的自然宿主而被關(guān)注。目前已從蝙蝠中發(fā)現(xiàn)了超過(guò)200種病毒,其中有很多病毒具有顯著的公共衛(wèi)生威脅,比如狂犬病毒、馬爾堡病毒、SARS樣冠狀病毒和尼帕病毒等。我國(guó)南部地區(qū)經(jīng)濟(jì)發(fā)達(dá)、氣候潮濕、溫度適宜,適合蝙蝠生存,并且暴發(fā)過(guò)多起新發(fā)傳染病,比如登革熱、SARS和流感等。為了對(duì)福建和廣西地區(qū)蝙蝠的新發(fā)傳染病病毒有效地調(diào)查,防止蝙蝠病毒跨種和跨境傳播給其他動(dòng)物和人,保障人民生命安全,本課題對(duì)這兩個(gè)地區(qū)蝙蝠攜帶病毒的病原生態(tài)學(xué)開(kāi)展了系統(tǒng)的研究,并對(duì)新發(fā)現(xiàn)的諾如病毒和嗜肝DNA病毒進(jìn)行了深入的病原學(xué)鑒定。本研究于2015年6月至2016年7月,從福建和廣西13個(gè)市的29個(gè)地點(diǎn)共采集到758只蝙蝠樣品,蝙蝠品種涉及到蝙蝠科(Vespertilionidae)和菊頭蝠科(Rhinolophida的 5 個(gè)屬,共 16 個(gè)種的蝙蝠。通過(guò)實(shí)驗(yàn)室特色的SVM分析技術(shù),共獲得14,014,153條reads,通過(guò)基因注釋,其中0.65%(90,449)注釋到了病毒。其中涵蓋了 43個(gè)已知病毒科111個(gè)病毒屬,還包括一些其它未分類(lèi)的病毒。根據(jù)宿主的不同,這些已知病毒分為哺乳動(dòng)物病毒、昆蟲(chóng)病毒、植物病毒和噬菌體。其中包含18個(gè)哺乳動(dòng)物病毒科27個(gè)屬、11個(gè)昆蟲(chóng)病毒科21個(gè)屬、9個(gè)植物病毒科17個(gè)屬、6個(gè)噬菌體科30個(gè)屬。在哺乳動(dòng)物病毒中,重要的有腺病毒科,乳頭瘤病毒科,嗜肝病毒科,圓環(huán)病毒科,逆轉(zhuǎn)錄病毒科,細(xì)小病毒科,星狀病毒科,呼腸孤病毒科,冠狀病毒科,小RNA病毒科,黃病毒科,彈狀病毒科,指環(huán)病毒科,內(nèi)羅畢病毒科,漢坦病毒科,杯狀病毒科等病毒科的成員。通過(guò)對(duì)福建以及廣西蝙蝠所攜帶的哺乳動(dòng)物病毒進(jìn)行比較分析,發(fā)現(xiàn)福建省蝙蝠所攜帶的病毒包括10個(gè)哺乳動(dòng)物病毒科12個(gè)屬,廣西蝙蝠所攜帶的病毒包括15個(gè)哺乳動(dòng)物病毒科38個(gè)屬,說(shuō)明不同省份的蝙蝠所攜帶的病毒具有地域性的差異。在宏基因組發(fā)現(xiàn)的病毒中,由于諾如病毒和肝炎病毒具有重要的的公共衛(wèi)生意義,而且它們?cè)诟＝�、廣西的多樣性特征和分布尚未明確,因此本研究對(duì)這2種蝙蝠病毒進(jìn)行了分子鑒定。諾如病毒是僅次于輪狀病毒能夠在全世界范圍內(nèi)引起嬰幼兒急性暴發(fā)性胃腸炎的病原,在發(fā)展中國(guó)家,每年能夠?qū)е录s20萬(wàn)不到五歲兒童死亡。目前諾如病毒可分為6個(gè)基因群,即GI-GVI,具有明顯的遺傳多樣性。每一個(gè)基因群都能夠感染多種哺乳動(dòng)物。根據(jù)病毒宏基因組測(cè)序結(jié)果和進(jìn)一步的RT-PCR篩查,我們?cè)诟＝ㄊ∧掀绞械?2只中菊頭蝠中檢測(cè)到了 2份蝙蝠諾如病毒陽(yáng)性樣品,陽(yáng)性率為3.22%,對(duì)其中一份陽(yáng)性樣品中的諾如病毒進(jìn)行了全基因組序列擴(kuò)增,首次成功獲得蝙蝠諾如病毒(NPIH26株)的全長(zhǎng)基因序列,大小為7,363nt�；蚪M結(jié)構(gòu)分析表明NPIH26具有典型的杯狀病毒單鏈線性的基因組結(jié)構(gòu),同方向編碼三個(gè)蛋白,分別是多聚蛋白,VP1和VP2。部分基因片段的同源性分析發(fā)現(xiàn)NPIH26與我國(guó)云南的菊頭蝠中發(fā)現(xiàn)的諾如病毒BtRs-Ca1V/YN2010有最高的核苷酸同源性,為73%。為確定其進(jìn)化關(guān)系,運(yùn)用VP1基因進(jìn)行遺傳演化分析,把其和諾如病毒的其他六個(gè)基因群的成員進(jìn)行比較,結(jié)果顯示,NPIH26和BtRs-Ca1V/YN2010組成一個(gè)單獨(dú)的分支,但是和諾如病毒的其它6個(gè)基因群不在同一個(gè)分支中,遺傳距離較遠(yuǎn)。因此,NPIH26可以被認(rèn)為是一個(gè)新的基因群,即基因7群——GVII。乙肝病毒是嗜肝DNA病毒科正嗜肝DNA病毒屬的原型代表,該病毒是人類(lèi)最具有傳染性的病原體之一,每年有88萬(wàn)人死于乙肝病毒感染。2013年,本實(shí)驗(yàn)室首次在緬甸的長(zhǎng)翼蝠中分離到了蝙蝠肝炎病毒,并且作為一個(gè)新的種被ICTV收錄。目前正嗜肝DNA病毒屬中已經(jīng)有4種蝙蝠肝炎病毒,這表明乙肝病毒在蝙蝠中的種類(lèi)比在其他宿主中豐富。為了闡明福建和廣西蝙蝠攜帶肝炎病毒的多樣性特征,我們根據(jù)病毒宏基因組結(jié)果和進(jìn)一步的PCR篩查,從廣西河池采集的3只大蹄蝠中檢測(cè)到了 2份蝙蝠肝炎病毒陽(yáng)性,對(duì)2份陽(yáng)性樣品中的肝炎病毒進(jìn)行全序列擴(kuò)增,序列全長(zhǎng)均為3,275nt,兩者之間的同源性為99.8%,和從中國(guó)龍泉的中華菊頭蝠中檢測(cè)到的Longquan-Ha-273病毒的同源性最高,為96.4%。用全基因組序列進(jìn)行系統(tǒng)進(jìn)化分析,本實(shí)驗(yàn)中的兩株病毒屬于一種新的基因型。本研究應(yīng)用病毒宏基因組學(xué)的方法對(duì)福建及廣西蝙蝠的病毒組進(jìn)行研究,揭示了該地區(qū)蝙蝠攜帶病毒的多樣性特征和地域差異。在此基礎(chǔ)上鑒定出新的蝙蝠諾如病毒基因群,并測(cè)定了國(guó)際上首株蝙蝠諾如病毒全基因組序列。此外,還發(fā)現(xiàn)了新的蝙蝠肝炎病毒基因型。本研究對(duì)進(jìn)一步揭示蝙蝠諾如病毒和嗜肝DNA病毒的起源與遺傳衍化以及闡明它們的公共衛(wèi)生意義具有很重要的參考價(jià)值。
【學(xué)位授予單位】：福建農(nóng)林大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2018
【分類(lèi)號(hào)】：S852.65
【圖文】：

本課題組于２０１５年６月到２０１６年６月共采集到７５８只蝙蝠樣品，包括福建逡逑的龍巖、三明和南平的１８２只蝙蝠和廣西的桂林、柳州、來(lái)賓、百色、河池、崇逡逑左、南寧、欽州、玉林和北海的５７６只蝙蝠，這些蝙蝠的采集地點(diǎn)如圖２－１所示。逡逑采樣時(shí)，不同地方不同種類(lèi)的蝙蝠都采集一定的數(shù)量，保證采集到的蝙蝠的多樣逡逑性。我們對(duì)采集到的蝙蝠進(jìn)行物種分類(lèi)，一共包含有２個(gè)科：蝙蝠科逡逑和菊頭幅科（施ｗｏ／ｏ／ｊ／ｚ／ｃ／ａｅ），５個(gè)屬：黃幅屬、長(zhǎng)翼幅屬、逡逑鼠耳蝠屬、菊頭蝠屬和蹄蝠屬，１６種蝙蝠。所有的蝙蝠外表健康，無(wú)病態(tài)表現(xiàn)。逡逑具體的種類(lèi)和數(shù)量信息見(jiàn)表２－１。逡逑廣，＼逡逑，ｃ＇、逡逑廣西省邐福建省逡逑圖２－１蝙蝠采樣地理分布逡逑Ｆｉｇｕｒｅ邋２－１邋Ｇｅｏ－ｌｏｃａｔｉｏｎ邋ｏｆ邋ｂａｔ邋ｓａｍｐｌｉｎｇ逡逑２．１．２主要試劑及耗材逡逑試劑：逡逑核酸消化酶購(gòu)自中國(guó)大連寶生物（ＴａＫａＲａ），核酸提取試劑盒：包括ＤＮＡ和逡逑１３逡逑

Ｆｉｇｕｒｅ邋２－２邋Ｔａｘｏｎｏｍｙ邋ｓｕｍｍａｒｙ邋ｏｎ邋ｂａｔ邋ｓｐｅｃｉｅｓ．邋Ｔｈｉｃｋ邋ｂｌａｃｋ邋ｓｏｌｉｄ邋ｌｉｎｅｓ邋ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ邋ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ邋ｂａｔｓ逡逑ｆａｍｉｌｙ，邋ｔｈｉｎ邋ｂｌａｃｋ邋ｌｉｎｅｓ邋ｒｅｐｒｅｓｅｎｔ邋ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ邋ｂａｔｓ邋ｇｅｎｕｓ．逡逑少，只有６２７個(gè)ｒｅａｄｓ，如圖２－３所示。在這些序列中，ＧＸ０２１７組所含有的哺乳逡逑類(lèi)動(dòng)物病毒序列和噬菌體序列都是最多的，ＧＸ０２２３所含有的昆蟲(chóng)類(lèi)病毒序列最逡逑多。逡逑對(duì)所得到的這些ｒｅａｄｓ進(jìn)行分析，發(fā)現(xiàn)一共注釋到了邋４３個(gè)病毒科和１１１個(gè)病逡逑毒屬（哺乳動(dòng)物病毒序列是經(jīng)過(guò)ｂｌａｓｔ比對(duì)過(guò)，其他宿主的病毒序列未經(jīng)ｂｌａｓｔ比逡逑對(duì)），病毒統(tǒng)計(jì)見(jiàn)表２－３，我們根據(jù)病毒宿主的不同，將這些病毒樣序列分為哺乳逡逑動(dòng)物病毒、昆蟲(chóng)病毒、植物病毒和噬菌體，并對(duì)不同宿主的病毒進(jìn)行病毒分類(lèi)。逡逑其中包含哺乳動(dòng)物病毒１８?jìng)�(gè)科２７個(gè)屬、昆蟲(chóng)病毒１１個(gè)科２１個(gè)屬、植物病毒９逡逑個(gè)科１７個(gè)屬、噬菌體６個(gè)科３０個(gè)屬。在哺乳動(dòng)物病毒中，有腺病毒科逡逑（ｄ辦ｎｗ／ｎ▲N先橥妨霾《究疲ǎ羞擔(dān)瘚ａｖ／ｒ／Ｖ／_灒�，嗜肝病毒科（办�＞／Ａｚｅ）

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2734263