【摘要】：我國擁有諸多具備優(yōu)良性狀的地方畜禽品種,將其與國外品種進行雜交得到的后代兼?zhèn)溆H本所擁有的優(yōu)秀性狀,是符合人們要求的品種。陸川豬是典型的脂肪型豬種,杜洛克豬是優(yōu)秀的瘦肉型品種,兩者正反交F1代—杜陸豬和陸杜豬均遺傳了其肉品質(zhì)佳、生長速度快和繁殖性能好等優(yōu)良性狀,但兩者之間仍存在性狀差異。本研究以杜陸豬和陸杜豬為研究對象,通過背最長肌轉(zhuǎn)錄組測序,從轉(zhuǎn)錄水平分析兩者生長發(fā)育差異,并篩選出目的基因IFRD1進行表達譜構(gòu)建、克隆和生物信息學分析,以及初步探索其與脂肪沉積的關(guān)聯(lián)性,以期為培育出更為優(yōu)秀的品種提供理論基礎(chǔ)。具體研究結(jié)果如下:1.2月齡杜陸豬和陸杜豬背最長肌組織存在857個差異基因,其顯著富集于2個分子功能本體和4個生物過程本體,包含蛋白激酶活性負調(diào)控GO條目。差異基因顯著富集于20個KEGG通路,包含PI3K-Akt信號通路、鈣信號通路、花生四烯酸代謝信號通路和細胞色素P450酶信號通路。并篩選出IGF2、ANKRD1、IFRD1、UCP3、PDK4和 WFIKKN2等基因作為揭示杜陸豬和陸杜豬生長發(fā)育分子差異的候選基因。2.IFRD1基因時空表達譜表明其在2月齡和8月齡的豬各個組織中的表達趨勢一致,均為在肺臟中最高,皮下脂肪較高,而背肌最低。在不同品種豬皮下脂肪組織中,IFRD1基因表達量于2月齡顯著低于8月齡(P0.05);在不同月齡中,IFRD1基因在杜陸豬皮下脂肪表達量均顯著高于陸杜豬(P0.05),且KEGG結(jié)果顯示IFRD1基因富集于與脂質(zhì)代謝密切相關(guān)的膽汁分泌信號通路和胰腺分泌信號通路,推測IFRD1基因與杜陸豬和陸杜豬脂肪沉積能力差異相關(guān)。3.所克隆出豬IFRD1基因CDS區(qū)長1353bp,編碼451個氨基酸。相關(guān)生物信息學分析發(fā)現(xiàn)IFRD1蛋白屬于膜內(nèi)不穩(wěn)定親水性蛋白,且不存在信號肽,二級結(jié)構(gòu)主要包含α-螺旋和無規(guī)則卷曲,不存在N糖基化位點,有兩處O糖基化位點和多處磷酸化位點,處于兩個保守結(jié)構(gòu)域,主要分布于細胞核內(nèi)。3.實驗發(fā)現(xiàn)IFRD1基因與SREBP-1c、ACC1基因在杜陸豬皮下脂肪表達量均顯著高于在陸杜豬(P0.05)。過表達IFRD1基因后檢測SREBP-1c基因和ACC1基因表達量均顯著上升(P0.05)。而且IFRD1基因表達量與豬表觀屠宰數(shù)據(jù)中胴體重、腰薦結(jié)合部膘厚、6-7胸椎膘厚和屠宰率的指標顯著相關(guān)(P0.05),且與豬脂肪沉積相關(guān)指標呈正相關(guān),其可能通過影響SREBP-1c和ACC1基因表達進而起到調(diào)控作用,但具體作用機制需進一步驗證。綜上所訴,經(jīng)由轉(zhuǎn)錄組挖掘出來的IFRD1基因,其可能通過正向調(diào)控SREBP-1c和ACC1基因mRNA表達與豬脂肪沉積過程相關(guān);且其在杜陸豬和陸杜豬皮下脂肪顯著差異表達,或可為分子標記輔助選育出更為優(yōu)良的品種。
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然后使用特異性引物擴增產(chǎn)物；接著采用熱變型的方式使得ＰＣＲ產(chǎn)物變成單鏈，再使逡逑用特異性橋式引物將所得單鏈ＤＮＡ環(huán)化，所得即為單鏈環(huán)狀ＤＮＡ文庫；最后上機測逡逑序。整個測序流程如下圖２－１所示。逡逑Ｔｏｔａｌ邋ＲＮＡ逡逑＾邋ｍＲＮＡ邋ｅｎｒｉｃｈｍｅｎｔ逡逑ｍＲＮＡ邋邐—邐逡逑ｆｒａｇｍｅｎｔ逡逑Ｉ邋Ｒａｎｄｏｍ邋Ｎ６邋ｐｒｉｍｅｒ逡逑Ｒｅｖｅｒｓｅ邋ｔｒａｎｓｃｒｉｐｔｉｏｎ逡逑Ｉ邋１．邋Ｓｅｃｏｎｄ邋ｓｔｒａｎｄ邋ｓｙｎｔｈｅｓｉｓ逡逑ｌ邋２．邋ＥＲ邋Ａ－ｔａｉｌｉｎｇ逡逑９９Ｍ邋ａ邐邐ｐ逡逑＾邋Ｂｕｂｂｌｅ邋ａｄａｐｔｅｒ邋ｌｉｇａｔｉｏｎ逡逑ｓ＇邋一邐Ｔ邐Ａ邐ｗ－邋３，逡逑３’一－Ａ邐邐邐Ｔ邋邐５，逡逑ｉ邋ＰＣＲ逡逑N邋Ｈｅａｔ邋ｓｅｐａｒａｔｉｏｎ逡逑Ｊ，邋＊？Ｃｉｒｃ逡逑Ｓｐｌｉｎｔ邋ｏｌｉｇｏ逡逑／邐＇Ｖ邐ＤＮＢ邐Ｓｃｑａｃｏｃｅ逡逑Ｉ邐１邋邐＞邋ｍａｋｉｎ－邋邐＞邋ｆｏｒ邋ＰＥ１００逡逑圖２－１邋ＢＧＩＳＥＱ－５００實驗流程圖逡逑Ｆｉｇ．２－１邋Ｅｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌ邋ｆｌｏｗ邋ｃｈａｒｔ邋ｏｆ邋ＢＧＩＳＥＱ－５００逡逑１０逡逑

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【學位授予單位】：廣西大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2019
【分類號】：S828

【參考文獻】

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本文編號：2710465