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羊口瘡病毒環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增高效檢測(cè)方法的建立

發(fā)布時(shí)間:2020-05-28 12:17
【摘要】:羊口瘡(ORF)的快速診斷對(duì)于該病的防控至關(guān)重要,而環(huán)介導(dǎo)等溫?cái)U(kuò)增(LAMP)技術(shù)可以滿足對(duì)羊口瘡病毒(ORFV)高效性的現(xiàn)場(chǎng)檢測(cè)需求。本試驗(yàn)對(duì)ORFVVIR基因擴(kuò)增,通過(guò)優(yōu)化反應(yīng)條件,對(duì)LAMP檢測(cè)ORFV進(jìn)行了顯色反應(yīng)、特異性和靈敏性的檢測(cè),并進(jìn)行了后續(xù)的臨床檢測(cè)。結(jié)果顯示,利用優(yōu)化的LAMP染色法,將呈現(xiàn)綠色的陽(yáng)性組與橙色的陰性組區(qū)分開(kāi)。對(duì)擴(kuò)增的質(zhì)粒和陽(yáng)性對(duì)照樣品的檢測(cè)呈現(xiàn)出了陽(yáng)性條帶,而對(duì)山羊痘、綿羊痘、牛傳染性鼻氣管炎和牛副流感3型病毒的檢測(cè)并無(wú)陽(yáng)性條帶。優(yōu)化的LAMP檢測(cè)ORFV的靈敏度比傳統(tǒng)PCR高出1 000倍。對(duì)15份臨床樣品檢測(cè)的結(jié)果表明,優(yōu)化的LAMP電泳和染色法對(duì)ORFV的檢出率均為100%,與傳統(tǒng)PCR檢測(cè)結(jié)果相一致。上述結(jié)果表明優(yōu)化的LAMP對(duì)ORFV的檢測(cè)具有特異性、高靈敏性且更加方便等優(yōu)點(diǎn),從而更適用于現(xiàn)場(chǎng)的高效檢測(cè)。
【圖文】:

用量,靈敏性,甜菜堿,聚合酶


LAMP條件優(yōu)化的內(nèi)容包括:Mg2+用量、甜菜堿的用量、BstDNA聚合酶的用量、dNTPs的用量、內(nèi)外引物的濃度、LAMP方法檢測(cè)陽(yáng)性模板反應(yīng)的最佳時(shí)間和最佳溫度這7個(gè)方面。其中,Mg2+(100mmol/L)的用量分別為1.5,2,2.5,3,3.5,4μL;甜菜堿(1mol/L)的用量分別為0,2,3,5,6,7μL;BstDNA聚合酶(8000U/mL)的用量分別為0.5,1,1.5,2,3μL;dNTPs(2.5mmol/L)的用量分別為1,2,3,,4,5,6μL;內(nèi)引物的濃度分別為10,20,40,80μmol/L,外引物的濃度為5μmol/L。通過(guò)上述各自試驗(yàn)的結(jié)果進(jìn)行選擇并組合,選擇最佳LAMP反應(yīng)體系。反應(yīng)時(shí)間分別為30,45,60,90,120min;反應(yīng)溫度分別為59.4,60.6,62.0,63.0,64.0,65.1℃。對(duì)LAMP擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行1.5%瓊脂糖凝膠電泳分析。1.4LAMP顯色法檢測(cè)ORFV將上述優(yōu)化的條件結(jié)果進(jìn)行整合,進(jìn)行LAMP擴(kuò)增,用500×SYBRGreenⅠ對(duì)反應(yīng)體系進(jìn)行不開(kāi)蓋顯色反應(yīng)。1.5LAMP檢測(cè)ORFV的特異性利用條件優(yōu)化的LAMP,通過(guò)與GPV、SPV、IBRV和BPIV3的DNA檢測(cè)作對(duì)比,對(duì)ORFV檢測(cè)的特異性進(jìn)行試驗(yàn)。1.6LAMP檢測(cè)ORFV的靈敏性梯度稀釋OR-FV陽(yáng)性質(zhì)粒用于LAMP靈敏性檢測(cè),并與傳統(tǒng)的PCR靈敏性

質(zhì)粒,鑒定結(jié)果,陽(yáng)性克隆,用量


LAMP條件優(yōu)化的內(nèi)容包括:Mg2+用量、甜菜堿的用量、BstDNA聚合酶的用量、dNTPs的用量、內(nèi)外引物的濃度、LAMP方法檢測(cè)陽(yáng)性模板反應(yīng)的最佳時(shí)間和最佳溫度這7個(gè)方面。其中,Mg2+(100mmol/L)的用量分別為1.5,2,2.5,3,3.5,4μL;甜菜堿(1mol/L)的用量分別為0,2,3,5,6,7μL;BstDNA聚合酶(8000U/mL)的用量分別為0.5,1,1.5,2,3μL;dNTPs(2.5mmol/L)的用量分別為1,2,3,4,5,6μL;內(nèi)引物的濃度分別為10,20,40,80μmol/L,外引物的濃度為5μmol/L。通過(guò)上述各自試驗(yàn)的結(jié)果進(jìn)行選擇并組合,選擇最佳LAMP反應(yīng)體系。反應(yīng)時(shí)間分別為30,45,60,90,120min;反應(yīng)溫度分別為59.4,60.6,62.0,63.0,64.0,65.1℃。對(duì)LAMP擴(kuò)增產(chǎn)物進(jìn)行1.5%瓊脂糖凝膠電泳分析。1.4LAMP顯色法檢測(cè)ORFV將上述優(yōu)化的條件結(jié)果進(jìn)行整合,進(jìn)行LAMP擴(kuò)增,用500×SYBRGreenⅠ對(duì)反應(yīng)體系進(jìn)行不開(kāi)蓋顯色反應(yīng)。1.5LAMP檢測(cè)ORFV的特異性利用條件優(yōu)化的LAMP,通過(guò)與GPV、SPV、IBRV和BPIV3的DNA檢測(cè)作對(duì)比,對(duì)ORFV檢測(cè)的特異性進(jìn)行試驗(yàn)。1.6LAMP檢測(cè)ORFV的靈敏性梯度稀釋OR-FV陽(yáng)性質(zhì)粒用于LAMP靈敏性檢測(cè),并與傳統(tǒng)的PCR靈敏性

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8 周銘;羊口瘡病毒文登株和石林株毒力致弱及毒力相關(guān)基因的生物信息學(xué)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

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10 張佳純;快速篩選重組羊口瘡病毒NA1/11Δ132以及構(gòu)建表達(dá)EV71 VP1蛋白的重組羊口瘡病毒NA1/11-VP1[D];南方醫(yī)科大學(xué);2016年



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