本文關(guān)鍵詞：秦川�；蚪M遺傳變異及其與脊椎數(shù)的關(guān)系研究，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

【摘要】：多脊椎性狀是存在于家畜上的有益突變。經(jīng)調(diào)查,首次發(fā)現(xiàn)秦川牛存在多脊椎性狀。為分析秦川牛脊椎數(shù)變異的候選基因,本研究利用測(cè)序的方法對(duì)12個(gè)脊椎發(fā)育候選基因(NR6A1、NR5A1、GDF11、ActRⅡB、VRTN、Hoxb9、Hoxc9、Hoxd9、Hoxa10、Hoxd10、Hoxa11和Hoxc11)的外顯子區(qū)進(jìn)行多態(tài)性分析。本研究還利用牛77 k基因芯片對(duì)秦川牛的多脊椎性狀進(jìn)行全基因組關(guān)聯(lián)分析;為揭示秦川牛遺傳變異,本研究利用77k芯片數(shù)據(jù),結(jié)合已有的世界牛品種50k的芯片數(shù)據(jù)進(jìn)行主成分分析(principal component analysis,PCA)和祖先估計(jì);并通過PennCNV軟件對(duì)秦川牛進(jìn)行拷貝數(shù)變異分析,并對(duì)拷貝數(shù)變異區(qū)域(CNVRs)進(jìn)行基因注釋和功能富集分析,獲得的主要結(jié)果如下:(1)分別在NR6A1、NR5A1、VRTN和Hoxd9基因上發(fā)現(xiàn)1、2、2和1個(gè)SNP突變。Hoxd9基因的突變位于非編碼區(qū);VRTN基因的2個(gè)突變?cè)贑DS區(qū)但未引起氨基酸改變,屬于同義突變;NR6A1和NR5A1基因的突變位于CDS區(qū),且均引起對(duì)應(yīng)氨基酸改變,屬于錯(cuò)義突變。但這些突變與牛脊椎數(shù)變異均無明顯相關(guān)性。(2)全基因組關(guān)聯(lián)分析顯示VRTN基因可能與牛胸椎數(shù)差異有關(guān)。最顯著的SNP位于牛10號(hào)染色體86060139 bp處,距該SNP位點(diǎn)最近的基因是VRTN基因,該基因已經(jīng)被證實(shí)與豬的多胸椎性狀相關(guān)。7號(hào)染色體上存在長連鎖不平衡區(qū)域(LD),可能與胸椎-腰椎的選擇有關(guān);16號(hào)染色體上存在與牛脊椎總數(shù)相關(guān)的區(qū)域。(3)PCA分析顯示秦川牛群體差異較大,具有豐富的遺傳多樣性。秦川牛與土耳其牛、日韓牛和歐洲牛親緣關(guān)系最近,與印度牛和非洲牛相差較大。祖先估計(jì)結(jié)果顯示秦川牛具有普通牛和瘤牛血統(tǒng),屬于混合起源。(4)共發(fā)現(xiàn)255個(gè)CNVRs,其中包括215個(gè)缺失事件(loss),31個(gè)獲得事件(gain)和9個(gè)缺失-獲得事件(both)。這些區(qū)域總長度約184 Mb,占牛常染色體區(qū)域的7.3%。(5)在155個(gè)CNVRs中共發(fā)現(xiàn)1503個(gè)基因,這些基因主要涉及46個(gè)生物學(xué)功能。在87個(gè)CNVRs中共發(fā)現(xiàn)127個(gè)QTLs,這些QTLs與肉牛的經(jīng)濟(jì)性狀有關(guān)。
【關(guān)鍵詞】：秦川牛 脊椎數(shù)變異 77k基因芯片 拷貝數(shù)變異 起源
【學(xué)位授予單位】：西北農(nóng)林科技大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類號(hào)】：S823
【目錄】：

• 摘要5-6
• ABSTRACT6-10
• 第一章 文獻(xiàn)綜述10-19
• 1.1 國內(nèi)外動(dòng)物脊椎數(shù)變異的研究進(jìn)展10-13
• 1.1.1 豬脊椎數(shù)變異的研究進(jìn)展10-11
• 1.1.2 羊脊椎數(shù)變異的研究進(jìn)展11
• 1.1.3 小鼠脊椎數(shù)變異的研究進(jìn)展11-13
• 1.2 全基因組關(guān)聯(lián)分析的研究進(jìn)展13
• 1.3 黃牛起源進(jìn)化的研究進(jìn)展13-14
• 1.4 拷貝數(shù)變異的研究進(jìn)展14-17
• 1.4.1 牛全基因組CNV的研究進(jìn)展14-15
• 1.4.2 人和其他動(dòng)物CNV研究進(jìn)展15-17
• 1.5 研究的目的意義17-19
• 1.5.1 研究目的17-18
• 1.5.2 研究意義18-19
• 第二章 秦川牛脊椎數(shù)變異候選基因的多態(tài)性研究19-27
• 2.1 材料與方法19-22
• 2.1.1 樣本采集19
• 2.1.2 試劑與儀器19-20
• 2.1.3 基因組DNA提取20
• 2.1.4 基因組DNA濃度及純度檢測(cè)20
• 2.1.5 引物設(shè)計(jì)和PCR擴(kuò)增20-22
• 2.1.6 PCR產(chǎn)物測(cè)序22
• 2.2 結(jié)果與分析22-24
• 2.2.1 基因組DNA的檢測(cè)22-23
• 2.2.2 NR6A1基因的多態(tài)性23
• 2.2.3 NR5A1基因的多態(tài)性23
• 2.2.4 Hoxd9基因的多態(tài)性23-24
• 2.2.5 VRTN基因的多態(tài)性24
• 2.3 討論24-26
• 2.4 小結(jié)26-27
• 第三章 秦川牛多脊椎性狀的SNP芯片分析27-34
• 3.1 材料與方法27-29
• 3.1.1 試驗(yàn)樣本收集及處理27
• 3.1.2 芯片掃描27-28
• 3.1.3 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制28
• 3.1.4 全基因組關(guān)聯(lián)分析28
• 3.1.5 基因型與脊椎數(shù)的相關(guān)分析28-29
• 3.1.6 顯著SNPs的基因注釋29
• 3.2 結(jié)果與分析29-32
• 3.2.1 秦川�；蚪MDNA的檢測(cè)29
• 3.2.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制29
• 3.2.3 胸椎數(shù)為14的個(gè)體與胸椎數(shù)為13的個(gè)體比較29
• 3.2.4 7 號(hào)染色體上的長連鎖不平衡區(qū)域（LD）29-32
• 3.2.5 16號(hào)染色體存在與脊椎總長相關(guān)的區(qū)域32
• 3.3 討論32-33
• 3.4 小結(jié)33-34
• 第四章 秦川牛全基因組拷貝數(shù)變異分析34-46
• 4.1 材料與方法34-36
• 4.1.1 分型數(shù)據(jù)35
• 4.1.2 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制35
• 4.1.3 主成分分析和混合分析35-36
• 4.1.4 CNV的檢測(cè)36
• 4.1.5 CNV的質(zhì)量控制36
• 4.1.6 CNVR的確定和CNVR圖譜的構(gòu)建36
• 4.1.7 CNVRs的基因/QTL含量和功能富集分析36
• 4.2 結(jié)果與分析36-43
• 4.2.1 數(shù)據(jù)質(zhì)量控制36
• 4.2.2 主成分分析顯示秦川牛存在豐富的遺傳變異36-37
• 4.2.3 ADMIXTURE分析表明秦川牛是混合起源37-38
• 4.2.4 CNVRs的分布特征與CNVRs圖譜的構(gòu)建38-40
• 4.2.5 CNVRs的功能富集分析40-43
• 4.3 討論43-45
• 4.4 小結(jié)45-46
• 第五章 結(jié)論與創(chuàng)新點(diǎn)46-47
• 5.1 本文結(jié)論46
• 5.2 創(chuàng)新點(diǎn)46-47
• 參考文獻(xiàn)47-56
• 附錄56-72
• 致謝72-73
• 作者簡介73

【相似文獻(xiàn)】

中國期刊全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 魯建民,劉文;秦川牛的保種與改良[J];黃牛雜志;2002年05期

2 張巖,郭秀俠,劉文,賈永宏;秦川牛品種資源的保護(hù)與利用[J];黃牛雜志;2004年06期

3 張志恒,尹欒,劉收選,羅創(chuàng)國;秦川牛普查情況報(bào)告[J];黃牛雜志;2004年06期

4 邱昌功,毛宏偉,原積友,胡晗;秦川牛選育的現(xiàn)狀、問題及措施[J];黃牛雜志;2005年01期

5 昝林森;張恩平;辛亞平;胡建宏;宋宇軒;;秦川牛在不同立地條件下生長發(fā)育及肉用生產(chǎn)性能的比較研究[J];家畜生態(tài)學(xué)報(bào);2006年06期

6 楊雍;聶星;;陜西省秦川牛標(biāo)準(zhǔn)實(shí)施模式的問題及對(duì)策[J];陜西農(nóng)業(yè)科學(xué);2008年01期

7 ;秦川牛[J];中國畜禽種業(yè);2008年13期

8 馬云;馬偉;李愛民;李榮榮;陳宏;;秦川牛分子標(biāo)記研究進(jìn)展[J];中國牛業(yè)科學(xué);2011年02期

9 馬乃來;海興正;朱文超;;秦川牛及選種經(jīng)驗(yàn)談[J];中國畜牧獸醫(yī)文摘;2012年09期

10 王娟;;秦川牛選育與改良的評(píng)析與建議[J];養(yǎng)殖技術(shù)顧問;2013年09期

中國重要會(huì)議論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 石璞;;戶縣地區(qū)秦川牛品種發(fā)展思路淺析[A];《2009中國牛業(yè)進(jìn)展》論文集[C];2009年

2 昝林森;秦粉菊;;不同基本培養(yǎng)液對(duì)秦川牛成纖維細(xì)胞生長的影響[A];全國首屆動(dòng)物生物技術(shù)學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2004年

3 劉波;陳宏;藍(lán)賢勇;張志清;張爭鋒;胡沈榮;張潤峰;;秦川牛及其雜種牛生長性能及雜種優(yōu)勢(shì)研究?[A];全國養(yǎng)�？茖W(xué)研討會(huì)暨中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)牛學(xué)分會(huì)第六屆會(huì)員代表大會(huì)論文集[C];2005年

4 昝林森;王洪寶;;秦川牛肉用選育改良及其產(chǎn)業(yè)化開發(fā)[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)牛學(xué)分會(huì)2011年學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

5 胡林勇;張英漢;南小紅;張金川;;秦川牛部分體量性狀的遺傳參數(shù)估測(cè)[A];全國養(yǎng)�？茖W(xué)研討會(huì)暨中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)牛學(xué)分會(huì)第六屆會(huì)員代表大會(huì)論文集[C];2005年

6 昝林森;郝瑞杰;王洪寶;;PACAP基因T2805C突變對(duì)秦川牛部分生長性狀的影響[A];中國動(dòng)物遺傳育種研究進(jìn)展——第十五次全國動(dòng)物遺傳育種學(xué)術(shù)討論會(huì)論文集[C];2009年

7 昝林森;朱貴明;;秦川牛肌肉組織學(xué)特性和風(fēng)味物質(zhì)分析[A];全國養(yǎng)�？茖W(xué)研討會(huì)暨中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)牛學(xué)分會(huì)第六屆會(huì)員代表大會(huì)論文集[C];2005年

8 薛愷;陳宏;王珊;蔡欣;房興堂;;秦川牛及其雜種牛H-FABP基因PCR-RFLP多態(tài)性研究[A];第十次全國畜禽遺傳標(biāo)記研討會(huì)論文集[C];2006年

9 賀花;劉小林;顧玉蘭;劉宇;;秦川牛AMPD1基因單倍型評(píng)估及其與生長和胴體性狀的關(guān)聯(lián)[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)牛學(xué)分會(huì)2011年學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

10 劉棟;李密杰;馬偉;李愛民;藍(lán)賢勇;陳宏;;秦川牛NRIP1基因重組腺病毒載體的構(gòu)建[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會(huì)養(yǎng)牛學(xué)分會(huì)2011年學(xué)術(shù)研討會(huì)論文集[C];2011年

中國重要報(bào)紙全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 王 哲 記者　王 梅;標(biāo)準(zhǔn)化讓秦川牛更“�！盵N];中國質(zhì)量報(bào);2006年

2 記者 蔣峰;四因素制約秦川牛走向世界[N];農(nóng)資導(dǎo)報(bào);2006年

3 ;陜西扶風(fēng)：秦川�！白摺背鰢T[N];中國畜牧獸醫(yī)報(bào);2009年

4 本報(bào)記者 鄭曄;秦川牛何時(shí)牛氣沖天？[N];寶雞日?qǐng)?bào);2009年

5 記者 楊耀青　實(shí)習(xí)生 鄒長珍;年可出欄秦川牛10萬頭[N];西安日?qǐng)?bào);2010年

6 金曉寧　李曉紅 薛立文;武功大力發(fā)展秦川牛養(yǎng)殖[N];咸陽日?qǐng)?bào);2011年

7 易同民 申光磊 張哲浩;秦川牛產(chǎn)業(yè)化配套技術(shù)顯成效[N];科技日?qǐng)?bào);2006年

8 易同民 劉永峰;“秦川牛胴體評(píng)定分割及牛肉質(zhì)量跟蹤溯技術(shù)研究”達(dá)到國際先進(jìn)水平[N];陜西科技報(bào);2006年

9 焦文校 賀軍棟;蒲城秦川牛肉火爆東北[N];中國特產(chǎn)報(bào);2000年

10 本報(bào)記者 段延澤 本報(bào)通訊員 白玉勞 郭軍良;“公司+專家+農(nóng)戶”模式養(yǎng)出好大“�！盵N];中國畜牧報(bào);2002年

中國博士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 孫加節(jié);秦川牛肌肉與脂肪組織發(fā)育相關(guān)miRNA鑒定及miR-10020調(diào)控機(jī)制解析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

2 李林強(qiáng);秦川牛肉質(zhì)理化特性分析及其正向調(diào)控[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2010年

3 劉洪瑜;牛脂肪代謝相關(guān)基因遺傳分析及其與秦川牛經(jīng)濟(jì)性狀關(guān)聯(lián)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2009年

4 李密杰;秦川牛PPARGC1A基因功能驗(yàn)證及遺傳變異研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2013年

5 何玉龍;秦川牛myostatin基因序列分析及敲除的研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2011年

6 孫維斌;秦川牛肉用性狀及八個(gè)黃牛品種遺傳關(guān)系的DNA分子標(biāo)記研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2003年

7 樊月圓;肉牛PPARs家族和PLIN基因遺傳變異及其與秦川牛胴體、肉質(zhì)性狀相關(guān)分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2010年

8 張鶯鶯;中國主要牛種肌肉組織基因表達(dá)譜特征比較分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2010年

9 張全偉;牦牛全基因組CNV及高原適應(yīng)性候選基因（HO1）的研究[D];甘肅農(nóng)業(yè)大學(xué);2015年

10 張麗;黃牛NPY和HCRTR1基因的克隆表達(dá)及其遺傳多樣性研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2007年

中國碩士學(xué)位論文全文數(shù)據(jù)庫 前10條

1 田成山;不同生態(tài)條件秦川牛適應(yīng)性研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2012年

2 王梓年;三個(gè)中國地方黃牛PNPLA3基因遺傳變異及啟動(dòng)子活性區(qū)域篩選[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

3 陳煜;秦川牛ELOVL6基因SNP檢測(cè)及其與體尺、體重、胴體重性狀的關(guān)聯(lián)性分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

4 李娜;秦川牛PSMC3基因的SNP檢測(cè)及與體尺、胴體性狀的關(guān)聯(lián)性分析[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

5 呂斌;秦川牛PSMC2基因的SNP及其對(duì)體尺和胴體性狀的影響[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2015年

6 張曉明;秦川牛能量和蛋白質(zhì)需要量研究[D];四川農(nóng)業(yè)大學(xué);2014年

7 梁巍;秦川牛PSMC基因家族遺傳變異、可變剪切及啟動(dòng)子區(qū)甲基化研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

8 閻建宇;中國三個(gè)黃牛品種ASB-3基因多態(tài)性及其遺傳效應(yīng)與mRNA表達(dá)研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

9 奚玉蓮;秦川�；蚪M遺傳變異及其與脊椎數(shù)的關(guān)系研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

10 韓玉嬌;秦川牛LCORL基因的多態(tài)性、mRNA表達(dá)及啟動(dòng)子區(qū)甲基化研究[D];西北農(nóng)林科技大學(xué);2016年

  本文關(guān)鍵詞：秦川�；蚪M遺傳變異及其與脊椎數(shù)的關(guān)系研究，，由筆耕文化傳播整理發(fā)布。

本文編號(hào)：268127