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馬立克病病毒miR-M4-5p宿主靶基因cDNA文庫的構建及鑒定

發(fā)布時間:2020-05-16 03:05
【摘要】:馬立克病病毒(MDV)是少數(shù)感染自然宿主后可誘發(fā)淋巴瘤的皰疹病毒之一,是研究腫瘤發(fā)生及發(fā)展的理想動物模型。目前已報道MDV可編碼數(shù)十種miRNA,其中MDV-1編碼的miR-M4-5p被鑒定為宿主細胞miR-155的同源物,由于miR-155與人類多種腫瘤性疾病密切相關,這意味著miR-M4-5p可能在MDV的致瘤過程中扮演重要角色。本研究旨在構建miR-M4-5p的宿主靶基因文庫并進行初步鑒定。提取雞胚成纖維細胞(CEF)總RNA,反轉錄合成cDNA,用hybrid-PCR擴增候選靶基因片段連接到pMD19-T載體,轉化大腸桿菌JM109感受態(tài)細胞后挑選單克隆進行PCR鑒定及測序,通過BLAST比對分析,共獲得88個宿主候選靶基因序列。優(yōu)先選擇miRNA結合靶點位于mRNA 3′-UTR且與miR-M4-5p種子序列(2~7nt)完全互補配對的29個候選靶基因,構建報告基因載體進行雙熒光素酶報告試驗,通過三輪雙熒光素酶報告試驗最終初步鑒定5個宿主靶基因:PRICKLE1、COLA、BCAT1、ANTXR1和TECPR1,為進一步揭示miR-M4-5p的分子調控機制奠定了重要基礎。
【圖文】:

示意圖,電泳分析,特異性引物,產物


LLARII,,輕柔混合均勻后用Ω酶標儀(OMGLabtech)測定螢火蟲熒光素酶數(shù)值。最后向每孔加入100μLStopandGloReagent,輕柔混合均勻后,同上測定海腎熒光素酶數(shù)值。最后統(tǒng)計分析海腎熒光素酶/螢火蟲熒光素酶活性比值。2結果2.1miR-M4-5p宿主候選靶基因cDNA文庫的構建將hybrid-PCR產物電泳分析后割膠回收(圖1),連接pMD19-T載體,轉化E.coliJM109后鋪板培M.DNAmarker圖1Hybrid-PCR特異性引物示意圖(A)和hybrid-PCR產物電泳分析(B)Fig.1SchematicofmiR-M4-5phybridprimer(A)andagar-osegelelectrophoresisofPCRproducts(B)352

菌液,產物,電泳分析,相對分子質量


2)。其中,結合位點在3′-UTR的基因有63個,結合位點在CDS的基因有20個,結合位點在5′-UTR的基因有5個。結合位點在3′-UTR的63個基因中有29個基因的結合位點與miR-M4-5p的種子區(qū)完全互補(包括G:U)。我們優(yōu)先選擇這29個基因進行下一步的DLRA試驗分析。M.DNA相對分子質量標準;1~12.菌液克隆號M.DNAmarker;1-12.Clonenumberofbacterialfluid圖2Hybrid-PCR產物的部分菌液PCR產物電泳分析Fig.2Identificationofparthybrid-PCRproductsbyagarosegelelectrophoresis表2miR-M4-5p靶標文庫候選基因列表Table2PutativetargetmRNAsofmiR-M4-5p編號No.基因Gene結合位置Bindingsite編號No.基因Gene結合位置Bindingsite編號No.基因Gene結合位置Bindingsite1CSNK2A23′-UTR31RAC13′-UTR61PPM1E3′-UTR2PDK33′-UTR32RBM243′-UTR62PCYT1A3′-UTR3PRICKLE13′-UTR33FKBP73′-UTR63SLC12A43′-UTR4SEPT23′-UTR34MARCKS3′-UTR64RPL27CDS5PPFIBP13′-UTR35NDFIP13′-UTR65RPL12CDS6COLA3′-UTR36ST53′-UTR66CCT2C

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