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全基因組測序揭示牛屬物種的進(jìn)化關(guān)系和適應(yīng)性基因滲透

發(fā)布時(shí)間:2020-05-04 22:23
【摘要】:牛屬下的物種,包括家牛、瘤牛、大額牛、印度野牛、爪哇野牛、牦牛、歐洲野牛和美洲野牛,是人類肉類、奶的食物來源,在人類文明中占有重要的地位。在本研究中,我們分別對大額牛、印度野牛、爪哇野牛、歐洲野牛和美洲野牛進(jìn)行了全基因組高覆蓋測序,平均覆蓋深度大于20x。另外,我們還對這幾個(gè)物種(除印度野牛和美洲野牛)進(jìn)行了群體水平測序。我們使用這些數(shù)據(jù)確定了這些物種的系統(tǒng)發(fā)生關(guān)系和進(jìn)化歷史,并且支持大額牛不是印度野牛的馴化種,而是一個(gè)獨(dú)立的物種或亞種的結(jié)論。同時(shí),因?yàn)榕傧露鄠(gè)物種間沒有生殖隔離或只有不完全生殖隔離(雜交后代雄性不育),這為物種間基因滲透提供了生理學(xué)基礎(chǔ)。我們的結(jié)果表明,牦牛與西藏牛、瘤牛與大額牛、瘤牛與巴厘牛之間存在基因滲透。我們發(fā)現(xiàn)了在家牛中受到選擇的與毛色相關(guān)的MITF基因通過基因滲透被導(dǎo)入到了牦牛。同時(shí),西藏;蚪M低氧誘導(dǎo)通路中的基因EGLN1、EGLN2、HIF3a和VASP通過基因滲透來自牦牛,這可能與西藏?焖龠m應(yīng)高原低氧環(huán)境有關(guān)。西藏;蚪M與免疫相關(guān)的基因IRF7以及與輻射相關(guān)基因HRAS通過基因滲透來自瘤牛。我們的結(jié)果表明基因滲透是物種適應(yīng)環(huán)境的重要方式之一,同時(shí)也是野生物種馴化的重要手段。
【圖文】:

圖片,群體結(jié)構(gòu),祖先,方法


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示意圖,祖先,群體結(jié)構(gòu),圖片


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【學(xué)位授予單位】:中國農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】:博士
【學(xué)位授予年份】:2018
【分類號】:S813

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本文編號:2649080

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