【摘要】：江口蘿卜豬是貴州省優(yōu)良的地方畜禽品種,具有肉質(zhì)細(xì)嫩,鮮香濃郁的特點(diǎn)。因此,篩選有效的分子標(biāo)記,對(duì)于江口蘿卜豬的選種選育有著重要意義。STAT3是JAK-STAT通路中重要的轉(zhuǎn)錄激活因子,對(duì)于脂質(zhì)代謝有重要的調(diào)控作用,UCP2、UCP3作為解耦聯(lián)蛋白家族成員,對(duì)動(dòng)物機(jī)體的能量代謝模式有著重大的影響,因此它們均是作為改善畜禽生產(chǎn)性能和肉質(zhì)性能的重要候選基因。本試驗(yàn)以江口蘿卜豬為試驗(yàn)材料采用混合DNA池直接測(cè)序法篩選SNPs位點(diǎn),并做生物信息學(xué)分析、群體遺傳參數(shù)分析以及連鎖不平衡分析;對(duì)SNPs位點(diǎn)采用直接測(cè)序法分型各個(gè)體基因型并對(duì)各基因型與肉質(zhì)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)性分析。同時(shí)采用qPCR方法檢測(cè)各基因不同組織、不同月齡的表達(dá)量。另外分析了這三個(gè)基因在背最長(zhǎng)肌表達(dá)量與肉質(zhì)性狀的相關(guān)性。獲得主要結(jié)果如下:1.在STAT3基因中篩查出1個(gè)SNP位點(diǎn)(STAT3-C56621T),位于16外顯子,為同義突變,生物信息學(xué)分析發(fā)現(xiàn)該突變位點(diǎn)對(duì)mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的構(gòu)象造成較大的影響,最小自由能增大,使結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性降低。在樣本群體中STAT3基因C56621T位點(diǎn)只發(fā)現(xiàn)突變型TT和雜合型TC,其中T為優(yōu)勢(shì)等位基因,基因頻率為0.7430�；蛐团c肉質(zhì)關(guān)聯(lián)性分析發(fā)現(xiàn)TT型的江口蘿卜豬大理石紋和熟肉率顯著高于TC型,TT型剪切力和失水率顯著低于TC型豬,總體來(lái)看TT型豬肉質(zhì)好于TC型豬。對(duì)不同組織、不同月齡江口蘿卜豬STAT3基因的表達(dá)分析表明:不同組織之間比較,肺、十二指腸、脾中的表達(dá)量顯著高于其它組織。江口蘿卜豬背最長(zhǎng)肌STAT3基因表達(dá)量與肌內(nèi)脂肪含量、大理石紋評(píng)分、熟肉率呈正相關(guān),與剪切力呈負(fù)相關(guān),突變型TT個(gè)體背最長(zhǎng)肌中STAT3基因的表達(dá)量顯著高于雜合型CT。不同月齡中,在腎、胃、肝臟和心4個(gè)組織中,其表達(dá)量與月齡無(wú)關(guān),背最長(zhǎng)肌、腰大肌、肺以及十二指腸中STAT3基因的表達(dá)量隨月齡的增長(zhǎng)而增長(zhǎng);2、在UCP2基因上篩查到6個(gè)SNPs位點(diǎn),其中3個(gè)位于啟動(dòng)子,另外3個(gè)位于3’UTR區(qū),江口蘿卜豬UCP2基因啟動(dòng)子序列與Genbank參考序列對(duì)比發(fā)現(xiàn)了一段長(zhǎng)17 bp的插入序列,生物信息學(xué)分析表明3個(gè)位于啟動(dòng)子上的多態(tài)位點(diǎn)和17bp插入序列可能導(dǎo)致UCP2基因轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合效率增高。3個(gè)位于3’UTR區(qū)的多態(tài)位點(diǎn)會(huì)不同程度的影響mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。在樣本群體中UCP2基因連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)Promoter-T-366A、Promoter-G-161C、UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T這5個(gè)位點(diǎn)中除Promoter-T-366A位點(diǎn)與UCP2-C5878T位點(diǎn)之外,其余兩兩位點(diǎn)之間為強(qiáng)連鎖不平衡�；蛐团c肉質(zhì)相關(guān)性分析發(fā)現(xiàn)Promoter-T-366A位點(diǎn)TA型,Promoter-G-161C位點(diǎn)GC型、UCP2-C5878T位點(diǎn)CT型,剪切力差異均顯著高于其它基因型。UCP2-T5728G和UCP2-T5774G位點(diǎn)完全連鎖,均為TT型大理石紋顯著高于TG型。對(duì)不同組織、不同月齡江口蘿卜豬UCP2基因的表達(dá)分析表明:不同組織相比,肺、肝、脾中UCP2基因表達(dá)量較高,腎和心中的表達(dá)量處于中等水平,背最長(zhǎng)肌、腰大肌、十二指腸和胃中UCP2基因的表達(dá)量較低。不同月齡相比十二指腸與胃差異不顯著,其余組織呈現(xiàn)隨著月齡增長(zhǎng)而下降的趨勢(shì)。在江口蘿卜豬背最長(zhǎng)肌UCP2基因表達(dá)量與肉質(zhì)指標(biāo)相關(guān)性分析表明:UCP2基因表達(dá)量與大理石紋評(píng)分和肌內(nèi)脂肪含量呈極顯著負(fù)相關(guān),與剪切力呈極顯著正相關(guān)。UCP2基因Promoter-T-366A位點(diǎn)雜合型TA表達(dá)量顯著高于野生型TT,Promoter-G-161C位點(diǎn)雜合型GC表達(dá)量顯著高于突變型CC和野生型GG。UCP2-T5728G、UCP2-T5774G、UCP2-C5878T 3個(gè)位點(diǎn)均為雜合型個(gè)體表達(dá)量極顯著高于突變型和野生型個(gè)體。3、UCP3基因上篩查到6個(gè)SNPs位點(diǎn)3個(gè)位于5’UTR區(qū),3個(gè)位于3’UTR區(qū)。UCP3-A3127G、UCP3-C10439T位點(diǎn)不影響mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性,UCP3-C10441A和UCP3-A10479G/T位點(diǎn)AT型突變會(huì)降低mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。UCP3-T3205C和UCP3-A10479G/T位點(diǎn)AG型突變會(huì)增強(qiáng)mRNA二級(jí)結(jié)構(gòu)結(jié)構(gòu)穩(wěn)定性。其中UCP3-A10479G/T位點(diǎn),存在兩種突變類型:AG型的轉(zhuǎn)換和AT型的顛換,共檢測(cè)到4種基因型,包括野生型AA,突變型GG和TT,以及雜合型AG,其余位點(diǎn)則表現(xiàn)為3種基因型。UCP3基因連鎖不平衡分析發(fā)現(xiàn)UCP3-A3127G和UCP3-T3205C位點(diǎn)、UCP3-C10439T和UCP3-G10466A位點(diǎn)為完全連鎖不平衡�；蛐团c肉質(zhì)相關(guān)性分析表明UCP3-A10479G/T位點(diǎn)不同基因型個(gè)體的大理石紋評(píng)分差異顯著,大理石紋評(píng)分及肌內(nèi)脂肪含量突變型明顯高于野生型以及雜合型。其余位點(diǎn)基因型與肉質(zhì)指標(biāo)差異不顯著。對(duì)不同組織、不同月齡江口蘿卜豬UCP3基因的表達(dá)分析表明:江口蘿卜豬UCP3基因在背最長(zhǎng)肌和腰大肌中表達(dá)量較高,心次之,十二指腸、肺、肝、脾、腎、胃中表達(dá)量極低。在不同月齡江口蘿卜豬中,在背最長(zhǎng)肌和腰大肌中表達(dá)量隨著月齡的增長(zhǎng)呈現(xiàn)大幅上升的趨勢(shì),且差異顯著;十二指腸、肺、肝、脾、腎、胃中表達(dá)量在各月齡中均表達(dá)量較低。UCP3基因表達(dá)量與肌內(nèi)脂肪含量呈極顯著正相關(guān),與剪切力呈極顯著負(fù)相關(guān),與大理石紋評(píng)分呈較強(qiáng)正相關(guān),在對(duì)大理石紋評(píng)分有顯著影響的UCP3-A10479G/T位點(diǎn)中則為突變型GG和TT表達(dá)量極顯著高于雜合型和野生型。
【圖文】：

圖 2.1 基因組 DNA 提取結(jié)果Fig. 2.1 Results of genome DNA extraction3、UCP2、UCP3 基因進(jìn)行 PCR 特異性擴(kuò)增后糖凝膠電泳檢測(cè)，，擴(kuò)增圖譜如下圖 2.2、2.3、說(shuō)明基因引物特異性較好。擴(kuò)增片段大小與明擴(kuò)增出的 DNA 片段是試驗(yàn)所需片段。

妞1從衛(wèi)從生
【學(xué)位授予單位】：貴州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2019
【分類號(hào)】：S828.2

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：2643565