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內(nèi)蒙古絨山羊皮膚KRTAPs表達譜與日照時長的相關性

發(fā)布時間:2019-10-03 13:03
【摘要】:【目的】研究絨山羊皮膚部分角蛋白關聯(lián)蛋白(keratin-associated protein,KRTAPs)基因的表達譜及其與全年日照變化規(guī)律間的相關性。【方法】以3只周歲阿爾巴斯型內(nèi)蒙古絨山羊體側皮膚為樣本,進行高通量轉錄組測序(RNA-Seq),對獲得的部分KRTAPs基因一年內(nèi)不同月份間的轉錄本進行表達豐度分析,并結合當?shù)厝耆照兆兓?guī)律與RT-PCR試驗方法,驗證KRTAP24-1、KRTAP3-1、KRTAP8-1在關鍵節(jié)點月份的表達譜,確定全年皮膚KRTAPs表達豐度變化與日照變化規(guī)律間的相關性!窘Y果】Illumina solexa高通量轉錄組測序表明,內(nèi)蒙古絨山羊全年皮膚部分KRTAPs基因的表達具有規(guī)律性差異。RT-PCR試驗驗證表明,部分基因表達譜與測序表達豐度具有一致性,并且基因差異變化規(guī)律與全年日照時長的變化具有相關性!窘Y論】全年日照時長由長變短(夏-冬)時皮膚KRTAPs表達豐度上調(diào),日照時長由短變長(冬-夏)時皮膚KRTAPs表達豐度下調(diào)。
【圖文】:

皮膚,瓊脂糖凝膠電泳,樣本


運用SPSS17.0軟件,對3個KRTAPs基因在阿爾巴斯型絨山羊皮膚1年周期內(nèi)的相對表達量進行統(tǒng)計與分析,采用LSD法和Duncans法對3個KRTAPs基因在不同月份的相對表達量的差異進行檢驗,所得結果均表示為“平均值±標準差”,并分析相對表達量與日照時數(shù)間的關系。2結果與分析2.1皮膚總RNA提取質量的檢測RNA提取結果的好壞是高通量轉錄組測序文庫構建以及實時熒光定量PCR成敗的關鍵因素。本研究總RNA電泳檢測結果(圖1)顯示,在阿爾巴斯型絨山羊各個月份皮膚組織樣本的RNA中均可見3條清晰的條帶,分別為28SrRNA、18SrRNA和5SrRNA,28SrRNA條帶亮度與18SrRNA亮度比值大于3∶1,表明提取的皮膚總RNA未出現(xiàn)降解;總RNA超微量紫外可見分光光度計定量結果顯示,OD260/OD280值均在1.80~2.11,,說明提取的總RNA純度較高。采取Bioanalyzer2100模擬電泳對所提取的總RNA進行質量評估,結果(圖2)表明,28SrRNA和18SrRNA條帶熒光信號強烈。說明所提取的總RNA樣本質量較高,可以進行后續(xù)的cDNA文庫構建、轉錄組測序和熒光定量PCR試驗。1~12表示1-12月皮膚樣本的RNA1-12areskinRNAindifferentmonth圖1內(nèi)蒙古絨山羊皮膚RNA瓊脂糖凝膠電泳分析Fig.1SkinRNAAgaroseelectrophoresisofInnerMongoliacashmeregoa

電泳圖,皮膚,電泳,角蛋白


NA進行質量評估,結果(圖2)表明,28SrRNA和18SrRNA條帶熒光信號強烈。說明所提取的總RNA樣本質量較高,可以進行后續(xù)的cDNA文庫構建、轉錄組測序和熒光定量PCR試驗。1~12表示1-12月皮膚樣本的RNA1-12areskinRNAindifferentmonth圖1內(nèi)蒙古絨山羊皮膚RNA瓊脂糖凝膠電泳分析Fig.1SkinRNAAgaroseelectrophoresisofInnerMongoliacashmeregoat圖2內(nèi)蒙古絨山羊皮膚RNA的模擬電泳Fig.2AnalogelectrophoresisofInnerMongoliacashmeregoatskinRNA2.2絨山羊皮膚轉錄組部分KRTAPs差異表達豐度與日照時長的規(guī)律用Illuminasolexa高通量測序技術對絨山羊皮膚cDNA文庫進行高通量測序,所得原始數(shù)據(jù)經(jīng)除雜和質量控制后進行拼接,得到55541個轉錄本基因。將拼接結果進行注釋,從注釋結果中篩選出角蛋白及角蛋白關聯(lián)蛋白基因相關數(shù)據(jù)進行統(tǒng)計分析,共得到角蛋白基因和角蛋白關聯(lián)蛋白基因轉錄本基因116條,其中注釋到角蛋白的基因有77個,注釋到角蛋白關聯(lián)蛋白的基因有17個,分別是KRTAP10、KRTAP9、KRTAP12-2、KRTAP11-1、KRTAP15-1、KRTAP26-1、KRTAP27-1、KRTAP29-1、KRTAP4、KRTAP8-1、KRTAP16-1、KRTAP24-1、KRTAP1-4、KRTAP8-2、KRTAP
【作者單位】: 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學動物科學學院;內(nèi)蒙古自治區(qū)動物遺傳育種與繁殖重點實驗室;
【基金】:國家自然科學基金項目(31360537,31272421) 國家“863”計劃項目(2013AA102506)
【分類號】:S827

【相似文獻】

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3 松杰;董揚;孟麗云;杜琛;蘇蕊;李金泉;張文廣;;內(nèi)蒙古絨山羊皮膚蛋白質雙向電泳條件優(yōu)化及圖譜建立[J];中國畜牧獸醫(yī);2012年07期

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6 劉海英;岳春旺;朱曉萍;賈志海;;KAP8.1基因多態(tài)對內(nèi)蒙古絨山羊絨毛性狀的影響[A];中國畜牧獸醫(yī)學會養(yǎng)羊學分會全國養(yǎng)羊生產(chǎn)與學術研討會議論文集[C];2010年

7 趙艷紅;劉志紅;杜晨光;張燕軍;蘇蕊;李金泉;;MTNR1a基因在內(nèi)蒙古絨山羊垂體中的表達[A];第十二次全國畜禽遺傳標記研討會論文集[C];2010年

8 張燕軍;李金泉;李榮;尹俊;高愛琴;張文廣;趙艷紅;蘇蕊;王瑞軍;;內(nèi)蒙古絨山羊BMPR-IB基因部分cDNA序列克隆與在毛囊中的表達[A];中國動物遺傳育種研究進展——第十五次全國動物遺傳育種學術討論會論文集[C];2009年

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1 王欲鳴邋楊一苗;拯救內(nèi)蒙古絨山羊刻不容緩[N];中國畜牧獸醫(yī)報;2008年

2 本報記者 王欲鳴邋楊一苗;內(nèi)蒙古絨山羊“改良”變“改糟”[N];經(jīng)濟參考報;2008年

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1 趙s

本文編號:2545450


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