【摘要】：【目的】研究絨山羊皮膚部分角蛋白關(guān)聯(lián)蛋白(keratin-associated protein,KRTAPs)基因的表達(dá)譜及其與全年日照變化規(guī)律間的相關(guān)性。【方法】以3只周歲阿爾巴斯型內(nèi)蒙古絨山羊體側(cè)皮膚為樣本,進(jìn)行高通量轉(zhuǎn)錄組測序(RNA-Seq),對獲得的部分KRTAPs基因一年內(nèi)不同月份間的轉(zhuǎn)錄本進(jìn)行表達(dá)豐度分析,并結(jié)合當(dāng)?shù)厝耆照兆兓?guī)律與RT-PCR試驗方法,驗證KRTAP24-1、KRTAP3-1、KRTAP8-1在關(guān)鍵節(jié)點月份的表達(dá)譜,確定全年皮膚KRTAPs表達(dá)豐度變化與日照變化規(guī)律間的相關(guān)性�！窘Y(jié)果】Illumina solexa高通量轉(zhuǎn)錄組測序表明,內(nèi)蒙古絨山羊全年皮膚部分KRTAPs基因的表達(dá)具有規(guī)律性差異。RT-PCR試驗驗證表明,部分基因表達(dá)譜與測序表達(dá)豐度具有一致性,并且基因差異變化規(guī)律與全年日照時長的變化具有相關(guān)性�！窘Y(jié)論】全年日照時長由長變短(夏-冬)時皮膚KRTAPs表達(dá)豐度上調(diào),日照時長由短變長(冬-夏)時皮膚KRTAPs表達(dá)豐度下調(diào)。
【圖文】：

運用ＳＰＳＳ１７．０軟件，對３個ＫＲＴＡＰｓ基因在阿爾巴斯型絨山羊皮膚１年周期內(nèi)的相對表達(dá)量進(jìn)行統(tǒng)計與分析，采用ＬＳＤ法和Ｄｕｎｃａｎｓ法對３個ＫＲＴＡＰｓ基因在不同月份的相對表達(dá)量的差異進(jìn)行檢驗，所得結(jié)果均表示為“平均值±標(biāo)準(zhǔn)差”，并分析相對表達(dá)量與日照時數(shù)間的關(guān)系。２結(jié)果與分析２．１皮膚總ＲＮＡ提取質(zhì)量的檢測ＲＮＡ提取結(jié)果的好壞是高通量轉(zhuǎn)錄組測序文庫構(gòu)建以及實時熒光定量ＰＣＲ成敗的關(guān)鍵因素。本研究總ＲＮＡ電泳檢測結(jié)果（圖１）顯示，在阿爾巴斯型絨山羊各個月份皮膚組織樣本的ＲＮＡ中均可見３條清晰的條帶，分別為２８ＳｒＲＮＡ、１８ＳｒＲＮＡ和５ＳｒＲＮＡ，２８ＳｒＲＮＡ條帶亮度與１８ＳｒＲＮＡ亮度比值大于３∶１，表明提取的皮膚總ＲＮＡ未出現(xiàn)降解；總ＲＮＡ超微量紫外可見分光光度計定量結(jié)果顯示，ＯＤ２６０／ＯＤ２８０值均在１．８０～２．１１，，說明提取的總ＲＮＡ純度較高。采�。拢椋铮幔睿幔欤澹颍玻保埃澳M電泳對所提取的總ＲＮＡ進(jìn)行質(zhì)量評估，結(jié)果（圖２）表明，２８ＳｒＲＮＡ和１８ＳｒＲＮＡ條帶熒光信號強(qiáng)烈。說明所提取的總ＲＮＡ樣本質(zhì)量較高，可以進(jìn)行后續(xù)的ｃＤＮＡ文庫構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄組測序和熒光定量ＰＣＲ試驗。１～１２表示１－１２月皮膚樣本的ＲＮＡ１－１２ａｒｅｓｋｉｎＲＮＡｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｍｏｎｔｈ圖１內(nèi)蒙古絨山羊皮膚ＲＮＡ瓊脂糖凝膠電泳分析Ｆｉｇ．１ＳｋｉｎＲＮＡＡｇａｒｏｓｅｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｏｆＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａｃａｓｈｍｅｒｅｇｏａ

ＮＡ進(jìn)行質(zhì)量評估，結(jié)果（圖２）表明，２８ＳｒＲＮＡ和１８ＳｒＲＮＡ條帶熒光信號強(qiáng)烈。說明所提取的總ＲＮＡ樣本質(zhì)量較高，可以進(jìn)行后續(xù)的ｃＤＮＡ文庫構(gòu)建、轉(zhuǎn)錄組測序和熒光定量ＰＣＲ試驗。１～１２表示１－１２月皮膚樣本的ＲＮＡ１－１２ａｒｅｓｋｉｎＲＮＡｉｎｄｉｆｆｅｒｅｎｔｍｏｎｔｈ圖１內(nèi)蒙古絨山羊皮膚ＲＮＡ瓊脂糖凝膠電泳分析Ｆｉｇ．１ＳｋｉｎＲＮＡＡｇａｒｏｓｅｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｏｆＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａｃａｓｈｍｅｒｅｇｏａｔ圖２內(nèi)蒙古絨山羊皮膚ＲＮＡ的模擬電泳Ｆｉｇ．２ＡｎａｌｏｇｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓｏｆＩｎｎｅｒＭｏｎｇｏｌｉａｃａｓｈｍｅｒｅｇｏａｔｓｋｉｎＲＮＡ２．２絨山羊皮膚轉(zhuǎn)錄組部分ＫＲＴＡＰｓ差異表達(dá)豐度與日照時長的規(guī)律用Ｉｌｌｕｍｉｎａｓｏｌｅｘａ高通量測序技術(shù)對絨山羊皮膚ｃＤＮＡ文庫進(jìn)行高通量測序，所得原始數(shù)據(jù)經(jīng)除雜和質(zhì)量控制后進(jìn)行拼接，得到５５５４１個轉(zhuǎn)錄本基因。將拼接結(jié)果進(jìn)行注釋，從注釋結(jié)果中篩選出角蛋白及角蛋白關(guān)聯(lián)蛋白基因相關(guān)數(shù)據(jù)進(jìn)行統(tǒng)計分析，共得到角蛋白基因和角蛋白關(guān)聯(lián)蛋白基因轉(zhuǎn)錄本基因１１６條，其中注釋到角蛋白的基因有７７個，注釋到角蛋白關(guān)聯(lián)蛋白的基因有１７個，分別是ＫＲＴＡＰ１０、ＫＲＴＡＰ９、ＫＲＴＡＰ１２－２、ＫＲＴＡＰ１１－１、ＫＲＴＡＰ１５－１、ＫＲＴＡＰ２６－１、ＫＲＴＡＰ２７－１、ＫＲＴＡＰ２９－１、ＫＲＴＡＰ４、ＫＲＴＡＰ８－１、ＫＲＴＡＰ１６－１、ＫＲＴＡＰ２４－１、ＫＲＴＡＰ１－４、ＫＲＴＡＰ８－２、ＫＲＴＡＰ
【作者單位】： 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院;內(nèi)蒙古自治區(qū)動物遺傳育種與繁殖重點實驗室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項目(31360537,31272421) 國家“863”計劃項目(2013AA102506)
【分類號】：S827

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本文編號：2545450