【摘要】：為了明確香豬(Sus scrofa)基因組的結(jié)構(gòu)變化與繁殖調(diào)節(jié)機(jī)制之間的聯(lián)系,采用二代測序技術(shù)對6頭香豬進(jìn)行了基因組重測序。結(jié)合數(shù)種生物信息學(xué)分析方法,從香豬高產(chǎn)組(XH)與低產(chǎn)組(XL)X染色體中檢測到豐富的結(jié)構(gòu)變異(structural variations,SV)。在香豬X染色體(chr X)上檢測到3 246個SVs,進(jìn)一步比較發(fā)現(xiàn)有311個SVs是XH組特有的,138個SVs只存在于XL組,合計(jì)449個SVs;XH組chr X染色體上61~109 Mb發(fā)現(xiàn)一個SV熱點(diǎn)區(qū)域,XH組的熱點(diǎn)區(qū)中有138個SVs,其中65個為缺失類型。449個SVs中,80個SVs位于基因內(nèi),影響了47個蛋白編碼基因,31個基因位于繁殖相關(guān)的數(shù)量性狀位點(diǎn)(quantitative trait locus,QTL)區(qū)域內(nèi),其中包括NLGN4X、GPR143、ZDHHC15、ATRX、NXF2、AMOT、GRIA3、THOC2等。對47個基因進(jìn)行基因本體論(Gene Ontology,GO)和京都基因與基因組百科全書(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路分析表明這些基因涉及繁殖、免疫及脂代謝相關(guān)的生物功能和通路,如腎上腺發(fā)育(adrenal gland development)、胞內(nèi)類固醇激素受體信號調(diào)控通路(regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway)、RIG-I受體信號通路(RIG-I-like receptor signaling pathway)和脂蛋白代謝過程(lipoprotein metabolic process)。利用PCR方法對10/47個SVs進(jìn)行群體驗(yàn)證,得出SV_GPR143在高低產(chǎn)群中存在差異(P0.05),基因型DD的產(chǎn)仔數(shù)低于基因型NN的產(chǎn)仔數(shù)(n=1.96,P0.05),與產(chǎn)仔數(shù)有一定的相關(guān)性(ρ=0.217)。本研究深入細(xì)致的SV分析表明XH組存在更為豐富的SVs,可為解析香豬產(chǎn)仔數(shù)變化的遺傳機(jī)制提供理論依據(jù)。
[Abstract]:In order to clarify the relationship between the structural changes of (Sus scrofa) genome and the mechanism of reproduction regulation, six Xiang pig genomes were resequenced by the second generation sequencing technique. Combined with several bioinformatics analysis methods, abundant structural variations (structural variations,SV) were detected from (XL) X chromosomes of high yield and low yield groups of Xiang pigs. A further comparison of 3 246 SVs, detected on X chromosome (chr X) of Xiang pig showed that 311 SVs were unique to XH group, 138 SVs only existed in XL group, with a total of 449 SVs;. A SV hot spot region was found on chr X chromosome 61n109 Mb in XH group, and 138 SVs, were found in XH group. Of 449 SVs, 80 SVs were located in the gene, which affected 47 protein coding genes. 31 genes, including NLGN4X,GPR143,ZDHHC15,ATRX,NXF2,AMOT,GRIA3,THOC2, are located in the (quantitative trait locus,QTL region of reproductive related quantitative trait loci. Genetic ontology (Gene Ontology,GO) and (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG pathway analysis of 47 genes showed that these genes were involved in biological functions and pathways related to reproduction, immunity and lipid metabolism. Intracellular steroid hormone receptor signaling regulatory pathway for adrenal development (adrenal gland development), (regulation of intracellular steroid hormone receptor signaling pathway), RIG-I receptor signaling pathway (RIG-I-like receptor signaling pathway) and lipoprotein metabolism (lipoprotein metabolic process).) PCR method was used to validate 10 / 47 SVs populations. The results showed that there were differences in SV_GPR143 between high and low yield groups (P0.05). The number of offspring of genotype DD was lower than that of genotype NN (nng1.96% P0.05). There was a certain correlation between litter size and litter size (蟻 = 0.217). In this study, detailed SV analysis showed that the existence of more abundant SVs, in XH group could provide theoretical basis for the analysis of genetic mechanism of piglet litter size change.
【作者單位】： 貴州大學(xué)生命科學(xué)學(xué)院/農(nóng)業(yè)生物工程研究院;貴州大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院;
【基金】：國家高技術(shù)研究發(fā)展計(jì)劃(863)項(xiàng)目(No.2013AA102503) 貴州省“百”層次創(chuàng)新型人才項(xiàng)目(黔科合人才2016-4012號) 貴州省農(nóng)業(yè)攻關(guān)項(xiàng)目(黔科合NY[2013]3073號) 國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.31672390)
【分類號】：S828

【參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前3條

1 申學(xué)林;楊秀江;韋勝權(quán);;從江香豬生長發(fā)育繁殖性能測定[J];中國畜禽種業(yè);2007年11期

2 施啟順;柳小春;劉志偉;李小平;李永輝;唐凡;;5個與豬產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的效應(yīng)分析[J];遺傳;2006年06期

3 柳海珍,劉以訓(xùn);EGF在新生大鼠原始卵泡生長啟動中的作用[J];中國科學(xué)C輯:生命科學(xué);2000年03期

【共引文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 張冰;孫俊麗;秦謙濤;潘天彪;藍(lán)海恩;黃敏瑞;;利用4個繁殖性狀主效基因研究陸川豬群體的遺傳結(jié)構(gòu)[J];西南農(nóng)業(yè)學(xué)報;2009年06期

2 張冬杰;;豬PRL基因多態(tài)性與繁殖性能的關(guān)系[J];中國畜牧獸醫(yī);2009年11期

3 張冰;藍(lán)海恩;潘天彪;秦謙濤;孫俊麗;黃敏瑞;;陸川豬3個產(chǎn)仔數(shù)相關(guān)基因的多態(tài)性及其效應(yīng)分析[J];湖北農(nóng)業(yè)科學(xué);2009年08期

4 郭淑華;;哺乳動物原始卵泡啟動和生長的調(diào)控機(jī)理[J];安徽農(nóng)業(yè)科學(xué);2009年20期

5 王懷禹;;PRLR基因多態(tài)性與動物繁殖性能的關(guān)系[J];中國農(nóng)學(xué)通報;2009年12期

6 王懷禹;;卵泡刺激素β亞基基因多態(tài)性與動物繁殖性能的關(guān)系[J];中國畜牧獸醫(yī);2009年06期

7 許愛霞;黃健;徐良全;鄭月慧;;孕酮和表皮生長因子在體外培養(yǎng)新生大鼠卵巢原始卵泡生長啟動中的作用[J];生殖與避孕;2009年05期

8 姚楠;陸彩玲;李丹;王沖;孫大光;吳爾若;馬旭;;MicroRNAs在新生鼠卵巢中的表達(dá)研究[J];生殖與避孕;2009年05期

9 王懷禹;;催乳素受體(PRLR)基因多態(tài)性與動物繁殖性能的關(guān)系[J];黑龍江動物繁殖;2009年03期

10 顏華;王立賢;王立剛;李勇;;六個候選基因多態(tài)性與母豬繁殖性狀關(guān)聯(lián)分析[J];農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報;2009年02期

【二級參考文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前6條

1 阮征,王春芳,韓艷云,凌家瑞,鐘思華,葉成風(fēng);以催乳素受體基因作為母豬產(chǎn)仔數(shù)候選基因的分析[J];中國畜牧雜志;2003年01期

2 張淑君,熊遠(yuǎn)著,鄧昌彥,鄭嶸,蔣思文,肖森木,夏瑜,徐建祥,劉曉華,王春芳,阮征,宮時玉;卵泡刺激素受體基因作為產(chǎn)仔數(shù)候選基因的研究[J];華中農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報;2002年06期

3 杜立新,柳淑芳,閆艷春,姜運(yùn)良;豬FSHβ亞基基因結(jié)構(gòu)區(qū)Alu序列插入突變的研究[J];遺傳學(xué)報;2002年11期

4 陳克飛,黃路生,李寧,張勤,羅明,吳常信;豬雌激素受體(ESR)基因?qū)Ξa(chǎn)仔數(shù)性狀的影響[J];遺傳學(xué)報;2000年10期

5 陳克飛,黃路生,李寧,張勤,張建生,孫士銓,羅明,吳常信;豬FSHβ及ESR合并基因型對豬產(chǎn)仔數(shù)性狀的影響[J];科學(xué)通報;2000年18期

6 柳海珍,張曉東,劉以訓(xùn);孤兒受體TR3 mRNA在大鼠卵泡中的表達(dá)和定位[J];科學(xué)通報;2000年03期

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 付光棟,劉楊,劉培瓊;劍白香豬的臟器測定[J];貴州農(nóng)業(yè)科學(xué);2004年06期

2 尹公鵬;;提高藏香豬經(jīng)濟(jì)效益措施初探[J];畜禽業(yè);2006年21期

3 鄧仕剛;李祖平;;香豬特殊的生物學(xué)及行為特征[J];畜牧獸醫(yī)科技信息;2007年02期

4 李文明;;香豬資源特點(diǎn)和利用現(xiàn)狀[J];豬業(yè)科學(xué);2011年11期

5 姜天團(tuán);滾雙寶;張昌吉;李峰松;俞惠萍;王璐;寇永謀;;香豬生長發(fā)育性能的研究[J];甘肅畜牧獸醫(yī);2012年05期

6 劉培瓊,張啟林,劉若余,劉江良;貴州劍河白香豬Ⅱ系選育初報[J];山地農(nóng)業(yè)生物學(xué)報;2000年06期

7 俞沛初,華修國,徐建雄,周新初,陳克強(qiáng),陳魯勇;香豬生長發(fā)育和育肥性能測定[J];上海交通大學(xué)學(xué)報(農(nóng)業(yè)科學(xué)版);2002年03期

8 張?zhí)祜w,蔣登金,左艷芳,陳丙波;貴州小型香豬在手術(shù)中的意外與對策[J];四川動物;2003年04期

9 曾瓊,張啟林,劉培瓊,劉楊;劍白香豬5世代肉質(zhì)的常規(guī)指標(biāo)測定[J];貴州農(nóng)業(yè)科學(xué);2004年03期

10 謝愛純,陳文超,艾曉杰,朱淑文,華修國;溫度刺激對香豬甲狀腺激素和皮質(zhì)醇水平的影響[J];西南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2004年04期

相關(guān)會議論文 前9條

1 俞沛初;華修國;徐建雄;陳克強(qiáng);周新初;許金友;;香豬的生長和繁殖特性測定研究[A];動物學(xué)專輯——上海市動物學(xué)會2001年年會論文集[C];2001年

2 俞沛初;陳克強(qiáng);華修國;徐建雄;周新初;楊麗娥;;兩個世代香豬的生理和生化指標(biāo)測定分析[A];動物學(xué)專輯——上海市動物學(xué)會2002年年會論文集[C];2002年

3 劉楊;張勤;劉培瓊;張依裕;;貴州劍河香豬血清蛋白多態(tài)性研究[A];第一屆中國養(yǎng)豬生產(chǎn)和疾病控制技術(shù)大會——2005中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會學(xué)術(shù)年會論文集[C];2005年

4 謝愛純;艾曉杰;朱淑文;華修國;趙恩軍;陳軍;;溫度刺激對香豬血液生理指標(biāo)的影響[A];動物學(xué)專輯——上海市動物學(xué)會2002年年會論文集[C];2002年

5 李麗立;范覺鑫;袁曉雪;張彬;耿梅梅;羅佳捷;印遇龍;;大豆異黃酮對香豬雄性發(fā)育的影響[A];“生泰爾”杯全國養(yǎng)豬技術(shù)征文大賽——中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會養(yǎng)豬學(xué)分會五屆三次理事會暨生豬產(chǎn)業(yè)科技創(chuàng)新發(fā)展論壇論文集[C];2012年

6 辜雪冬;陳祖明;肖嵐;辛松林;;藏香豬特色菜肴的開發(fā)[A];第五屆中國畜牧科技論壇論文集[C];2011年

7 鄒艷冶;林羽;李洪忠;;巴馬小型香豬在人體經(jīng)皮給藥系統(tǒng)體內(nèi)評價中的應(yīng)用前景[A];實(shí)驗(yàn)動物與藥理學(xué)、毒理學(xué)研究學(xué)術(shù)交流會論文匯編[C];2009年

8 朱秋勁;賀承淵;任瓊;;新型臘香豬的加工[A];2001年肉類科技交流會暨中國畜產(chǎn)品加工研究會第三屆肉類科技大會論文集[C];2001年

9 俞沛初;喬中東;郭傳甲;華修國;艾曉杰;;3個品種豬的PIT-1基因外顯子多態(tài)性[A];2005年上海市動物學(xué)會學(xué)術(shù)會議論文集[C];2005年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前2條

1 謝健;基于高密度SNP芯片的香豬產(chǎn)仔數(shù)性狀基因篩選和鑒定[D];貴州大學(xué);2016年

2 俞沛初;香豬的特性及PIT—1基因多態(tài)性的研究[D];山西農(nóng)業(yè)大學(xué);2003年

相關(guān)碩士學(xué)位論文 前10條

1 劉霞;重慶地區(qū)香豬養(yǎng)殖現(xiàn)狀及存在問題分析調(diào)研報告[D];重慶師范大學(xué);2011年

2 李蓉蓉;香豬的7個拷貝數(shù)變異檢測及其功能研究[D];貴州大學(xué);2016年

3 王洋;香豬8個SNP的群體分型及其與繁殖性狀的關(guān)聯(lián)研究[D];貴州大學(xué);2016年

4 牛秋錦;香豬繁殖性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究[D];貴州大學(xué);2016年

5 鐘壘;雌激素對香豬睪丸支持細(xì)胞、生殖細(xì)胞、ERs等的影響研究[D];貴州大學(xué);2016年

6 謝玲玲;香豬生長性狀相關(guān)SNPs的多態(tài)性研究[D];貴州大學(xué);2016年

7 曾瓊;劍白香豬染色體核型及生產(chǎn)性能研究[D];貴州大學(xué);2006年

8 胡俊西;巴馬小型香豬皮膚比較生物學(xué)研究[D];西南大學(xué);2006年

9 陳偉;劍白香豬血液生理生化指標(biāo)常值測定及肥大細(xì)胞觀察[D];貴州大學(xué);2007年

10 戴q，

本文編號：2426284