【摘要】：利用雙親高密度SNP標(biāo)記信息,在畜禽群體中進(jìn)行親子鑒定及親本推斷新方法的計(jì)算機(jī)程序開(kāi)發(fā),并使用模擬的600 000個(gè)SNP標(biāo)記對(duì)該程序進(jìn)行測(cè)試。結(jié)果表明:對(duì)系譜正確性進(jìn)行鑒定時(shí),SNP標(biāo)記數(shù)大于100即可達(dá)到100%的親子鑒定準(zhǔn)確率;對(duì)錯(cuò)誤的系譜關(guān)系進(jìn)行潛在親子關(guān)系推斷時(shí),SNP標(biāo)記數(shù)大于300可保證100%的推斷準(zhǔn)確率。標(biāo)記平均MAF較低會(huì)降低親子推斷準(zhǔn)確率。在程序運(yùn)行效率方面,當(dāng)使用50 000的SNP標(biāo)記對(duì)1 000條錯(cuò)誤率為10%的系譜進(jìn)行親子鑒定和推斷時(shí),共耗時(shí)332.87s,且計(jì)算耗時(shí)與標(biāo)記數(shù)及個(gè)體數(shù)呈線(xiàn)性變化。本研究基于孟德?tīng)栠z傳原理,設(shè)計(jì)并開(kāi)發(fā)了基于雙親及后代基因型的親子鑒定及親本推斷程序,該方法運(yùn)行速度快,操作簡(jiǎn)單,準(zhǔn)確性高,值得在畜禽群體基因組相關(guān)研究方面進(jìn)行推廣應(yīng)用。
[Abstract]:Based on the high density SNP marker information of parents, a computer program was developed for paternity test and parental inference in livestock and poultry populations. The program was tested by simulated 600 000 SNP markers. The results showed that when the pedigree was correctly identified, the accuracy of paternity test could be 100% when the number of SNP markers was more than 100%. When the potential parent-child relationship is inferred from the wrong pedigree, the accuracy of the inference is 100% when the number of SNP markers is greater than 300. Low average MAF decreased the accuracy of parent-child inference. In terms of running efficiency of the program, it takes 332.87s to identify and infer 1 000 pedigree with 10% error rate by using 50 000 SNP markers, and the calculation time varies linearly with the number of markers and the number of individuals. Based on Mendelian genetic principle, the program of paternity test and parental inference based on parents and progeny genotypes was designed and developed. The method has the advantages of high speed, simple operation and high accuracy. It is worth popularizing and applying in the research of the genome of livestock and poultry population.
【作者單位】： 華南農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院/廣東省農(nóng)業(yè)動(dòng)物基因組與分子育種重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室/國(guó)家生豬種業(yè)工程中心;
【基金】：國(guó)家現(xiàn)代農(nóng)業(yè)(生豬)產(chǎn)業(yè)技術(shù)體系項(xiàng)目(CARS-36) 科技部科技基礎(chǔ)性工作專(zhuān)項(xiàng)(2014FY120800) 國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31200925) 廣東省自然科學(xué)基金項(xiàng)目(2014A030313453)
【分類(lèi)號(hào)】：S813

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本文編號(hào)：2425490