【摘要】：為研究貴州黑山羊、貴州白山羊MHC-DRB1基因遺傳機(jī)制,試驗(yàn)運(yùn)用混合DNA池結(jié)合PCR產(chǎn)物直接測(cè)序方法,對(duì)MHC-DRB1基因第三外顯子區(qū)域進(jìn)行多態(tài)性分析,利用生物信息學(xué)分析軟件對(duì)PCR擴(kuò)增所獲序列進(jìn)行m RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)及蛋白質(zhì)的二級(jí)結(jié)構(gòu)和抗原表位分析。經(jīng)序列對(duì)比發(fā)現(xiàn)9個(gè)SNPs位點(diǎn),其中A~(8858)G(ILe-Val)、G~(8969)A(Gly-Ser)、G~(8978)A(Glu-Lys)、T~(9094)G(Asp-Glu)4個(gè)單核苷酸突變,導(dǎo)致所編碼氨基酸發(fā)生改變,其它5個(gè)位點(diǎn)均屬于同義突變。進(jìn)一步分析發(fā)現(xiàn),A~(8858)G、C~(8974)T、T~(9094)G、C~(9100)T、G~(9124)A突變位點(diǎn)導(dǎo)致m RNA二級(jí)結(jié)構(gòu)的變化,A~(8858)G以及T~(9094)G對(duì)蛋白質(zhì)二級(jí)結(jié)構(gòu)影響最大。
[Abstract]:In order to study the genetic mechanism of MHC-DRB1 gene in Guizhou black goats and Guizhou white goats, the polymorphism of the third exon of MHC-DRB1 gene was analyzed by direct sequencing of mixed DNA pool and PCR products. The secondary structure of m RNA and the secondary structure and antigen epitope of protein were analyzed by using bioinformatics analysis software. Nine SNPs loci were identified by sequence comparison, among them, A ~ (8858) G (ILe-Val), G ~ (8969) A (Gly-Ser, G ~ (8978) A (Glu-Lys) and T ~ (9094) G (Asp-Glu) had four single nucleotide mutations. The other five sites are synonymous mutations. Further analysis showed that the mutation site A8858 GG ~ (8974) T ~ (9094) G ~ (9100) T ~ (9100) T ~ (9124) A resulted in the change of m RNA secondary structure. A ~ (8858) G and T ~ (9094) G had the greatest effect on the secondary structure of protein.
【作者單位】： 貴州大學(xué)高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院貴州省動(dòng)物遺傳育種與繁殖重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：貴州省科技富民強(qiáng)縣專項(xiàng)行動(dòng)計(jì)劃([2014]5202-1號(hào)) 貴州省科技廳2013年省市縣科技合作項(xiàng)目(2013001)共同資助
【分類號(hào)】：S827

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本文編號(hào)：2336254