發(fā)布時間：2018-11-16 08:26

【摘要】：用RT-PCR擴增分離的一株P(guān)EDV CH-SXCH11-2015的全基因組序列,測序拼接后,進行了序列分析。CH-SXCH11-2015全長28 038bp比CV777長5bp,與BJ-2011-1同源性最高,為98.9%;與LZC、SM98同源性最低,為96.6%。S基因全長均為4 161bp,突變主要發(fā)生在S1區(qū),同源性分析表明,CH-SXCH11-2015核苷酸同源性與BJ-2011-1和CH/ZJJS-Z/2012的最高為98.9%,與SM98同源性最低為93.6%,與CV777、CV777vaccine同源性分別為94.2%和93.8%。CH-SXCH11-2015S基因氨基酸同源性與CH/ZJJS-Z/2012的最高為98.3%,與CV777vaccine、SQ2012同源性最低為91.8%,與CV777的同源性為92.9%。ORF3基因全長均為675bp,無核苷酸插入和缺失,同源性分析表明,CH-SXCH11-2015的ORF3基因與CH/HBQX/10核苷酸同源性最高,為99.3%,與CV777truncated核苷酸同源性最低,為90.6%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因推導(dǎo)的氨基酸與(CH/HBQX/10、CH/S、CH/SHH/06、CH/TJ-2012、CH/ZKXH/11、CPF299、GZGY-10、PFF188、PFF285)同源性最高,為98.7%;與CV777truncated毒株最低,為88%。CH-SXCH11-2015的ORF3基因與CV777、attenuated DR13的核苷酸同源性分別為96.6%和97.6%,氨基酸同源性分別為95.1%和97.1%。遺傳進化分析表明,CH-SXCH11-2015全基因組、S基因、ORF3基因與2010年以后我國分離的毒株親緣關(guān)系較近,與CV777、2個疫苗株(attenuated DR13、CV777vaccine)的親緣關(guān)系較遠。
[Abstract]:The whole genomic sequence of a isolated PEDV CH-SXCH11-2015 was amplified by RT-PCR and sequenced. The total length of CH-SXCH11-2015 28 038bp was 5 BP longer than that of CV777, which was the highest homology with BJ-2011-1, 98.9; The homology with LZC,SM98 was the lowest, the total length of the gene was 4161bp. the mutation mainly occurred in S1 region, and the homology analysis showed that, The nucleotide homology of CH-SXCH11-2015 was 98.9 with BJ-2011-1 and CH/ZJJS-Z/2012, the lowest with SM98, and 93.6 with CV777,. The homology of CV777vaccine was 94.2% and the amino acid homology of 93.8%.CH-SXCH11-2015S gene was 98.3% with CH/ZJJS-Z/2012 and 91.8% with CV777vaccine,SQ2012, respectively. The homology of 92.9%.ORF3 gene with CV777 was 675bp. there was no nucleotide insertion and deletion. Homology analysis showed that the ORF3 gene of CH-SXCH11-2015 had the highest homology with CH/HBQX/10 nucleotide, which was 99.3 BP. The nucleotide homology with CV777truncated is the lowest, the amino acid deduced from the ORF3 gene of 90.6%.CH-SXCH11-2015 and (CH/HBQX/10,CH/S,CH/SHH/06,CH/TJ-2012,CH/ZKXH/11,CPF299,GZGY-10,PFF188,) The homology of PFF285 was the highest (98.7%); The nucleotide homology of ORF3 gene and CV777,attenuated DR13 was 96.6% and 97.6%, respectively, and the amino acid homology was 95.1% and 97.1%, respectively. Genetic evolution analysis showed that the whole genome of CH-SXCH11-2015, S gene and ORF3 gene were closely related to the virus strains isolated from China since 2010, and far related to the two CV777, vaccine strains (attenuated DR13,CV777vaccine).
【作者單位】： 山西省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所;
【基金】：山西省科技攻關(guān)項目(20140311020-2-A);山西省科技攻關(guān)項目(20150311018-3)
【分類號】：S852.651

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本文編號：2335011