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豬圓環(huán)病毒2型江西株的全基因組克隆和序列分析

發(fā)布時間:2018-11-14 11:15
【摘要】:為了解江西地區(qū)豬圓環(huán)病毒2型(PCV-2)的流行和進(jìn)化情況,根據(jù)GenBank上已發(fā)表的PCV-2全基因序列設(shè)計1對引物,PCR擴(kuò)增后得到9條PCV-2全基因序列,并對其全基因序列核苷酸和蛋白序列進(jìn)行分析,繪制遺傳進(jìn)化樹。結(jié)果表明,江西地區(qū)流行的9株P(guān)CV-2中,基因組序列全長分為8株1 767bp和1株1 768bp,9株P(guān)CV-2的核苷酸同源性為94.7%~99.9%,與GenBank己發(fā)表的PCV-2分離株全基因組同源性介于94.3%~99.8%之間,而9株P(guān)CV-2的ORF1核苷酸序列同源性為96.9%~100.0%。ORF2和ORF3編碼的蛋白氨基酸序列存在部分位點(diǎn)突變。遺傳進(jìn)化樹顯示為3種基因型:5株P(guān)CV-2b、3株P(guān)CV-2d、1株P(guān)CV-2a。本研究有助于江西地區(qū)PCV-2的監(jiān)測和防制。
[Abstract]:In order to understand the prevalence and evolution of porcine circovirus type 2 (PCV-2) in Jiangxi province, a pair of primers were designed according to the published PCV-2 gene sequence on GenBank, and 9 PCV-2 gene sequences were obtained by PCR amplification. The nucleotide and protein sequences of the whole gene were analyzed and the genetic evolution tree was plotted. The results showed that the nucleotide homology of 9 PCV-2 strains in Jiangxi province was 94.7% and 99.9% respectively. The total length of genomic sequence was divided into 8 strains (1 767bp) and 1 strain (1 768 BP). The homology of the whole genome of the PCV-2 isolate published by GenBank was 99.8%, and the homology of the whole genome of the isolate was between 94.33% and 99.8%. The nucleotide sequence homology of ORF1 in 9 strains of PCV-2 was 96.9%~100.0%.ORF2 and ORF3 encoded protein amino acid sequence with partial mutation. Genetic evolution tree showed three genotypes: 5 PCV-2b,3 strains, PCV-2d,1 strain PCV-2a. This study is helpful to the monitoring and control of PCV-2 in Jiangxi province.
【作者單位】: 江西農(nóng)業(yè)大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;
【基金】:江西省研究生創(chuàng)新專項資金(YC2013-S123)
【分類號】:S852.651

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號:2331011

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