發(fā)布時間：2018-10-29 18:30

【摘要】：為探究雞的卵巢發(fā)育調(diào)控機制,本試驗以濟寧百日雞不同發(fā)育階段的卵巢組織為材料,通過小RNA高通量測序和轉(zhuǎn)錄組高通量測序,找出不同發(fā)育階段之間的差異表達miRNA和差異表達基因,構(gòu)建基因調(diào)控網(wǎng)絡,并對差異表達的miRNA和mRNA進行定量驗證。主要結(jié)果如下:(1)小RNA測序分析構(gòu)建了60日齡(S_A)、100日齡(S_B)、140日齡未開產(chǎn)(S_C)、140日齡已開產(chǎn)(S_D)四個發(fā)育階段的小RNA文庫,通過Hiseq高通量測序分別獲得8156581、6926412、8906171、10510049高質(zhì)量讀數(shù),各占其原始讀數(shù)的98.56%、97.67%、98.72%、98.00%。比對上已知miRNA前體的sRNA的個數(shù)分別為3181902、2751006、3107415、1459649,分別占所有比對上的sRNA的73.74%、72.56%、67.38%、30.12%。另外預測到新mi RNA 35個。差異表達miRNA分析發(fā)現(xiàn):S_A與S_B兩個文庫中有14個miRNA的表達量存在顯著差異(qvalue0.01,且|log2(foldchange)|1);S_A和S_C兩個文庫相比,有22個miRNA的表達量存在顯著差異;在S_B和S_C兩個文庫相比,有8個miRNA的表達量存在顯著差異;S_A和S_D兩個文庫顯著差異表達的miRNA共74個;S_B與S_D兩個文庫相比,顯著差異表達的miRNA共78個;140日齡開產(chǎn)前后顯著差異表達的mi RNA共51個。差異表達mi RNA的qRT-PCR驗證情況:在選取的9個miRNA中,有7個miRNA同高通量測序得到的表達量變化趨勢基本吻合,線性擬合的相關系數(shù)為0.8878。對差異表達miRNA的靶基因進行功能富集分析,靶基因主要富集到生物過程和細胞組分這兩類GOterm上;并且只在囊泡運輸中SNARE的相互作用(SNARE interactions in vesicular transport)KEGG通路上顯著富集。(2)轉(zhuǎn)錄組測序分析構(gòu)建了60日齡(T_A)、100日齡(T_B)、140日齡未開產(chǎn)(T_C)、140日齡已開產(chǎn)(T_D)四個發(fā)育階段的轉(zhuǎn)錄組文庫,通過Hiseq高通量測序分別獲得62285300、75609458、87655702、83921800個高質(zhì)量讀數(shù),分別占原始讀數(shù)的96.20%、95.96%、95.73%、95.80%。與參考基因組比對上的序列讀數(shù)分別為53248104、64794485、74926383、70651433,分別占高質(zhì)量讀數(shù)的85.49%、85.7%、85.48%、84.19%。差異基因分析發(fā)現(xiàn):T_A與T_B兩個文庫比較,有51個基因的表達量存在顯著差異(qvalue0.005,且|log2(FoldChange)|1);T_A與T_C兩個文庫比較,有118個基因的表達量存在顯著差異;T_B與T_C兩個文庫比較,有20個基因的表達量存在顯著差異;T_A與T_D兩個文庫比較,顯著差異表達的基因共2284個;T_B與T_D兩個文庫比較,顯著差異表達的基因共2882個;T_C與T_D兩個文庫比較,顯著差異表達的基因共2579個。差異表達基因進行qRT-PCR驗證:在選取的9個差異基因中,有7個基因與高通量測序得到的表達量變化趨勢基本一致,線性擬合的相關系數(shù)為0.8662。對所有差異表達基因并集進行功能富集分析,差異基因顯著富集到567個GOterm上;顯著富集的KEGG通路共7個。(3)差異miRNA與差異基因整合分析為進一步探究差異表達miRNA與差異表達基因的調(diào)控網(wǎng)絡,對相同比較組合的差異miRNA和mRNA進行整合分析。結(jié)果表明在所有組合中有99個差異表達miRNA對1656個差異基因進行調(diào)控。
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【學位授予單位】：山東農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S831

【二級參考文獻】

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2 Rich wall ,Michael.B.Seidel ,Hans-Heinrich Thiele;世界蛋業(yè)簡介[J];中國家禽;2004年04期

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本文編號：2298467