【摘要】：我國是世界上雞(Gallus gallus domesticus)種遺傳資源最為豐富的國家之一,隨著越來越多的培育品種不斷出現(xiàn),如何區(qū)分這些優(yōu)良雞種顯得尤為重要。本研究旨在探討線粒體D-loop區(qū)序列作為DNA條形碼在識別雞種方面的可行性和有效性。對安卡雞、隱性白羽雞、河南斗雞以及絲羽烏骨雞等4個雞種共115個個體mtDNA D-loop區(qū)全序列進行測序,并分析各個雞種遺傳多態(tài)性特點以及種內(nèi)和種間遺傳距離。結(jié)果表明,4個雞種D-loop區(qū)全序列大小為1 231~1 232 bp,1 231 bp個體在859 bp處存在C堿基缺失,共檢測到26個變異位點和15個單倍型,其中安卡雞、隱性白羽雞、河南斗雞以及絲羽烏骨雞特異單倍型數(shù)分別為3、4、3和2個。4個雞種平均單倍型多樣度為0.467~0.799,平均核苷酸多樣度為0.00217~0.005 61,種間Kiumura雙參數(shù)距離為0.435%~0.940%,種間凈遺傳距離為0.150%~0.712%。聚類分析顯示,4個品種線粒體D-loop區(qū)分歧較遠,聚類結(jié)果基本與形態(tài)學(xué)分類一致;參照已公開發(fā)表的單倍型劃分標準,發(fā)現(xiàn)安卡雞和隱性白羽雞主要為E分支,河南斗雞主要為B分支,絲羽烏骨雞主要為A分支。本研究為雞品種鑒定以及遺傳資源保護和開發(fā)利用提供了理論依據(jù)。
[Abstract]:China is one of the countries with the richest genetic resources of chicken (Gallus gallus domesticus) species in the world. With more and more breeding varieties emerging, it is very important to distinguish these excellent breeds. The purpose of this study was to investigate the feasibility and effectiveness of mitochondrial D-loop sequence as DNA bar code in identifying chicken breeds. A total of 115 individual mtDNA D-loop regions were sequenced from 4 breeds of Anka chicken, recessive white feather chicken, Henan fighting chicken and silky chicken, and the genetic polymorphism characteristics and genetic distance between species and species were analyzed. The results showed that the total sequence size of the D-loop region of 4 breeds was 1231 / 1 232 bp,1 / 231 bp with C base deletion at 859 bp. A total of 26 mutation sites and 15 haplotypes were detected, among which Amka chicken and recessive white feather chicken were detected. The average haplotype diversity, nucleotide diversity, interspecific Kiumura double parameter distance and interspecific genetic distance of the four breeds were 0.467, 0.005.61, 0.435 and 0.940, respectively, and the net genetic distance between the four breeds was 0.1507.122.The average haplotype diversity of the four breeds was 0.467%, the average nucleotide diversity was 0.002170.5.61, the interspecific Kiumura two-parameter distance was 0.435 ~ 0.940, and the interspecific net genetic distance was 0.150 0.72. Cluster analysis showed that the mitochondrial D-loop regions of the four varieties were far apart, and the clustering results were basically consistent with the morphological classification, and according to the published haplotype classification criteria, it was found that Anka chicken and recessive white feather chicken were mainly E branches. Henan cock is mainly B branch, silk feather black bone chicken is mainly A branch. This study provides a theoretical basis for the identification of chicken breeds and the protection, development and utilization of genetic resources.
【作者單位】： 江蘇省家禽科學(xué)研究所;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(No.31372277、No.31501917和No.31672382)
【分類號】：S831.2

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