【摘要】：【目的】研究半番鴨與番鴨精巢組織轉(zhuǎn)錄組差異表達(dá)基因,為進(jìn)一步闡明半番鴨不育的遺傳機(jī)制奠定理論基礎(chǔ)�！痉椒ā坷棉D(zhuǎn)錄組測(cè)序方法對(duì)半番鴨和番鴨的精巢組織進(jìn)行研究,篩選其差異表達(dá)基因,并對(duì)其功能進(jìn)行注釋和熒光定量PCR(quantitative real-time PCR,QRT-PCR)驗(yàn)證。【結(jié)果】測(cè)序共獲得43.84Gb Clean Data,組裝后共獲得193 535條Unigene。DESeq分析發(fā)現(xiàn)3 597個(gè)基因在兩個(gè)鴨品種間差異表達(dá),其中上調(diào)基因1 194個(gè)和下調(diào)基因2 403個(gè),包括與生殖功能相關(guān)的基因,如成纖維細(xì)胞生長因子(fibroblast growth factor,FGF)、蛋白激酶A(protein kinase A,PKA)、絲裂原活化蛋白激酶7(mitogen-activated protein kinase 7-like,partial,BMK)、生長因子受體結(jié)合蛋白2(growth factor receptor-bound protein 2,GRB2)、c-Jun氨基末端激酶(c-Jun N-terminal kinase,JNK)和腫瘤壞死因子受體超家族成員6(tumor necrosis factor receptor superfamily member 6,FAS)等。GO(gene Ontology)分析發(fā)現(xiàn)382個(gè)差異基因獲得功能注釋,其中97個(gè)基因涉及發(fā)育繁殖生物學(xué)過程。KEGG(kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes)通路分析表明差異表達(dá)基因共富集到50條信號(hào)通路中,其中17個(gè)通路顯著富集,包括絲裂原活化蛋白激酶信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路(mitogen-activated protein kinase signaling pathway,MAPK)、甘油酯代謝(glycerolipid metabolism)以及鈣信號(hào)途徑(calcium signaling pathway)信號(hào)通路等,與生殖功能密切相關(guān)的有促性腺激素釋放激素信號(hào)通路(gonadotropin releasing hormone(Gn RH)signaling pathway)和MAPK信號(hào)轉(zhuǎn)導(dǎo)通路。經(jīng)QRT-PCR驗(yàn)證,差異基因表達(dá)變化模式與轉(zhuǎn)錄組測(cè)序結(jié)果一致,測(cè)序結(jié)果可靠�！窘Y(jié)論】在轉(zhuǎn)錄組水平上篩選出半番鴨和番鴨精巢組織差異表達(dá)基因,揭示了Gn RH和MAPK信號(hào)通路在鴨的生殖活動(dòng)中發(fā)揮了重要作用,為進(jìn)一步探索半番鴨生殖系統(tǒng)的分化機(jī)理提供可靠的參考依據(jù)。
[Abstract]:[objective] to study the differentially expressed genes in testis of muscovy duck and muscovy duck. [methods] the testis of muscovy duck and muscovy duck were studied by transcriptional sequencing method, and the differentially expressed genes were screened. The 43.84Gb Clean data were obtained by sequencing, and a total of 193,535 Unigene.DESeq analysis were obtained. The results showed that 3 597 genes were differentially expressed between two duck breeds. Of these, 1,194 genes were up-regulated and 2,403 down-regulated genes, including genes related to reproductive function. For example, fibroblast growth factor (fibroblast growth), protein kinase A (protein kinase (A (protein kinase), mitogen-activated protein kinase 7-like protein kinase 7 (BMK), growth factor receptor binding protein 2 (growth factor receptor-bound protein 2 (GRB2) c-Jun amino-terminal kinase (c-Jun N-terminal kinase JNK) and tumor necrosis factor receptor superfamily (TNF- receptor superfamily), such as fibroblast growth factor (fibroblast growth), protein kinase (A (protein kinase), mitogen-activated protein kinase 7-like protein kinase (BMK), growth factor receptor binding protein 2 (growth factor receptor-bound protein 2 (GRB2) and tumor necrosis factor receptor (TNF- R) superfamily. Go (gene Ontology) analysis showed that 382 differentially expressed genes were annotated. Among them, 97 genes were involved in developmental reproduction biological process. KEGG (kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathway analysis showed that differentially expressed genes were co-enriched into 50 signal pathways, 17 of which were significantly enriched. Mitogen activated protein kinase signal transduction pathway (mitogen-activated protein kinase signaling pathway MAPK), (glycerolipid metabolism) metabolism of glycerol ester and (calcium signaling pathway) signaling pathway of calcium signal pathway, etc. Gonadotropin releasing hormone signaling pathway (gonadotropin releasing hormone (Gn RH) signaling pathway) and MAPK signal transduction pathway are closely related to reproductive function. The results of QRT-PCR showed that the differentially expressed genes were consistent with the results of transcriptome sequencing, and the sequencing results were reliable. [conclusion] the differentially expressed genes in testis of muscovy duck and muscovy duck were screened at the transcriptional level. It was revealed that GnRH and MAPK signaling pathway played an important role in the reproductive activities of duck, which provided a reliable reference for further exploring the differentiation mechanism of muscovy duck reproductive system.
【作者單位】： 福建省農(nóng)業(yè)科學(xué)院畜牧獸醫(yī)研究所;福建昌龍集團(tuán);福建農(nóng)林大學(xué)食品科學(xué)學(xué)院;
【基金】：福建省農(nóng)科院青年人才創(chuàng)新基金(YC2017-7) 福建省省屬公益類科研院所基本科研專項(xiàng)(2017R1023-5) 福建省農(nóng)科院所青年基金(MYQJ2015-5)
【分類號(hào)】：S834

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