本文選題：圓線蟲 + 線粒體DNA　； 參考：《河南師范大學》2017年碩士論文

【摘要】：圓線蟲是馬屬動物體內(nèi)最重要的寄生蟲,嚴重危害宿主的健康,使其患病乃至死亡,對畜牧養(yǎng)殖業(yè)造成較大損失。大量使用驅(qū)蟲藥使盅口線蟲出現(xiàn)抗藥性,增加了患病率。馬屬動物寄生圓線蟲的分類鑒定和系統(tǒng)發(fā)育學研究,對于有針對性地控制圓線蟲病具有重大意義。目前,國外學者為圓線蟲的研究提供了豐富的數(shù)據(jù)資料,國內(nèi)對于圓線蟲的研究較少,且主要是形態(tài)學方面的研究,缺乏相關(guān)分子資料。本研究以采自河南新鄉(xiāng)地區(qū)的35種圓線蟲為研究對象,經(jīng)光學顯微鏡初步鑒定后,通過PCR技術(shù)擴增其線粒體COI和nad1基因,探究馬圓線蟲的系統(tǒng)發(fā)育關(guān)系。35種圓線蟲的擴增產(chǎn)物經(jīng)測序共獲得39條COI序列和32條nad1序列。通過使用多種生物學軟件,對所得目的片段進行了堿基組成、遺傳距離等分析。采用最大似然法(ML)和貝葉斯法(BI)分別基于COI和nad1序列構(gòu)建系統(tǒng)發(fā)育樹,并且構(gòu)建基于COI和nad1聯(lián)合數(shù)據(jù)集的系統(tǒng)樹。發(fā)現(xiàn)BI法更適合馬圓線蟲的系統(tǒng)發(fā)育學研究。得出如下結(jié)論:1.所測樣品的COI序列長度均為393 bp,通過多序列比對顯示,其中保守位點、變異位點、簡約信息位點、單核苷酸位點分別占總位點的64.63%、35.37%、29.52%、5.85%。A+T平均含量(67.3%)明顯高于G+C(32.7%),表現(xiàn)出明顯的AT堿基偏好性。從氨基酸密碼子來看,第三位點的A+T平均含量最高(78.6%),第二位點(63.1%)稍高于第一位點(61.2%)。轉(zhuǎn)換和顛換比值R最大的是第1密碼子位點,其次是第3密碼子位點,進化最快,第2密碼子位點沒有發(fā)生堿基替換,進化最慢�；贑OI序列構(gòu)建的系統(tǒng)樹顯示,種內(nèi)個體均聚為獨立分支,對于屬以上分類階元的區(qū)分結(jié)果不夠理想,但仍有一定的參考價值。2.測序所得32條nad1序列的總長度均為354 bp,對序列進行多序列比對分析,其中保守位點218個,變異位點136個,簡約信息位點115個,單核苷酸位點21個。A、C、G、T四種堿基的平均含量為25.4%、9.8%、21.7%、43.1%,A+T平均含量(68.5%)明顯高于G+C(31.4%),表現(xiàn)出AT堿基偏倚性。就氨基酸密碼子來看,A+T平均含量最高(74.2%)的是第3位點,第1位點(66.1%)和第2位點(65.1%)相差不大。三個密碼子位點的轉(zhuǎn)換和顛換比值R最小的為第3密碼子位點,進化最快,其次是第1密碼子位點,第2密碼子位點的R值最大,進化速率最慢。在構(gòu)建的系統(tǒng)樹中,31種圓線蟲形成兩大類群:一個大類群包括圓形屬、三齒屬和卡拉干斯齒線蟲、不等齒杯口線蟲以及伊氏雙齒口線蟲;另一大類群包括杯冠屬、杯環(huán)屬、冠環(huán)屬、盅口屬和杯狀彼得洛夫線蟲、拉氏杯口線蟲、雙冠雙冠線蟲、頭似輔首線蟲。其中冠環(huán)屬、盅口屬和杯冠屬的親緣關(guān)系較近;長形杯環(huán)線蟲和外射杯環(huán)線蟲與杯環(huán)屬的親緣關(guān)系較遠�；贑OI+nad1序列構(gòu)建的系統(tǒng)發(fā)育樹拓撲結(jié)構(gòu)與之類似,僅支持率存在差異。采用ML法重建圓線蟲的系統(tǒng)進化關(guān)系自展支持率較低,BI法構(gòu)建的系統(tǒng)樹支持率高,說明依據(jù)COI和nad1序列進行圓線蟲的系統(tǒng)發(fā)育分析時,BI法更加適合。3.本研究首次在河南省發(fā)現(xiàn)卡拉干斯齒線蟲(Skrjabinodentuscaragandicus),對其進行了形態(tài)學觀察和分子序列測定與分析。結(jié)果表明:卡拉干斯齒線蟲中等大小,口囊壁呈“S”狀,前端極度膨大,厚10~12μm,后端稍薄,約4~6μm,外葉冠由8個長而寬的小葉組成,內(nèi)葉冠由16~18個短而寬的小葉組成,食道漏斗發(fā)達,雄蟲生殖錐長337μm,引器長245μm;所測核糖體DNA(r DNA)內(nèi)轉(zhuǎn)錄間隔區(qū)(ITS)及5.8S片段長度為853 bp,其中ITS1長369 bp,ITS2長331 bp,從GC含量上看,ITS1區(qū)(47.2%)明顯高于ITS2區(qū)(40.7%);線粒體細胞色素c氧化酶亞基?(COI)基因長度為393bp,A、T、G、C堿基含量分別為25.2%、42.7%、21.4%、10.7%;nad1序列長354 bp,其中A、T、G、C堿基的含量分別為24.9%、43.5%、21.5%、10.2%�？ɡ伤过X線蟲在河南省屬首次報道,為河南省新記錄種。
[Abstract]:A systematic tree was constructed based on COI and nad1 sequences . The average content of C , G , T is 25.4 % , 9.8 % , 21.7 % , 43.1 % , the average content of A + T ( 68.5 % ) is higher than that of G + C ( 35.4 % ) . The length of ITS1 was 369 bp , ITS2 was 331 bp . The length of ITS1 was 393bp , and the contents of A , T , G , C were 24.2 % , 42.7 % , 21.4 % and 10.7 % , respectively . The contents of A , T , G , C were 24 . 9 % , 43 . 5 % , 21.5 % and 10.2 % , respectively .
【學位授予單位】：河南師范大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2017
【分類號】：S852.731

【參考文獻】

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本文編號：2100235