本文選題：RAN-Seq + 鴨腸炎病毒��； 參考：《畜牧獸醫(yī)學(xué)報》2017年02期

【摘要】：為挖掘鴨腸炎病毒(duck enteritis virus,DEV)感染鴨的差異表達免疫相關(guān)基因,本研究以DEV GZ株經(jīng)腿部肌肉接種50d鴨后,于接種后66、90和114h采集鴨脾組織樣本,提取總RNA,通過高通量RNA-seq技術(shù)測序,應(yīng)用GO和KEGG數(shù)據(jù)庫進行比對注釋,并采用熒光定量PCR對部分差異表達基因進行驗證,結(jié)果顯示:DEV接種66h時鴨脾的差異表達基因有511個,參與免疫相關(guān)生物學(xué)過程的為70個,其中上調(diào)基因46個,下調(diào)基因24個;90h時差異表達基因有485個,參與免疫相關(guān)生物學(xué)過程的為64個,其中上調(diào)基因49個,下調(diào)基因15個;114h時差異表達基因有531個,參與免疫相關(guān)生物學(xué)過程的為66個,其中上調(diào)基因35個,下調(diào)基因31個。GO數(shù)據(jù)庫分析顯示,差異表達免疫相關(guān)基因主要涉及細(xì)胞黏附、抗原加工和呈遞、補體激活等免疫反應(yīng)過程;KEGG數(shù)據(jù)庫分析顯示,差異表達免疫相關(guān)基因主要富集在細(xì)胞黏附分子、ECM受體互作、PPAR等信號通路;熒光定量PCR對7個差異表達基因進行檢測顯示,差異表達基因相對表達量與RNA-Seq技術(shù)測序結(jié)果基本一致。這些結(jié)果為進一步闡明DEV感染機制和機體免疫應(yīng)答機制奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:In order to express the differentially expressed immune related genes of duck enteritis virus (duck enteritis virus, DEV) infected ducks. After inoculating 50D ducks in the leg muscles of DEV GZ strain, the samples of duck spleen tissue were collected after inoculation with 66,90 and 114h, and the total RNA was extracted from DEV and 114h after inoculation. The partial differential expression gene was verified by light quantitative PCR. The results showed that there were 511 differentially expressed genes in the spleen of the duck when DEV was inoculated with 66h, and 70 were involved in the immune related biological processes, including 46 up-regulated genes and 24 down-regulation genes. There were 485 differentially expressed genes at 90h and 64 biological processes related to immunology, including up regulation 49 genes were down regulated by 49. There were 531 differentially expressed genes and 66 genes involved in immune related biological processes, including 35 up-regulated genes and 31 down-regulated.GO database analysis. The differential expression of immune related genes involved cell adhesion, antigen processing and presentation, complement activation and other immune responses; KEGG database The analysis showed that the differentially expressed immune related genes were mainly enriched in cell adhesion molecules, ECM receptor interaction, PPAR and other signaling pathways, and fluorescence quantitative PCR detected 7 differentially expressed genes, and the relative expression of differentially expressed genes was basically consistent with the sequencing results of RNA-Seq technology. These results could further elucidate the mechanism and mechanism of DEV infection. The mechanism of body immune response is established.
【作者單位】： 貴州大學(xué)動物科學(xué)學(xué)院;貴州大學(xué)動物疫病研究所;貴州省動物疫病與獸醫(yī)公共衛(wèi)生重點實驗室;
【基金】：國家自然科學(xué)基金項目(31260607;31560703) 貴州省優(yōu)秀青年科學(xué)人才培養(yǎng)計劃項目(黔科合人字[2013]25號) 貴州省百層次創(chuàng)新型人才項目(黔科合人才[2016]4009號) 貴州省科技創(chuàng)新人才團隊建設(shè)項目(黔科合人才團隊[2015]4016號)
【分類號】：S858.32

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本文編號：2092009