本文選題：簡化基因組測序技術(shù)(RAD-seq) + 基因組選擇　； 參考：《農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報》2017年09期

【摘要】：繁殖性能是豬(Sus scrofa)育種選擇中的主要目標(biāo)性狀之一,由于繁殖性狀屬于低遺傳力的數(shù)量性狀,常規(guī)選育難以取得較大遺傳進展。為了考察限制性位點相關(guān)DNA測序技術(shù)(restriction-site associated DNA sequencing,RAD-seq)在豬繁殖性狀上育種值預(yù)測的性能,本研究采集了具有窩產(chǎn)總仔數(shù)(total number born,TNB)、窩產(chǎn)活仔數(shù)(number born alive,NBA)、初生窩重(litter weight,LW)3個繁殖性狀記錄的母豬725頭,采用RAD-seq技術(shù)對其中618頭母豬進行基因組遺傳分型,經(jīng)過質(zhì)量控制獲得了覆蓋基因組的79 725個SNP標(biāo)記。為了驗證RAD-seq技術(shù)在基因組選擇中的有效性,本研究將測序群體按近似4∶1的比例劃分為參考群和驗證群,在驗證群表型值未知(模擬早期選擇)時分別考察傳統(tǒng)的最佳線性無偏預(yù)測(best linear unbiased prediction,BLUP)方法和兩種基因組育種值預(yù)測方法基因組BLUP(genomic BLUP,GBLUP)和一步法BLUP(single-step genomic BLUP,SS-GBLUP)對驗證群育種值預(yù)測的準(zhǔn)確性和偏向性。結(jié)果表明,GBLUP對驗證群個體育種值預(yù)測的準(zhǔn)確性從BLUP的0.109(TNB),0.067(NBA)和0.009(LW)分別提高至0.220(TNB)、0.184(NBA)和0.205(LW),而SS-GBLUP的預(yù)測準(zhǔn)確性與GBLUP幾乎相同;此外,GBLUP和SS-GBLUP明顯改良了育種值預(yù)測的偏向性。結(jié)果表明,基于RADseq技術(shù)的基因組選擇方法在種豬繁殖性狀的育種值預(yù)測中是有效的。研究結(jié)果對于豬的良種選育具有重要的理論和實踐意義。
[Abstract]:Reproductive performance is one of the main target traits in breeding selection of pigs (Sus scrofa). Because reproductive traits belong to low heritability quantitative traits, it is difficult to make great genetic progress in conventional breeding. In order to investigate the predictive performance of restriction-site associated DNA sequencing technique (RAD-seq) in breeding traits of pigs, In this study, 725 sows with total litter size (total number), litter size (number born (number born) and newborn litter weight (litter weight) were collected, and 618 sows were genotyped by RAD-seq technique. 79,725 SNP markers covering the genome were obtained by quality control. In order to verify the validity of RAD-seq technique in genome selection, the sequencing population was divided into reference group and validation group according to the approximate 4:1 scale. When the phenotypic value of the group is unknown (simulating early selection), the traditional optimal linear unbiased prediction (best linear unbiased prediction method and two genome breeding prediction methods, genomic blup (genomic BLUPSS-GBLUP) and one-step blup (single-step genomic BLUPSS-GBLUP), are investigated respectively. The accuracy and bias of the value prediction. The results showed that the accuracy of GBLUP in predicting individual breeding value of verified populations was increased from 0.109 (TNB) 0.067 (NBA) and 0.009 (LW) of blup to 0.220 (TNB) 0.184 (NBA) and 0.205 (LW), respectively, while the prediction accuracy of SS-GBLUP was almost the same as that of GBLUP. In addition, GBLUP and SS-GBLUP significantly improved the bias of breeding value prediction. The results showed that the genome selection method based on RADseq technique was effective in predicting breeding value of breeding traits. The results have important theoretical and practical significance for the breeding of improved breeds of pigs.
【作者單位】： 深圳華大基因研究院;深圳動物基因組輔助育種工程實驗室;華中農(nóng)業(yè)大學(xué)農(nóng)業(yè)動物遺傳育種與繁殖教育部重點實驗室/2011生豬健康養(yǎng)殖協(xié)同創(chuàng)新中心;深圳市農(nóng)牧實業(yè)有限公司;農(nóng)業(yè)基因組學(xué)國家重點實驗室/廣東省農(nóng)作物核心資源開發(fā)應(yīng)用企業(yè)重點實驗室;
【基金】：深圳動物基因組輔助育種工程實驗室提升項目 深圳市生物產(chǎn)業(yè)發(fā)展專項資金現(xiàn)代農(nóng)業(yè)生物產(chǎn)業(yè)扶持計劃項目(No.NYSW20140326010005) 國家自然科學(xué)基金面上項目(No.31672399)
【分類號】：S828

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本文編號：2070334