本文選題：系統(tǒng)發(fā)育 + 紅色原雞�。� 參考：《生物多樣性》2017年05期

【摘要】：為了探明我國華東地區(qū)地方雞品種的遺傳多樣性和群體遺傳結(jié)構(gòu),追溯其母系起源和進(jìn)化過程,利用PCR技術(shù)擴(kuò)增了11個(gè)地方雞品種的線粒體DNA(mtDNA)控制區(qū)(D-loop)序列,并結(jié)合NCBI數(shù)據(jù)庫中已發(fā)表的紅色原雞(Gallus gallus)D-loop區(qū)全序列,分析了它們的遺傳多樣性與親緣關(guān)系,構(gòu)建了11個(gè)品種與紅色原雞系統(tǒng)發(fā)生鄰接樹。結(jié)果表明:11個(gè)地方品種mtDNA D-loop區(qū)全長為1,231或1,232 bp,其中1,231 bp的序列有196條,1,232 bp的序列有123條,經(jīng)過比對發(fā)現(xiàn),兩者在859 bp處存在單堿基缺失。11個(gè)地方品種319個(gè)個(gè)體共計(jì)檢測到變異位點(diǎn)37個(gè),總體單倍型多樣度核苷酸多樣度和平均核苷酸差異分別為0.901±0.009、0.00573±0.000001和6.833。按照雞mtDNA單倍型分類通用標(biāo)準(zhǔn),共包含35種單倍型,可以分為A、B、C和E共4個(gè)分支(單倍型群),分別包括11、10、9和5個(gè)單倍型。中介網(wǎng)絡(luò)圖中11個(gè)雞品種也很明顯地分成了4個(gè)支系,分別含有100、118、47和54條序列。系統(tǒng)發(fā)育樹分為4個(gè)大枝,海南亞種(G.gallus jabouillei)自成一枝;C單倍型群與4個(gè)亞種的紅色原雞聚為一枝;E單倍型群與2個(gè)亞種紅色原雞聚為一枝;A和B單倍型群只與滇南亞種(G.gallus spadiceus)聚為一枝。11個(gè)品種中,除了狼山和絲羽烏骨雞2個(gè)標(biāo)準(zhǔn)化品種外,都有很高的遺傳多樣性,可開發(fā)選擇潛力很大。沒有發(fā)現(xiàn)線粒體品種特異性DNA序列。華東地區(qū)地方品種至少有4個(gè)母系起源,部分品種可能受到了歐美高產(chǎn)品系的滲入。
[Abstract]:In order to find out the genetic diversity and population genetic structure of local chicken breeds in East China, and to trace the origin and evolution of their maternal lines, the D-looped sequence of mitochondrial DNA mtDNA (mtDNA) control region of 11 local chicken breeds was amplified by PCR. The genetic diversity and phylogenetic relationship of Gallus gallusus D-loop region published in NCBI database were analyzed, and 11 species and red primordial chicken phylogenetic trees were constructed. The results showed that the total length of mtDNA D-loop region was 1231 or 1232 BP in 11 local breeds, among which there were 196 sequences of 1231 BP and 123 sequences of 1232 BP. A total of 37 mutation sites were detected in 319 individuals of 11 local breeds. The total haplotype diversity and average nucleotide diversity were 0.901 鹵0.009, 0.00573 鹵0.000001 and 6.833, respectively. According to the general criteria for the classification of chicken mtDNA haplotypes, there are 35 haplotypes, which can be divided into four branches (haplotype C and E) (haplotypes, including 11109 and 5 haplotypes, respectively). The 11 chicken breeds in the intermediary network were also clearly divided into 4 branches, containing 100 ~ 11847 and 54 sequences, respectively. Phylogenetic trees are divided into 4 branches. G. gallus jabouillei, a Hainan subspecies, formed a C haplotype group and four red primordial chickens into a single E haplotype group and two subspecies red primordial chickens into a single haplotype A and B haplotypes, which were only one branch with G. gallus spadiceus, a subspecies of southern Yunnan. In addition to Langshan and silky chicken, they all have high genetic diversity and great potential for development and selection. No mitochondrial varietal specific DNA sequence was found. There are at least 4 matrilineal origins of native varieties in East China, some of which may have been infiltrated by high yield lines in Europe and America.
【作者單位】： 江蘇省家禽科學(xué)研究所;
【基金】：國家自然科學(xué)基金(31372277、31501917和31672382)
【分類號】：S831

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本文編號：2044814