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基于宏基因組學(xué)技術(shù)檢測全株玉米青貯期間和暴露空氣后的微生物多樣性

發(fā)布時(shí)間:2018-06-06 12:43

  本文選題:青貯 + 全株玉米 ; 參考:《動(dòng)物營養(yǎng)學(xué)報(bào)》2017年10期


【摘要】:本試驗(yàn)旨在分析全株玉米青貯發(fā)酵期間和暴露空氣后的發(fā)酵品質(zhì)及微生物多樣性,監(jiān)測其微生物群落組成動(dòng)態(tài)變化。試驗(yàn)分別在3個(gè)發(fā)酵時(shí)期取樣,即青貯第5天(F5組)、青貯第40天(F40組)和青貯40 d開袋暴露空氣后第3天(A3組),每次取3袋作為3個(gè)重復(fù)。采用宏基因組學(xué)技術(shù),測定全株玉米青貯發(fā)酵期間和暴露空氣后微生物的16S r DNA V3~V4區(qū)序列,比較3個(gè)發(fā)酵時(shí)期樣品微生物群落的組成和豐度信息,通過Alpha多樣性和主成分分析,考察和比較全株玉米青貯發(fā)酵期間和暴露空氣后的微生物多樣性。結(jié)果表明:全株玉米經(jīng)過40 d的青貯發(fā)酵,可使p H及中性洗滌纖維(NDF)和酸性洗滌纖維(ADF)含量顯著下降(P0.05),乳酸含量顯著升高(P0.05),具有良好的發(fā)酵品質(zhì)和營養(yǎng)價(jià)值,且發(fā)酵40 d后短時(shí)間開袋暴露空氣對其發(fā)酵品質(zhì)和營養(yǎng)價(jià)值無顯著影響(P0.05)。3組樣本通過Illumina Miseq測序平臺(tái)共獲得122 371條高質(zhì)量有效序列,聚類為239個(gè)操作分類單元,經(jīng)分類學(xué)鑒定分屬16個(gè)門,163個(gè)屬。在門水平上,厚壁菌門(Firmicutes)始終占優(yōu)勢地位,其豐度在F5、F40和A3組中分別為57.57%、74.65%、78.82%,呈增長趨勢。發(fā)酵前期(F5組)、發(fā)酵后期(F40組)和開袋期(A3組)優(yōu)勢菌屬均為乳桿菌屬(Lactobacillus),其豐度分別為49.78%、64.46%和45.34%,但在開袋期芽孢乳桿菌屬(Sporolactobacillus)的比例上升明顯,至28.46%。綜上,全株玉米青貯自然發(fā)酵升高了產(chǎn)乳酸乳桿菌屬的豐度,有利于提高全株玉米青貯的發(fā)酵品質(zhì),但開袋暴露空氣3 d對全株玉米青貯的微生物多樣性產(chǎn)生了影響,而通過Miseq高通量測序技術(shù),能夠全面了解全株玉米青貯期間和暴露空氣后微生物群落組成及豐度上的變化。
[Abstract]:The purpose of this experiment was to analyze the fermentation quality and microbial diversity of whole corn silage during fermentation and after exposure to air, and to monitor the dynamic changes of microbial community composition. Samples were taken at three fermentation stages, namely, group F5 on the 5th day of silage, group F40 on day 40 of silage) and group A3 on day 3 after exposure to air on day 40 of silage. Three bags were taken as three replicates each time. The 16s r DNA V3~V4 sequences of microorganisms during fermentation and after exposure to air were determined by macrogenomics. The composition and abundance information of microbial communities in three fermentation periods were compared. The Alpha diversity and principal component analysis were used to analyze the microbes. To investigate and compare the microbial diversity of whole corn silage during fermentation and after exposure to air. The results showed that after 40 days of silage fermentation, the content of pH, NDF and ADFof decreased significantly, and the content of lactic acid increased significantly, which had good fermentation quality and nutritional value. After 40 days of fermentation, there was no significant effect on the fermentation quality and nutritional value of the samples exposed to open bags for 40 days. A total of 122,371 high quality and effective sequences were obtained by Illumina Miseq sequencing platform, which were clustered into 239 operational classification units. They belong to 16 phyla and 163 genera by taxonomy. The abundance of F5 F40 and A3 was 57.57 and 74.65, respectively, showing an increasing trend. The dominant genus of Lactobacillus was Lactobacillus (49.78%, 64.46% and 45.34%, respectively), but the proportion of Lactobacillus in the bagging stage increased significantly to 28.4646%. In conclusion, the natural fermentation of whole corn silage increased the abundance of Lactobacillus, which was beneficial to improve the fermentation quality of the whole corn silage, but the microbial diversity of the whole corn silage was affected by 3 days open air. The changes of microbial community composition and abundance during the whole plant silage and after exposure to air could be fully understood by Miseq high-throughput sequencing technique.
【作者單位】: 內(nèi)蒙古民族大學(xué)動(dòng)物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;
【基金】:國家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(31160474) 優(yōu)質(zhì)肉牛生產(chǎn)核心技術(shù)研究與示范創(chuàng)業(yè)人才團(tuán)隊(duì)資助項(xiàng)目
【分類號】:S816.53

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本文編號:1986550

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