本文選題：繁殖性狀 + 位置候選基因��； 參考：《江西農業(yè)大學》2015年碩士論文

【摘要】：公豬的繁殖性狀是養(yǎng)豬生產的重要經濟性狀之一,但是該性狀屬于一種復雜的數(shù)量性狀,遺傳力低,而且受環(huán)境因素影響很大,常規(guī)育種手段難以取得有效的進展。近年來,隨著分子生物學的不斷發(fā)展,有不少研究者開始通過因果基因解析的途徑來研究公豬繁殖性狀的遺傳機制,為種公豬的遺傳改良和選育提供分子育種技術,同時也為男性繁殖障礙的研究與治療提供重要參考。本實驗室前期構建了白色杜洛克×二花臉資源家系群體,測定了F2代205頭公豬的精液量、精子密度、總精子數(shù)、精子活力、睪丸重、附睪重、血漿睪酮濃度等繁殖性狀;此外,前期研究通過基因型填補GWAS分析在7號染色體上定位到了影響300日齡公豬精子密度和總精子數(shù)的QTL區(qū)域,影響公豬精子密度及總精子數(shù)最顯著相關的位點均為INRA0026647。本論文收集了356頭杜洛克、長白和大白公豬的精液量、精子密度、總精子數(shù)和精子活力等性狀,篩選了INRA0026647所處和相鄰區(qū)域中的TEP1、CCNB1IP1和PARP2三個基因作為位置候選基因,研究這些基因的多態(tài)位點與F2公豬及商業(yè)公豬繁殖性狀的關聯(lián)性。結果表明,在F2群體中TEP1、PARP2和CCNB1IP1基因分別有9、11、10個SNP與公豬繁殖性狀顯著或極顯著相關(P0.05或P0.01)。其中TEP1基因中TEP1-g.654 CA與精子密度的關聯(lián)性最高(P=6.56E-08),并與精液量、總精子數(shù)、精子活力性狀顯著相關(P0.05)。PARP2基因中PARP2 g.107 AG(另有5個SNP位點與該位點完全連鎖)與精子密度關聯(lián)性最高(P=4.82E-06),與公豬精液量、總精子數(shù)顯著相關(P0.05);PARP2 g.10568 AG與左附睪重、右附睪重極顯著相關(P值分別為8.92E-04和6.14E-04)。CCNB1IP1基因中CCNB1IP1 g.14 CA(另有5個SNP位點與該位點完全連鎖)與精子密度關聯(lián)性最高(P=1.11E-06),并與精液量、總精子數(shù)、睪酮濃度顯著相關(P0.05)。單倍型分析顯示,TEP1有3個單倍型與精子密度、精液量、精子活力、附睪重顯著或極顯著相關(P0.05或P0.01);PARP2有5個單倍型與精子密度、精液量、附睪重、血漿睪酮濃度顯著或極顯著相關(P0.05或P0.01);CCNB1IP1有2個單倍型與精子密度顯著相關(P0.05)。選擇部分在F2群體中鑒別出的顯著性SNP位點在商業(yè)群體中開展關聯(lián)性分析,結果表明這些位點在商業(yè)群體中均表現(xiàn)出較低的最小等位基因型頻率,各位點與公豬的精液品質性狀沒有顯著關聯(lián)(P0.05),可能的原因是樣本量小、商業(yè)群體遺傳背景的不一致及飼養(yǎng)管理條件的差異。q RT-PCR顯示三個候選基因在豬14中組織中均有表達,且TEP1、PARP2基因在睪丸組織中有較高的表達水平。本研究為后期鑒別影響公豬繁殖性狀的因果基因及公豬繁殖性狀分子標記的開發(fā)提供了有價值的參考。
[Abstract]:The reproductive trait of boar is one of the important economic traits in pig production, but it belongs to a complex quantitative trait with low heritability and is greatly affected by environmental factors, so it is difficult to make effective progress in conventional breeding methods. In recent years, with the development of molecular biology, many researchers begin to study the genetic mechanism of reproductive traits of boars by means of causal gene analysis, and provide molecular breeding techniques for genetic improvement and breeding of boars. It also provides an important reference for the study and treatment of male reproductive disorders. A family population of white Duroc 脳 Erhualian resources was constructed in our laboratory. The reproductive characteristics of 205 F2 boars, such as sperm volume, sperm density, total sperm count, sperm motility, testicular weight, epididymal weight and plasma testosterone concentration, were measured. In the previous study, the QTL region affecting sperm density and total sperm number of 300-day-old boars was located on chromosome 7 by genotypic filling GWAS analysis. The most significant related loci to sperm density and total sperm count of boars were INRA0026647. In this paper, the spermatozoa, sperm density, total sperm count and sperm motility of 356 Duroc, Landrace and Landrace boars were collected, and three genes, TEP1CCNB1IP1 and PARP2, which were located in and adjacent regions of INRA0026647 were selected as position candidate genes. To study the association between the polymorphic loci of these genes and reproductive traits of F 2 boars and commercial boars. The results showed that in F2 population, the number of TEP1-PARP2 and CCNB1IP1 genes were 91, 11, respectively, and 10 SNP were significantly or extremely significantly correlated with reproductive traits of boars (P0.05 or P0.01). The correlation between TEP1-g.654 CA and sperm density was the highest in TEP1 gene. There was significant correlation between sperm motility traits and sperm density in PARP2 g.107AG107AGin P0.05N. PARP2 gene (5 other SNP loci were completely linked to this locus). The correlation between sperm density and spermatozoa concentration was significant. There was significant correlation between P0.05G105AG and left epididymal weight. The P value of the right epididymal weight was significantly correlated with the sperm density of 8.92E-04 and 6.14E-04).CCNB1IP1 genes CCNB1IP1 g.14CAA (5 other SNP loci were completely linked to this locus), and was significantly correlated with sperm volume, total sperm count and testosterone concentration (P 0.05). Haplotype analysis showed that there were three haplotypes associated with sperm density, sperm volume, sperm motility, epididymal weight, and epididymal weight. There were 5 haplotypes associated with sperm density, semen volume, epididymal weight, or P0.01 PARP2. Plasma testosterone concentration was significantly or extremely significantly correlated with P0.05P 0.05 or P0.01CCNB1IP1. Two haplotypes were significantly correlated with sperm density. Significant SNP loci identified in F2 populations were selected for association analysis in commercial populations. The results showed that these loci showed a lower minimum allele frequency in commercial populations. The results showed that there was no significant correlation between the semen quality traits of boars and the results of small sample size, inconsistent genetic background of commercial population and different breeding and management conditions. Q RT-PCR showed that all three candidate genes were expressed in pig 14. The expression level of TEP 1 and PARP2 gene in testicular tissues was higher. This study provides a valuable reference for the later identification of causal genes affecting reproductive traits and the development of molecular markers of reproductive traits in boars.
【學位授予單位】：江西農業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S828

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本文編號：1984609