本文選題：豬細(xì)環(huán)病毒1型和2型 + 感染情況��； 參考：《江西農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：豬細(xì)環(huán)病毒(Torque teno sus virus,TTSuV)是一種無囊膜、環(huán)狀、單股負(fù)鏈DNA病毒,病毒粒子直徑約30~32 nm。人源TTV DNA病毒是由日本學(xué)者Nishizawa等在1997年使用代表性差異分析技術(shù)發(fā)現(xiàn)的一種新病毒。1999年美國學(xué)者首次從豬血清中分離到,隨后不斷有學(xué)者相繼在多種家養(yǎng)及野生動物體內(nèi)檢測出細(xì)環(huán)病毒。豬細(xì)環(huán)病毒作為一種小DNA病毒,在世界范圍內(nèi)豬群中被廣泛檢出,且該病毒會直接或間接的影響豬群的健康,帶來經(jīng)濟(jì)損失,引起了養(yǎng)豬業(yè)極大的關(guān)注。本文采用已建立的套式PCR法檢測了自江西8個(gè)地區(qū)不同豬場采集的血液樣品,調(diào)查了豬細(xì)環(huán)病毒1型和2型的感染情況。然后,分別使用一對特異性擴(kuò)增1型和2型TTSuV全基因組序列,并分析了全基因序列及主要功能基因的遺傳進(jìn)化關(guān)系。收集的183份血液樣品進(jìn)行了豬細(xì)環(huán)病毒1型和2型的檢測,檢測結(jié)果顯示豬細(xì)環(huán)病毒1型的感染率為40.4%,豬細(xì)環(huán)病毒2型的感染率為68.9%,其中豬細(xì)環(huán)病毒1型和2型混合感染數(shù)共55份,占36.1%。參考GenBank公布TTSu V1和TTSuV2全基因序列,參考毒株AB076001和AY823991分別設(shè)計(jì)了1對擴(kuò)增TTSuV1和TTSuV2全基因擴(kuò)增特異性引物,使用長片段擴(kuò)增酶得到豬細(xì)環(huán)病毒全基因序列。通過T-A克隆、序列測定與拼接獲得了10株TTSuV的全基因組序列,其中6株TTSuV1毒株基因組全長分別為2879 bp、2913 bp、2860 bp、2909 bp、2894 bp、2906 bp,4株TTSuV2毒株基因組全長分別為2800 bp、2796 bp、2795 bp、2793 bp。通過對試驗(yàn)得到的TTSuV全基因序列的同源性與遺傳進(jìn)化分析發(fā)現(xiàn):試驗(yàn)得到的6株TTSuV1全基因組序列與GenBank已有全基因組序列的相似性均在75%~97%,4株TTSuV2全基因組序列的相似性均在76%~98%;系統(tǒng)進(jìn)化樹分析表明,TTSuV1-JX2與北京HM633243毒株親緣關(guān)系最近,TTSuV1-JX3與德國GU188045毒株親緣關(guān)系最近,TTSuV1-JX4與西班牙GU570198毒株親緣關(guān)系最近,而TTSuV1-JX5、TTSuV1-JX6兩株獨(dú)立成一個(gè)分支。TTSuV2-JX1與西班牙GU570206毒株親緣關(guān)系最近,TTSuV2-JX2、TTSuV2-JX3、TTSuV2-JX4都與西班牙GU570207毒株親緣關(guān)系最近。通過對TTSuV1-JX3和TTSuV2-JX3各1株全基因組的ORF1蛋白分析發(fā)現(xiàn),兩株TTSuV的ORF1分別包含639個(gè)和623個(gè)氨基酸,TTSuV1-JX3的ORF1在8~39、44~63、88~115、307~322、590~627等位點(diǎn)處的氨基酸抗原表位相對最強(qiáng),TTSuV2-JX3 ORF1蛋白在9~49、179~202、281~302、570~581、590~609等位點(diǎn)處的氨基酸抗原表位最強(qiáng)。
[Abstract]:Porcine teno sus virus (TTSuv) is a membrane-free, annular, single-stranded DNA virus with a diameter of 30 ~ 32 nm. Human TTV DNA virus is a new virus discovered by Japanese scholar Nishizawa et al in 1997 using representative differential analysis technique. In 1999, American scholars first isolated the virus from pig serum. Subsequently, scholars have been detected in a variety of domestic and wildlife fine loop virus. As a small DNA virus, porcine fine loop virus is widely detected in swine herd worldwide, and the virus will directly or indirectly affect the health of pig herd and bring economic loss, which has aroused great concern in pig industry. The blood samples collected from different pig farms in 8 areas of Jiangxi Province were detected by nested PCR method. The infection of porcine fine loop virus type 1 and type 2 was investigated. Then, the whole genome sequences of type 1 and type 2 TTSuV were amplified by a pair of specific amplification methods, and the genetic evolution of the whole gene and the major functional genes were analyzed. A total of 183 blood samples were collected for the detection of porcine fine loop virus type 1 and type 2. The results showed that the infection rate of porcine fine loop virus type 1 was 40.4 and the infection rate of porcine fine loop virus type 2 was 68.9. The number of mixed infection of porcine fine loop virus type 1 and type 2 was 55 (36.1%). The whole gene sequence of TTSu V1 and TTSuV2 was published by referring to GenBank, and a pair of primers for amplification of TTSuV1 and TTSuV2 were designed by referring to AB076001 and AY823991, respectively. The whole gene sequence of porcine fine circovirus was obtained by using long fragment amplification enzyme. Through T-A cloning, the whole genome sequences of 10 TTSuV strains were sequenced and sequenced. The total genome length of 6 TTSuV1 strains was 2879 BP, 2913 BP, 2860 BP, 2909 BP, 2894 BP, 2906 BP, and the genome length of 4 TTSuV2 strains was 2800 BP, 2796 BP, 2795 BP, 2793 BP, respectively. By analyzing the homology and genetic evolution of the whole TTSuV gene sequence obtained from the experiment, it is found that the similarity of the 6 TTSuV1 genome sequences obtained from the experiment with the existing GenBank genome sequences is similar to that of the whole TTSuV2 genome sequence of the four strains of TTSuV2. Phylogenetic tree analysis showed that TTSuV1-JX2 was closely related to Beijing HM633243 strain. TTSuV1-JX3 had the closest genetic relationship with GU188045 strain in Germany, and TTSuV1-JX4 had the closest relationship with GU570198 strain in Spain. The relationship between TTSuV2-JX1, TTSuV2-JX1, TTSuV2-JX2, TTSuV2-JX2, TTSuV2-JX3, TTSuV2-JX3, TTSuV2-JX4, and Spanish GU570207 strain, was the most close relationship between TTSuV1-JX5, TTSuV1-JX6, TTSuV2-JX1, TTSuV2-JX1, TTSuV2-JX2, TTSuV2-JX2 and TTSuV2-JX2-JX4. Through the analysis of the whole genome of TTSuV1-JX3 and TTSuV2-JX3, it was found that, The ORF1 of two strains of TTSuV contained 639 amino acids and 623 amino acids, respectively. The amino acid epitopes of TTSuV1-JX3 were the strongest at the allelic point of 8H39An 446368838807 and 322590C627. The amino acid epitopes of TTSuV2-JX3 ORF1 protein were the strongest at the allele point 9491717282828130257070581590909. The amino acid epitopes of the two strains were the strongest at the allelic point of 949172821, 3025707, 58159090609.
【學(xué)位授予單位】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S858.28

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本文編號：1975083