本文選題：雞 + miRNA��； 參考：《河南農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文

【摘要】：Micro RNA(mi RNA)是近年來鑒定的具有重要轉(zhuǎn)錄后調(diào)控功能的非編碼RNA,由于每個mi RNA的靶基因眾多,而位于mi RNA基因上的單核甘酸多態(tài)性(Single Nucleotide Polymorphisms,SNP)能夠改變其加工過程或其對靶基因的選擇進(jìn)而影響該mi RNA功能的發(fā)揮,因此鑒定與揭示mi RNA SNPs的功能與作用顯得尤為重要。本研究的主要目的是探究位于mi R-1666前體區(qū)的SNP是否影響mi RNA成熟體的生成,揭示mi R-1666的生物學(xué)功能以及該SNP對mi R-1666功能的影響。該研究用生物信息學(xué)方法篩選出雞mi R-1666前體區(qū)存在的SNP,以河南省家禽種質(zhì)資源創(chuàng)新工程研究中心構(gòu)建的固始雞-安卡雞F2代資源群為研究材料,DNA測序和PCR-RFLP的方法鑒定出位于資源群mi R-1666基因的SNP并進(jìn)行基因分型,與資源群的肉質(zhì)性狀、生長性狀、屠體性狀等經(jīng)濟(jì)性狀進(jìn)行關(guān)聯(lián)分析初步揭示該SNP的功能;通過構(gòu)建mi R-1666不同等位基因的p EGFP-N1表達(dá)載體并轉(zhuǎn)染DF1細(xì)胞,用熒光定量的方法檢測該SNP對成熟mi RNA生成的影響;用雙熒光素酶報告系統(tǒng)結(jié)合熒光定量的方法鑒定和驗證mi R-1666的靶基因,并探究該SNP對mi R-1666靶基因調(diào)控的影響。本研究主要得到以下結(jié)果:1.生物信息學(xué)結(jié)合測序鑒定的方法在固始雞和安卡雞F2代資源群中檢測到唯一一個位于mi R-1666前體區(qū)上的突變位點即rs14120863(C/G)。與F2代資源群經(jīng)濟(jì)性狀關(guān)聯(lián)分析表明,該SNP與雞的半凈膛重、全凈膛重、胸肌重、腿肌重及部分體尺性狀包括脛圍、胸深、胸骨長和體斜長存在顯著關(guān)聯(lián),且CC型個體顯著優(yōu)于GG型。2.M-fold軟件預(yù)測顯示該SNP能夠引起堿基的錯配進(jìn)而產(chǎn)生一個新的凸起且該SNP改變了mi R-1666二級結(jié)構(gòu)的最低自由能,自由能由G等位基因的-37.5kcal/mol改變?yōu)镃等位基因的-35.2kcal/mol,二級結(jié)構(gòu)的穩(wěn)定性降低。熒光定量結(jié)果顯示固始-安卡雞F2代資源群中GG基因型個體胸肌組織樣中成熟mi R-1666的表達(dá)量顯著高于CC基因型;通過構(gòu)建mi R-1666不同等位基因的p EGFP-N1表達(dá)載體并轉(zhuǎn)染DF1細(xì)胞,熒光定量檢測表明G等位基因成熟mi R-1666的表達(dá)顯著高于C等位基因,與上述結(jié)果相符。結(jié)果表明mi R-1666前體區(qū)的rs14120863 SNP能夠影響成熟mi R-1666的生成。3.生物信息學(xué)的方法結(jié)合熒光定量技術(shù)篩選出ARF6,CBFB和TAB2為mi R-1666的候選靶基因,進(jìn)而通過構(gòu)建上述三個基因的psi-Check2雙熒光素酶報告載體,確定CBFB為mi R-1666的一個靶基因,而ARF6和TAB2并非其靶基因。最終通過熒光定量檢測mi R-1666不同等位基因?qū)Π谢駽BFB的調(diào)控作用,結(jié)果顯示該SNP能夠影響mi R-1666對CBFB的調(diào)控能力。由以上試驗結(jié)果,可得出如下結(jié)論:Mi R-1666前體區(qū)的SNP能夠改變成熟mi R-1666的表達(dá)量,進(jìn)而影響mi R-1666對靶基因CBFB的調(diào)控作用,由此可能導(dǎo)致該SNP與雞的體尺性狀顯著相關(guān),而在雞的生長發(fā)育過程中扮演重要的角色。
[Abstract]:Micro RNA(mi RNAs are noncoding RNAs with important posttranscriptional regulation functions identified in recent years, because of the large number of target genes in each mi RNA. The single Nucleotide polymorphism located on the mi RNA gene can change the processing process or the selection of target gene, thus affecting the function of the mi RNA. Therefore, it is very important to identify and reveal the function and function of mi RNA SNPs. The main purpose of this study was to investigate whether the SNP located in the precursor region of mi R-1666 affects the production of the mature body of mi R-1666, and to reveal the biological function of mi R-1666 and the effect of the SNP on the function of the R-1666. In this study, we used bioinformatics method to screen out the SNPs in the precursor region of chicken mi R-1666. Using the F _ 2 generation resource population of Gushi Chicken and Anka Chicken constructed by Henan Poultry Germplasm Resources Innovation Engineering Research Center as the research material, we sequenced the DNA and PCR-RFLP of the F _ 2 generation of Gushi Chicken and Anka Chicken. The SNP located in the resource group mi R-1666 was identified and genotyped. The function of SNP was preliminarily revealed by correlation analysis with the fleshy traits, growth traits and carcass traits of the resource group, and the expression vector of p EGFP-N1 of different alleles of mi R-1666 was constructed and transfected into DF1 cells. The effect of SNP on the production of mature mi RNA was detected by fluorescence quantitative method, and the target gene of mi R 1666 was identified and verified by double luciferase report system combined with fluorescence quantitative method, and the effect of this SNP on the regulation of target gene of mi R 1666 was investigated. The main results of this study are as follows: 1. Bioinformatics combined with sequencing method detected the only mutation site in F _ 2 resource population of Gushi chicken and Anka chicken in the precursor region of mi R-1666, which was rs14120863 / C / GG. The correlation analysis with F2 resource group showed that there were significant correlations between the SNP and the half weight, the whole weight, the breast muscle weight, the leg muscle weight and some body size traits, including tibia circumference, chest depth, sternum length and body oblique length. Moreover, CC type is superior to GG type .2.M-fold software in predicting that the SNP can cause base mismatch and then produce a new bulge, and the SNP changes the minimum free energy of the secondary structure of mi R-1666. The free energy changed from -37.5 kcal / mol of G allele to -35.2kcal / mol of C allele, and the stability of secondary structure decreased. The results of fluorescence quantitative analysis showed that the expression of mature miR-1666 in GG genotype individuals was significantly higher than that in CC genotype, and the expression vector of p EGFP-N1 with different alleles of miR-1666 was constructed and transfected into DF1 cells. Fluorescence quantitative analysis showed that the expression of mature mi R-1666 of G allele was significantly higher than that of C allele, which was consistent with the above results. The results showed that the rs14120863 SNP of the precursor region of mi R-1666 could affect the formation of mature mi R-1666. The candidate target genes of miR-1666 were screened by bioinformatics combined with fluorescence quantitative technique. Then, by constructing psi-Check2 double luciferase report vector of the three genes, CBFB was identified as a target gene of miR-1666. ARF6 and TAB2 are not their target genes. Finally, the regulatory effects of different alleles of miR-1666 on target gene CBFB were detected by fluorescence quantitative analysis. The results showed that the SNP could affect the regulatory ability of mi R-1666 to CBFB. From the above results, it can be concluded that the SNP of the precursor region of 1: Mi R-1666 can change the expression of mature mi R-1666, and then affect the regulation of the target gene CBFB by mi R-1666, which may lead to a significant correlation between the SNP and the body size traits of chicken. And play an important role in the growth and development of chickens.
【學(xué)位授予單位】：河南農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2015
【分類號】：S831

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 ;英國開發(fā)出基因檢測新技術(shù)[J];中國獸醫(yī)學(xué)報;2006年04期

2 霍金龍;苗永旺;曾養(yǎng)志;;基因突變的分子檢測技術(shù)[J];生物技術(shù)通報;2007年02期

3 李思經(jīng);;自動化基因增殖系統(tǒng)[J];生物技術(shù)通報;1988年08期

4 巨智勇;蛋白質(zhì)和基因的改造[J];國外畜牧學(xué)(草食家畜);1987年05期

5 郭月;;肉類防腐劑可能引起基因突變[J];農(nóng)村新技術(shù);2009年06期

6 ;美描繪出基因換位酶的立體結(jié)構(gòu)[J];中國家禽;2000年08期

7 付世耀;;遺傳學(xué)問題題解[J];江西農(nóng)業(yè)科技;1982年03期

8 樊震;基因突變的改進(jìn)[J];生物技術(shù)通報;1994年01期

9 廖曉蘭,朱水芳,羅寬;基因突變和單核苷酸多態(tài)性分析技術(shù)新進(jìn)展[J];湖南農(nóng)業(yè)大學(xué)學(xué)報(自然科學(xué)版);2002年05期

10 胡蘭,胡銳,王娜,崔明珠;MSTN基因的研究進(jìn)展[J];中國獸藥雜志;2004年01期

相關(guān)會議論文 前10條

1 吳雪瓊;張俊仙;李洪敏;梁建琴;鐘敏;王巍;;結(jié)核分支桿菌耐藥基因的研究[A];中國防癆協(xié)會全國學(xué)術(shù)會議大會學(xué)術(shù)報告[C];2001年

2 楊芳;金佩佩;王學(xué)鋒;丁秋蘭;王鴻利;李薇;王冠軍;;2例新的基因突變導(dǎo)致遺傳性蛋白S缺陷癥[A];第11次中國實驗血液學(xué)會議論文匯編[C];2007年

3 馮義國;白轉(zhuǎn)麗;肖生祥;譚升順;吳佳紋;;先天性厚甲癥Ⅰ型的基因突變研究[A];中華醫(yī)學(xué)會第14次全國皮膚性病學(xué)術(shù)年會論文匯編[C];2008年

4 劉第墉;;HOX基因熱潮:又一次爆發(fā)性抄炒[A];中國古生物學(xué)會第21屆學(xué)術(shù)年會論文摘要集[C];2001年

5 殷鑫湞;張寶榮;;脊髓小腦共濟(jì)失調(diào)7型的臨床特征及基因突變研究[A];第九次全國神經(jīng)病學(xué)學(xué)術(shù)大會論文匯編[C];2006年

6 陸舜;李子明;;驅(qū)動基因和轉(zhuǎn)化型研究的治療策略[A];第13屆全國肺癌學(xué)術(shù)大會論文匯編[C];2013年

7 呂鶴;呼群;袁云;;中國CADASIL的臨床和基因改變規(guī)律[A];第九次全國神經(jīng)病學(xué)學(xué)術(shù)大會論文匯編[C];2006年

8 沈楊;朱勇梅;樊星;施靜藝;王琴榮;顏曉菁;顧朝暉;王彥艷;陳冰;姜春雷;嚴(yán)晗;陳菲菲;陳海敏;陳竺;金潔;陳賽娟;;1185例急性髓細(xì)胞白血病基因突變和預(yù)后影響研究[A];第13屆全國實驗血液學(xué)會議論文摘要[C];2011年

9 楊芳;周榮富;付啟華;王學(xué)鋒;丁秋蘭;王鴻利;楊芳;李薇;王冠軍;;5例新的基因突變導(dǎo)致遺傳性抗凝血酶缺陷癥[A];中華醫(yī)學(xué)會第七次全國檢驗醫(yī)學(xué)學(xué)術(shù)會議資料匯編[C];2008年

10 周向平;張成;粱秀齡;;Charcot-Marie-Tooth病Cx32基因突變研究[A];第四次全國中西醫(yī)結(jié)合神經(jīng)系統(tǒng)疾病學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2002年

相關(guān)重要報紙文章 前10條

1 本報記者 李禾;吸煙導(dǎo)致的基因突變可代代相傳？[N];科技日報;2010年

2 實習(xí)生 劉冰玉;檢測癌癥基因能否一紙完成？[N];科技日報;2012年

3 記者 耿建擴(kuò) 通訊員 李晉陶 程益聰;人類8種新發(fā)基因突變被發(fā)現(xiàn)[N];光明日報;2013年

4 查莉 武佼芳;市中心醫(yī)院發(fā)現(xiàn)人類8種新發(fā)基因突變[N];邯鄲日報;2013年

5 吳汐;英科學(xué)家發(fā)現(xiàn)語言基因[N];遼寧日報;2001年

6 奇云;基因檢測預(yù)知疾病幾多風(fēng)險[N];大眾科技報;2007年

7 張?zhí)锟?基因的對壘與相互依存[N];大眾科技報;2000年

8 馬曉燕;查一下基因，，能預(yù)知你容易得啥病[N];新華每日電訊;2005年

9 本報記者 夏雄偉;我們走在國內(nèi)基因產(chǎn)業(yè)的最前列[N];證券時報;2000年

10 吉吉邋編譯;科學(xué)家已發(fā)現(xiàn)吸煙基因[N];第一財經(jīng)日報;2008年

相關(guān)博士學(xué)位論文 前10條

1 楊昭慶;云南省兩種遺傳性血液疾病的基因突變研究[D];中國協(xié)和醫(yī)科大學(xué);2001年

2 茅江峰;不同基因突變對特發(fā)性低促性腺激素性性腺功能減退癥患者的臨床特點、隱睪和生精療效的影響[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2013年

3 李冰;第一部分 原發(fā)性骨髓纖維化患者基因突變的研究 第二部分 原發(fā)性骨髓纖維化患者的細(xì)胞遺傳學(xué)研究 第三部分 血清鐵蛋白是中國骨髓增生異常綜合征中危-1組患者的獨立預(yù)后因素[D];北京協(xié)和醫(yī)學(xué)院;2014年

4 張軍航;肺癌組織中p16基因mRNA和蛋白表達(dá)及基因異常甲基化的研究[D];中國醫(yī)科大學(xué);2002年

5 段妍;單純型和顯性營養(yǎng)不良型大皰性表皮松解癥基因突變研究[D];南方醫(yī)科大學(xué);2014年

6 李紅梅;聯(lián)合檢測p53基因和端粒酶對肺癌的診斷意義[D];天津醫(yī)科大學(xué);2010年

7 李劍;Ndr2基因在人類淋巴造血系統(tǒng)中的功能研究[D];第四軍醫(yī)大學(xué);2002年

8 潘洪明;漢族人群RAGE基因和APE1基因多態(tài)性與肺癌易感性的關(guān)聯(lián)研究[D];大連理工大學(xué);2013年

9 陳棟;BRAF基因突變與惡性腫瘤的系統(tǒng)評價及其痕量檢測方法的構(gòu)建[D];第三軍醫(yī)大學(xué);2014年

10 尹光浩;非小細(xì)胞肺癌的磷酸化EGFR與EGFR基因突變的比較分析[D];吉林大學(xué);2009年

本文編號：1955883