本文選題：無特定病原體(SPF)大白豬 + SPF長白豬　； 參考：《農業(yè)生物技術學報》2017年05期

【摘要】：豬(Sus scrofa)白細胞抗原(swine leukocyte antigen,SLA)基因是引起異種移植細胞性免疫排斥的遺傳因素之一。為豐富經典實驗動物模型,解決異種器官移植模型缺乏問題,本研究采取實驗用無特定病原體(specific pathogen free,SPF)大白豬和長白豬抗凝血,分離外周血淋巴細胞,提取總RNA,反轉錄c DNA,設計特異性引物進行PCR擴增測序,獲得SLA-1基因,并進行特征分析。本研究共鑒定了16個SLA-1等位基因,各含有一個全長1 086 bp的完整開放閱讀框,核苷酸多樣度(nucleotide diversity,Pi)為0.045 59,單倍型多樣度(haplotype diversity,Hd)為0.000 49,平均核苷酸差異數(average number of nucleotide differences,K)為49.508,G+C含量高達60.9%。150個核苷酸變異位點中簡約信息位點(nucleotide parsimony informative sites,NPi)遠高于單一多態(tài)位點(nucleotide singleton variable sites,NS);共編碼361個氨基酸,產生82個突變,非同義突變(non-synonymous mutation sites,NSS)遠高于同義突變(synonymous mutation sites,SS)。SLA-1等位基因多態(tài)性集中在第2和3外顯子,33個關鍵氨基酸有9個保守位點,與人白細胞抗原-A(human leukocyte antigen-A,HLA-A)基因相同的位點有8個。HLA-A與β2-微球蛋白(β2-microglobulin,β2m)結合的19個氨基酸中,11個氨基酸與SPF大白豬和長白豬保持一致;人(Homo sapiens)和SPF大白豬、長白豬CD8分子與主要組織相容性復合體(major histocompatibility complex,MHC)結合的關鍵氨基酸位點高度保守,只有225(Thr/Ser)和228(Thr/Met)位點不同。系統(tǒng)進化樹表明,SPF大白豬和長白豬與Yucatan、韓國本地豬和梅山豬親緣關系較近。本研究成功鑒定了16個SLA-1等位基因,高度多態(tài),且SLA保留了HLA的部分功能位點。研究結果為構建動物模型以及相關的抗原遞呈和免疫應答反應提供遺傳學參考依據。
[Abstract]:Sus scrofaa (Sus scrofaa) WBC antigenine leukocyte antigeno gene is one of the genetic factors that cause cellular immune rejection in xenografts. In order to enrich the classical experimental animal model and solve the problem of lack of xenogeneic organ transplantation model, in this study, anticoagulant blood was isolated from peripheral blood lymphocytes of large white pigs and Landrace pigs without specific pathogen. Total RNAs were extracted, reverse transcripted c-DNAs were extracted, specific primers were designed for PCR amplification and sequencing, SLA-1 gene was obtained, and characteristic analysis was carried out. In this study, 16 SLA-1 alleles were identified, each containing a complete open reading frame with a length of 1 086 BP. The nucleotide diversity of nucleotide was 0.045 59, the haplotype site was 0.000 49, and the average nucleotide difference number was 49.508 G / C, which was much higher than that of nucleotide parsimony informative sitesophane (NPI). Nucleotide singleton variable sitesngs, encoding 361 amino acids, The allele polymorphism of non-synonymous mutation sites-1 was significantly higher than that of synonymous mutation SLA-1 in exons 2 and 3, and there were 9 conserved sites in 33 key amino acids. Among the 19 amino acids of HLA-A binding to 尾 2-microglobulin (尾 2 m), 11 amino acids were identical with SPF white pigs and Landrace pigs, and human homo sapiens and SPF white pigs. The key amino acid sites for the binding of Landrace pig CD8 molecule to major histocompatibility complex of major histocompatibility complex (MHC) are highly conserved, with only 225 THR / Sera and 228 THR / Metals different sites. Phylogenetic tree showed that SPF and Landrace pigs were closely related to Yucatan, Korean native pigs and Meishan pigs. In this study, 16 SLA-1 alleles were identified with high polymorphism, and SLA retained some functional sites of HLA. The results provide genetic reference for the establishment of animal models and related antigen presentation and immune response.
【作者單位】： 甘肅農業(yè)大學動物科學技術學院;中國農業(yè)科學院哈爾濱獸醫(yī)研究所/獸醫(yī)生物技術國家重點實驗室;牡丹江師范學院生命科學與技術學院;
【基金】：國家自然科學基金(No.31502039)
【分類號】：S828

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