本文選題：梅花鹿 + Y染色體��； 參考：《中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院》2016年碩士論文

【摘要】：梅花鹿(Cervus Nippon)屬于哺乳綱(Mammalia),偶蹄目(Artiodactyla),鹿科(Cerridae),鹿屬(Cervus),曾廣泛分布于亞洲東北部,從西伯利亞的烏蘇里江至越南北部,包括朝鮮半島、中國(guó)、日本、越南和俄羅斯。對(duì)于梅花鹿起源進(jìn)化的研究在考古學(xué)和分子遺傳學(xué)領(lǐng)域涉及很少,線(xiàn)粒體DNA的研究也僅能提供梅花鹿母系起源的分子證據(jù),仍需要利用Y染色體雄性特異區(qū)的多樣性的研究來(lái)提供梅花鹿父系起源的證據(jù)。本研究通過(guò)Y染色體的AMELY、DBY、SRY、USP9Y基因?qū)?個(gè)培育品種(敖東梅花鹿、東豐梅花鹿、四平梅花鹿、雙陽(yáng)梅花鹿、西豐梅花鹿、興凱湖梅花鹿)、1個(gè)培育品系(長(zhǎng)白山梅花鹿)、1個(gè)資源群體(東大梅花鹿)共690個(gè)個(gè)體的4794bp基因片段進(jìn)行測(cè)定,分析了8個(gè)梅花鹿群體Y染色體的單倍型多樣性,構(gòu)建系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù),探討了家養(yǎng)梅花鹿群體遺傳多樣性和父系起源。為我國(guó)梅花鹿遺傳資源保護(hù)、種質(zhì)創(chuàng)新及新品種培育提供重要的理論依據(jù),也為我國(guó)家養(yǎng)梅花鹿產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)、規(guī)范化發(fā)展提供數(shù)據(jù)支撐。8個(gè)梅花鹿群體Y染色體AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因擴(kuò)增片段總長(zhǎng)為4794bp,序列分析的堿基組成相似,A+T堿基含量為66.065%~66.070%,G+C堿基含量為33.930%~33.940%。敖東梅花鹿和雙陽(yáng)梅花鹿核酸歧異度最大(Dxy=0.00036);東大梅花鹿和西豐梅花鹿最小(Dxy=0.00017)。敖東梅花鹿和東豐梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性(π=0.00035),其次為長(zhǎng)白山梅花鹿(π=0.00027)。敖東梅花鹿和雙陽(yáng)梅花鹿遺傳距離最大(D=0.000357),西豐梅花鹿和東大梅花鹿遺傳距離較近(D=0.000174)。共發(fā)現(xiàn)了有8個(gè)變異位點(diǎn),其中在65、623、2989位置處出現(xiàn)了C-T轉(zhuǎn)換,在135位置處出現(xiàn)了T-G顛換,在811、3243位置處出現(xiàn)了A-T顛換,在1273、1941、位置處出現(xiàn)了A-G轉(zhuǎn)換,共定義了10個(gè)單倍型,單倍型所占的頻率分別為62.90%、13.33%、10.72%、6.96%、0.87%、1.01%、1.01%、1.74%、0.86%、5.80%。H2、H4、H1、H3為優(yōu)勢(shì)單倍型,所占頻率為6.96%~62.90%。其中興凱湖梅花鹿有6個(gè)單倍型(H1、H2、H3、H4、H8、H10),敖東梅花鹿有5個(gè)單倍型(H2、H4、H1、H3、H5),長(zhǎng)白山梅花鹿(繁榮梅花鹿)有4個(gè)單倍型(H2、H4、H1、H3),東大梅花鹿有4個(gè)單倍型(H2、H4、H1、H3),東豐梅花鹿有3個(gè)單倍型(H2、H1、H3),四平梅花鹿有6個(gè)單倍型(H2、H4、H1、H3、H6、H7),雙陽(yáng)梅花鹿有6個(gè)單倍型(H1、H2、H4、H5、H8、H9),西豐梅花鹿有4個(gè)單倍型(H2、H4、H1、H3);且單倍型H6和H7為四平梅花鹿獨(dú)有,所占頻率均為1.01%。單倍型H8為雙陽(yáng)梅花鹿獨(dú)有,所占頻率為1.74%。單倍型10為興凱湖梅花鹿獨(dú)有,所占頻率為0.58%。利用Mega 6.0軟件對(duì)所得到的AMELY、DBY、SRY、USP9Y基因片段序列進(jìn)行分析發(fā)現(xiàn),AMELY1基因片段存在的變異位點(diǎn)最多3個(gè),單倍型多樣性最豐富,而DBY、SRY、USP9Y基因片段僅存在1個(gè)變異位點(diǎn),也進(jìn)一步說(shuō)明8個(gè)梅花鹿遺傳背景相似,這與梅花鹿家養(yǎng)群體均來(lái)源于東北亞種的說(shuō)法相一致。AMELY1、AMELY2基因均顯示四平梅花鹿擁有1個(gè)單獨(dú)的單倍型。為進(jìn)一步完善對(duì)梅花鹿群體遺傳多樣性的分析,將5個(gè)Y染色體基因片段序列整合在一起,發(fā)現(xiàn)共有8個(gè)變異位點(diǎn),共定義了10個(gè)單倍型,四平梅花鹿與雙陽(yáng)梅花鹿均有6個(gè)單倍型,另外雙陽(yáng)梅花鹿與興凱湖梅花鹿均有自己獨(dú)特的單倍型。將所獲得的Y染色體AMELY1、AMELY2、DBY、SRY、USP9Y基因序列整合在一起,利用Mega 6.0軟件中的鄰接法NJ(Neighbor Joining)和最大似然法ML(Maximum Likeihood)對(duì)八個(gè)梅花鹿群體以及單倍型分別構(gòu)建分子系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)。NJ法和ML法構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)拓?fù)湫螤钜恢?并且都具有較高的置信度,分析表明,梅花鹿起源于2個(gè)父系,H3、H5、H9形成單系Ⅰ,H1、H2、H4、H6、H7、H8、H10、形成單系Ⅱ。結(jié)合最小跨度網(wǎng)絡(luò)圖,可推測(cè)H3、H5、H9是原始單倍型,其他單倍型由這3個(gè)單倍型進(jìn)化而來(lái)。利用Y染色體的不同基因片段分別分析梅花鹿群體的遺傳多樣性,分析結(jié)果顯示AMELY1、AMELY2、DBY 3個(gè)基因片段的結(jié)果相一致,東豐梅花鹿、敖東梅花鹿與其他梅花鹿群體間的遺傳距離相對(duì)較遠(yuǎn),東大梅花鹿與四平梅花鹿、雙陽(yáng)梅花鹿、西豐梅花來(lái)鹿、興凱湖梅花鹿遺傳距離較近,且東豐梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性。而SRY、USP9Y基因的結(jié)果顯示雙陽(yáng)梅花鹿與其他梅花鹿群體間的遺傳距離相對(duì)較遠(yuǎn),而且雙陽(yáng)梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性。為更準(zhǔn)確的描述8個(gè)梅花鹿群體間的遺傳關(guān)系,將5個(gè)Y染色體基因片段序列整合在一起,結(jié)果顯示雙陽(yáng)梅花鹿與敖東梅花鹿、東豐梅花鹿遺傳距離相對(duì)較遠(yuǎn),而其他梅花鹿群體間的遺傳距離較近,東豐梅花鹿、敖東梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性,其次為長(zhǎng)白山梅花鹿、雙陽(yáng)梅花鹿,該結(jié)果同時(shí)也是對(duì)單基因分析結(jié)果的綜合,由此認(rèn)為多基因片段綜合分析的結(jié)果更為準(zhǔn)確。
[Abstract]:In this study , the genetic diversity and paternal origin of Mei - ka deer population were analyzed . The results showed that the genetic diversity and the paternal origin of Mei - ka deer population were found in the study of genetic resources , germplasm innovation and new breed . The results show that the genetic distance between Sika deer and other plum - deer populations is relatively far . The results show that the genetic distance between Sika deer and other plum - deer populations is relatively far .
【學(xué)位授予單位】：中國(guó)農(nóng)業(yè)科學(xué)院
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2016
【分類(lèi)號(hào)】：S825

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本文編號(hào)：1928357