本文選題：梅花鹿 + Y染色體��； 參考：《中國農(nóng)業(yè)科學院》2016年碩士論文

【摘要】：梅花鹿(Cervus Nippon)屬于哺乳綱(Mammalia),偶蹄目(Artiodactyla),鹿科(Cerridae),鹿屬(Cervus),曾廣泛分布于亞洲東北部,從西伯利亞的烏蘇里江至越南北部,包括朝鮮半島、中國、日本、越南和俄羅斯。對于梅花鹿起源進化的研究在考古學和分子遺傳學領(lǐng)域涉及很少,線粒體DNA的研究也僅能提供梅花鹿母系起源的分子證據(jù),仍需要利用Y染色體雄性特異區(qū)的多樣性的研究來提供梅花鹿父系起源的證據(jù)。本研究通過Y染色體的AMELY、DBY、SRY、USP9Y基因?qū)?個培育品種(敖東梅花鹿、東豐梅花鹿、四平梅花鹿、雙陽梅花鹿、西豐梅花鹿、興凱湖梅花鹿)、1個培育品系(長白山梅花鹿)、1個資源群體(東大梅花鹿)共690個個體的4794bp基因片段進行測定,分析了8個梅花鹿群體Y染色體的單倍型多樣性,構(gòu)建系統(tǒng)進化樹,探討了家養(yǎng)梅花鹿群體遺傳多樣性和父系起源。為我國梅花鹿遺傳資源保護、種質(zhì)創(chuàng)新及新品種培育提供重要的理論依據(jù),也為我國家養(yǎng)梅花鹿產(chǎn)業(yè)的可持續(xù)、規(guī)范化發(fā)展提供數(shù)據(jù)支撐。8個梅花鹿群體Y染色體AMELY1、AMELY2、DBY、USP9Y、SRY基因擴增片段總長為4794bp,序列分析的堿基組成相似,A+T堿基含量為66.065%~66.070%,G+C堿基含量為33.930%~33.940%。敖東梅花鹿和雙陽梅花鹿核酸歧異度最大(Dxy=0.00036);東大梅花鹿和西豐梅花鹿最小(Dxy=0.00017)。敖東梅花鹿和東豐梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性(π=0.00035),其次為長白山梅花鹿(π=0.00027)。敖東梅花鹿和雙陽梅花鹿遺傳距離最大(D=0.000357),西豐梅花鹿和東大梅花鹿遺傳距離較近(D=0.000174)。共發(fā)現(xiàn)了有8個變異位點,其中在65、623、2989位置處出現(xiàn)了C-T轉(zhuǎn)換,在135位置處出現(xiàn)了T-G顛換,在811、3243位置處出現(xiàn)了A-T顛換,在1273、1941、位置處出現(xiàn)了A-G轉(zhuǎn)換,共定義了10個單倍型,單倍型所占的頻率分別為62.90%、13.33%、10.72%、6.96%、0.87%、1.01%、1.01%、1.74%、0.86%、5.80%。H2、H4、H1、H3為優(yōu)勢單倍型,所占頻率為6.96%~62.90%。其中興凱湖梅花鹿有6個單倍型(H1、H2、H3、H4、H8、H10),敖東梅花鹿有5個單倍型(H2、H4、H1、H3、H5),長白山梅花鹿(繁榮梅花鹿)有4個單倍型(H2、H4、H1、H3),東大梅花鹿有4個單倍型(H2、H4、H1、H3),東豐梅花鹿有3個單倍型(H2、H1、H3),四平梅花鹿有6個單倍型(H2、H4、H1、H3、H6、H7),雙陽梅花鹿有6個單倍型(H1、H2、H4、H5、H8、H9),西豐梅花鹿有4個單倍型(H2、H4、H1、H3);且單倍型H6和H7為四平梅花鹿獨有,所占頻率均為1.01%。單倍型H8為雙陽梅花鹿獨有,所占頻率為1.74%。單倍型10為興凱湖梅花鹿獨有,所占頻率為0.58%。利用Mega 6.0軟件對所得到的AMELY、DBY、SRY、USP9Y基因片段序列進行分析發(fā)現(xiàn),AMELY1基因片段存在的變異位點最多3個,單倍型多樣性最豐富,而DBY、SRY、USP9Y基因片段僅存在1個變異位點,也進一步說明8個梅花鹿遺傳背景相似,這與梅花鹿家養(yǎng)群體均來源于東北亞種的說法相一致。AMELY1、AMELY2基因均顯示四平梅花鹿擁有1個單獨的單倍型。為進一步完善對梅花鹿群體遺傳多樣性的分析,將5個Y染色體基因片段序列整合在一起,發(fā)現(xiàn)共有8個變異位點,共定義了10個單倍型,四平梅花鹿與雙陽梅花鹿均有6個單倍型,另外雙陽梅花鹿與興凱湖梅花鹿均有自己獨特的單倍型。將所獲得的Y染色體AMELY1、AMELY2、DBY、SRY、USP9Y基因序列整合在一起,利用Mega 6.0軟件中的鄰接法NJ(Neighbor Joining)和最大似然法ML(Maximum Likeihood)對八個梅花鹿群體以及單倍型分別構(gòu)建分子系統(tǒng)進化樹。NJ法和ML法構(gòu)建的系統(tǒng)進化樹拓撲形狀一致,并且都具有較高的置信度,分析表明,梅花鹿起源于2個父系,H3、H5、H9形成單系Ⅰ,H1、H2、H4、H6、H7、H8、H10、形成單系Ⅱ。結(jié)合最小跨度網(wǎng)絡(luò)圖,可推測H3、H5、H9是原始單倍型,其他單倍型由這3個單倍型進化而來。利用Y染色體的不同基因片段分別分析梅花鹿群體的遺傳多樣性,分析結(jié)果顯示AMELY1、AMELY2、DBY 3個基因片段的結(jié)果相一致,東豐梅花鹿、敖東梅花鹿與其他梅花鹿群體間的遺傳距離相對較遠,東大梅花鹿與四平梅花鹿、雙陽梅花鹿、西豐梅花來鹿、興凱湖梅花鹿遺傳距離較近,且東豐梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性。而SRY、USP9Y基因的結(jié)果顯示雙陽梅花鹿與其他梅花鹿群體間的遺傳距離相對較遠,而且雙陽梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性。為更準確的描述8個梅花鹿群體間的遺傳關(guān)系,將5個Y染色體基因片段序列整合在一起,結(jié)果顯示雙陽梅花鹿與敖東梅花鹿、東豐梅花鹿遺傳距離相對較遠,而其他梅花鹿群體間的遺傳距離較近,東豐梅花鹿、敖東梅花鹿具有最高的核苷酸多樣性,其次為長白山梅花鹿、雙陽梅花鹿,該結(jié)果同時也是對單基因分析結(jié)果的綜合,由此認為多基因片段綜合分析的結(jié)果更為準確。
[Abstract]:In this study , the genetic diversity and paternal origin of Mei - ka deer population were analyzed . The results showed that the genetic diversity and the paternal origin of Mei - ka deer population were found in the study of genetic resources , germplasm innovation and new breed . The results show that the genetic distance between Sika deer and other plum - deer populations is relatively far . The results show that the genetic distance between Sika deer and other plum - deer populations is relatively far .
【學位授予單位】：中國農(nóng)業(yè)科學院
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2016
【分類號】：S825

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