本文選題：BMPR-IB + 山羊　； 參考：《生物技術》2017年02期

【摘要】：[目的]利用生物信息學分析山羊BMPR-IB基因密碼子使用特征,對不同物種BMPR-IB基因通過不同的聚類方法進行分析。[方法]利用Usage Codon在線程序和Codon W軟件分析山羊和其他物種BMPR-IB基因對密碼子偏好性的使用情況,通過歐式平方距離和最小進化法分別進行聚類分析。[結果]山羊BMPR-IB基因無G/C堿基的使用傾向,GCC、CTG、CAG、CCC、AGA、AGT、GTG和TGA為山羊BMPR-IB基因的偏好密碼子,其余53種密碼子的使用較為均衡。通過最小進化法建立起來的不同物種間的系統(tǒng)發(fā)育分析結果與動物學分類一致,且不同物種BMPR-IB基因編碼蛋白表達水平存在種屬差異。[結論]BMPR-IB基因偏愛使用以A或T結尾的密碼子,基于歐式距離系數(shù)建立起來的聚類和最大似然法構建的聚類不一致,造成這種差異的原因可能是在進化過程中單基因突變所引起的。
[Abstract]:[objective] to analyze the codon usage characteristics of goat BMPR-IB gene by bioinformatics, and to analyze BMPR-IB gene of different species by different clustering methods. [methods] the use of codon preference of goat and other species BMPR-IB gene was analyzed by Usage Codon online program and Codon W software, and cluster analysis was carried out by Euclidean square distance and minimal evolution method. [results] there was no G / C base in goat BMPR-IB gene. The GCC-CTG, CAGCCC, AGAAGTG, GTG and TGA were the preferred codon of goat BMPR-IB gene, and the other 53 codon were more balanced. The phylogenetic analysis of different species established by minimum evolution method was consistent with zoological classification, and the expression level of BMPR-IB gene coding protein in different species was different in species. [conclusion] the codon ending in A or T is preferred by BMPR-IB gene. The clustering based on Euclidean distance coefficient is inconsistent with that constructed by maximum likelihood method. The difference may be caused by a single gene mutation during evolution.
【作者單位】： 河北農業(yè)大學動物科技學院;
【基金】：國家現(xiàn)代農業(yè)產業(yè)技術體系項目-絨毛用羊產業(yè)技術體系(“絨毛用羊關鍵基因發(fā)掘及其基因編輯研究”,No.CARS-40-04B)
【分類號】：Q78;S827

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本文編號：1891632