發(fā)布時間：2018-05-05 04:15

  本文選題：豬戊型肝炎病毒 + 全基因組序列��； 參考：《Journal of Zhejiang University-Science B(Biomedicine & Biotechnology)》2017年06期

【摘要】：目的:擴增浙江地區(qū)基因3型戊型肝炎病毒全基因組序列,分析其分子特征及與國內(nèi)外3型戊型肝炎病毒進行比較。創(chuàng)新點:首次分析報道浙江地區(qū)基因3型豬戊型肝炎病毒全序列。方法:利用套式PCR和末端快速擴增法對分離自浙江地區(qū)的戊型肝炎病毒進行分段擴增,經(jīng)克隆測序后拼接全基因組。進一步利用生物信息學方法對基因組結(jié)構(gòu)、開放閱讀框及其基因型等進行分析,并與國內(nèi)外戊型肝炎毒株進行比較分析。結(jié)論:浙江株戊型肝炎病毒(Zh J-PJ050-3)基因組由7223個核苷酸組成,其中3'非編碼區(qū)含有23個堿基的poly(A)尾。全基因組包含ORF1、ORF2和ORF3三個主要基因,長度分別為5109、1983和342 bp。進化分析顯示,ZhJ-PJ050-3為基因3型,與國內(nèi)唯一報道的上海株3型毒株以及多數(shù)日本毒株共屬3b亞型。與國內(nèi)外戊型肝炎序列比對發(fā)現(xiàn),ZhJ-PJ050-3基因組共有24個特有的點突變,且在ORF1中含有一個亮氨酸缺失。這些分子特征將為下一步的研究提供方向。
[Abstract]:Objective: to amplify the whole genome sequence of hepatitis E virus type 3 in Zhejiang province and analyze its molecular characteristics and compare it with that of hepatitis E virus type 3 at home and abroad. Innovation: the whole sequence of porcine hepatitis E virus type 3 in Zhejiang province was analyzed for the first time. Methods: hepatitis E virus isolated from Zhejiang province was amplified by nested PCR and terminal rapid amplification. The whole genome was cloned and sequenced. The genome structure, open reading frame and its genotypes were further analyzed by bioinformatics, and compared with those of hepatitis E virus strains at home and abroad. Conclusion: the Zh J-PJ050-3 genome of hepatitis E virus from Zhejiang province consists of 7223 nucleotides, of which the 3'noncoding region contains 23 base polymorphic DNA tails. The whole genome contains three major genes, ORF1 ORF2 and ORF3, with lengths of 5109 and 342bprespectively. Phylogenetic analysis showed that ZhJ-PJ050-3 was a gene type 3, which belonged to subtype 3b with the Shanghai strain 3 and most Japanese strains reported in China. Comparing with the sequence of hepatitis E at home and abroad, it was found that there were 24 unique point mutations in the ZhJ-PJ050-3 genome, and there was a leucine deletion in ORF1. These molecular characteristics will provide a direction for further research.
【作者單位】： Zhejiang
【基金】：supported by the Key Research and Development Program of Zhejiang Province(No.2015C02044) the National Key Technology R&D Program of China(No.2016YFD0501100) the National Natural Science Foundation of China(No.31301492) the Zhejiang Entry-Exit Inspection and Quarantine Bureau(No.2016-ZKZ-02),China
【分類號】：S852.65

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本文編號：1846155