本文選題：細毛羊 + 次級毛囊��； 參考：《甘肅農(nóng)業(yè)大學》2015年碩士論文

【摘要】：次級毛囊決定著細羊毛產(chǎn)量并對其纖維直徑具有重要的影響,闡明調(diào)控綿羊次級毛囊形態(tài)發(fā)生的分子機制,找到特異性調(diào)控綿羊次級毛囊生長發(fā)育的調(diào)控因子和功能基因,將為利用分子育種技術(shù)改良羊毛品質(zhì)提供可靠的科學依據(jù)。大量研究已經(jīng)證實LncRNA對器官形成、細胞分化和疾病發(fā)生等各種生理和病理過程都有重要的調(diào)控作用,但LncRNA對毛囊形態(tài)發(fā)生中的調(diào)控作用機制還知之甚少。因此本研究應(yīng)用基于高通量的鏈特異RNA-seq技術(shù)比較次級毛囊形態(tài)發(fā)生不同階段(形態(tài)發(fā)生前期-87d、基板期-96d)的皮膚轉(zhuǎn)錄組特征,將得到的Clean reads與綿羊參考基因組(Sheep Genome v3.1)進行比對。主要研究結(jié)果如下:(1)次級毛囊形態(tài)發(fā)生中主要RNA類型為mRNA,分別占Reads的61.92%、62.51%,未知的、潛在為LncRNA的Reads占36.41%、35.08%。用cufflinks篩選出了1288個候選LncRNA轉(zhuǎn)錄本,然后用CNCI分析、Pfam蛋白結(jié)構(gòu)域分析、phyloCSF分析剔除具有編碼潛能的候選轉(zhuǎn)錄本,共獲得LncRNA 884個,其中LincRNA 622個、intronic LncRNA188個、anti-sense LncRNA74個。(2)用EdgeR進行差異基因、LncRNA表達分析,顯著差異基因192個,其中上調(diào)67個,下調(diào)125個;顯著差異LncRNA 15個,其中上調(diào)6個、下調(diào)9個。選取10個差異基因、LncRNA進行鏈特異RT-PCR驗證,結(jié)果與測序結(jié)果基本吻合。(3)通過GO、KEGG等對差異表達基因進行功能富集類分析和調(diào)控通路分析,篩選得到的差異基因、LncRNA分別被富集到1023、191個GO term,136、12個Pathway。顯著富集的GO term分別157、32個,主要為甲酸脫氫酶復合物、轉(zhuǎn)錄調(diào)節(jié)、DNA依賴、陽離子結(jié)合等,顯著富集的信號通路為PPAR通路(padj0.05)。結(jié)果初步表明,在毛囊形態(tài)發(fā)生不僅受mRNA調(diào)控,而且LncRNA也參與其中,這些差異基因、LncRNA的發(fā)現(xiàn)將為進一步闡明毛囊形態(tài)發(fā)生的分子調(diào)控機制提供理論依據(jù)。
[Abstract]:The secondary hair follicles determine the yield of fine wool and have an important effect on the fiber diameter. The molecular mechanism of regulating the morphogenesis of the secondary hair follicles of sheep is clarified, and the regulatory factors and functional genes that specifically regulate the growth and development of the secondary hair follicles of sheep are found. It will provide reliable scientific basis for using molecular breeding technology to improve wool quality. A large number of studies have confirmed that LncRNA plays an important role in various physiological and pathological processes, such as organ formation, cell differentiation and disease development, but little is known about the regulatory mechanism of LncRNA on hair follicle morphogenesis. Therefore, a high-throughput strand specific RNA-seq technique was used to compare the skin transcriptional characteristics of secondary hair follicle morphogenesis at different stages (premorphogenetic stage -87 d, substrate stage -96 d). The obtained Clean reads was compared with sheep reference genome sheet Genome v3.1. The main results were as follows: (1) the main type of RNA in secondary hair follicle morphogenesis was mRNAs, which accounted for 61.92% of Reads and 62.51% of Reads, respectively, and 36.41% of Reads with unknown potential for LncRNA accounted for 35.08%. 1288 candidate LncRNA transcripts were screened by cufflinks, and 884 candidate transcripts with encoding potential were eliminated by CNCI analysis of Pfam protein domain. Among them, LincRNA 622 intronic LncRNA188 (anti-sense LncRNA74. 2) EdgeR was used to analyze the expression of differentially expressed LncRNAs. There were 192 significant differentially expressed genes, including 67 up-regulated genes and 125 down-regulated genes, and 15 significantly different LncRNA genes, including 6 up-regulated genes and 9 down-regulated genes. Ten differentially expressed genes (LncRNAs) were selected for RT-PCR validation. The results were in good agreement with the sequencing results. LncRNA was enriched to 1023191 go terms136and 12 Pathways, respectively. The significant enrichment of go term was 157,32, mainly formate dehydrogenase complex, transcriptional regulatory DNA-dependent, cationic binding, etc. The significantly enriched signal pathway was PPAR pathway padj 0.05. The results showed that hair follicle morphogenesis was not only regulated by mRNA, but also LncRNA was involved. The discovery of these differentially expressed genes, LncRNA, will provide a theoretical basis for further elucidating the molecular regulation mechanism of hair follicle morphogenesis.
【學位授予單位】：甘肅農(nóng)業(yè)大學
【學位級別】：碩士
【學位授予年份】：2015
【分類號】：S826

【共引文獻】

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本文編號：1833742