本文選題：蒙古馬 + miRNA��； 參考：《農(nóng)業(yè)生物技術(shù)學(xué)報(bào)》2017年04期

【摘要】：miRNA(micro RNA)是重要的轉(zhuǎn)錄后調(diào)控因子,在很多物種中已獲得鑒定,然而對(duì)馬(Equus caballus)的miRNA相關(guān)研究較少。本研究應(yīng)用Solexa測(cè)序技術(shù)對(duì)蒙古馬的8個(gè)組織混合樣小RNA進(jìn)行測(cè)序并做了相關(guān)的生物信息學(xué)分析。結(jié)果得到5 199 802個(gè)小RNA純凈序列(clean reads),經(jīng)過(guò)長(zhǎng)度分布統(tǒng)計(jì)和分類注釋后,將其與miRBase數(shù)據(jù)庫(kù)比對(duì)鑒定馬的239個(gè)保守miRNA。同時(shí),用Mireap軟件預(yù)測(cè)出510個(gè)miRNAs,其中238個(gè)miRNAs能與馬已知miRNA匹配,272個(gè)miRNA沒(méi)能匹配。使用miRanda軟件對(duì)預(yù)測(cè)出的所有miRNA進(jìn)行靶基因預(yù)測(cè),獲得23 037個(gè)靶基因和1 974 153個(gè)靶位點(diǎn)。本研究結(jié)果豐富了馬miRNA數(shù)據(jù)資源,為進(jìn)一步研究miRNA在馬生物學(xué)功能研究工作提供了理論依據(jù)。
[Abstract]:MiRNA(micro RNAs, an important posttranscriptional regulator, have been identified in many species, but there are few studies on miRNA related to Equus caballus. In this study, Solexa sequencing technique was used to sequence eight small RNA samples from Mongolian horse tissues and bioinformatics analysis was carried out. Results A total of 5 199802 small RNA pure sequences were obtained. After length distribution statistics and classification annotation, they were compared with miRBase database to identify 239 conserved miRNAs of horses. At the same time, 510 miRNAss were predicted by Mireap software, of which 238 miRNAs could match horse known miRNA, while 272 miRNA could not match. The target genes of all predicted miRNA were predicted by miRanda software, and 23 037 target genes and 1 974,153 target sites were obtained. The results of this study enriched horse miRNA data resources and provided theoretical basis for further study of miRNA in horse biological function.
【作者單位】： 內(nèi)蒙古農(nóng)業(yè)大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院/內(nèi)蒙古自治區(qū)蒙古馬遺傳資源保護(hù)及馬產(chǎn)業(yè)工程實(shí)驗(yàn)室;
【基金】：國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.31360538);國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目(No.31472070) 內(nèi)蒙古自治區(qū)科技廳重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室建設(shè)項(xiàng)目(No.20130902)
【分類號(hào)】：S821.2

【參考文獻(xiàn)】

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1 ;Small RNA transcriptome investigation based on next-generation sequencing technology[J];遺傳學(xué)報(bào);2011年11期

【二級(jí)參考文獻(xiàn)】

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2 ;第四屆RNA全國(guó)研討會(huì)大會(huì)報(bào)告日程安排[A];第四屆全國(guó)RNA進(jìn)展研討會(huì)論文集[C];2005年

3 ;Function of Transfer RNA Modifications in Plant Development[A];植物分子生物學(xué)與現(xiàn)代農(nóng)業(yè)——全國(guó)植物生物學(xué)研討會(huì)論文摘要集[C];2010年

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7 ;The stability of hepatitis C virus RNA in various handling and storage conditions[A];中國(guó)輸血協(xié)會(huì)第四屆輸血大會(huì)論文集[C];2006年

8 郭德銀;;RNA干擾在病毒研究和控制中的應(yīng)用[A];2006中國(guó)微生物學(xué)會(huì)第九次全國(guó)會(huì)員代表大會(huì)暨學(xué)術(shù)年會(huì)論文摘要集[C];2006年

9 甘儀梅;楊業(yè)華;王學(xué)奎;曹燕;楊特武;;棉花總RNA快速提取[A];中國(guó)棉花學(xué)會(huì)2007年年會(huì)論文匯編[C];2007年

10 ;Identification and characterization of novel interactive partner proteins for PCBP1 that is a RNA-binding protein[A];中國(guó)優(yōu)生優(yōu)育協(xié)會(huì)第四屆全國(guó)學(xué)術(shù)論文報(bào)告會(huì)暨基因科學(xué)高峰論壇論文專輯[C];2008年

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4 麥迪信;小分子RNA可能有大作用[N];醫(yī)藥經(jīng)濟(jì)報(bào);2003年

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5 范春節(jié);高通量測(cè)序鑒定毛竹小RNA及其功能分析[D];中國(guó)林業(yè)科學(xué)研究院;2012年

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本文編號(hào)：1821947