本文選題：豬流行性腹瀉病毒 + ORF基因��； 參考：《西北農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)》2017年07期

【摘要】：為研究2015年重慶市榮昌部分腹瀉豬場(chǎng)是否有豬流行性腹瀉病毒的感染與流行,對(duì)豬流行性腹瀉病毒ORF3(Open reading flame 3)基因進(jìn)行克隆及序列分析研究。通過(guò)從疑似流行性腹瀉病毒感染的豬場(chǎng)采集小腸組織,采用RT-PCR方法對(duì)豬流行性腹瀉病毒的ORF3基因進(jìn)行克隆。結(jié)果表明,所獲得的ORF3基因ORF長(zhǎng)675bp,編碼223個(gè)氨基酸。通過(guò)DNAMAN軟件分析,表明本研究中克隆的ORF3基因與CV777標(biāo)準(zhǔn)株(AF353511)的ORF3基因相似性為96.45%,與中國(guó)的NJ(KJ642645)的相似性最高,為99.41%,與attenuated DR13疫苗株(EU054930)相似性90.52%,而與CV777疫苗株(GU372744)相似性僅79.07%。系統(tǒng)進(jìn)化樹(shù)分析表明,該基因與中國(guó)毒株、韓國(guó)毒株以及美國(guó)分離株USA/Illinois 201/2014(KR265795)處于同一進(jìn)化分支上,而attenuated DR13疫苗株、CV777 truncated疫苗株和歐洲的CV777標(biāo)準(zhǔn)株處于另一個(gè)進(jìn)化分支上,說(shuō)明該基因與中國(guó)毒株、韓國(guó)毒株的遺傳距離最近。通過(guò)B細(xì)胞抗原表位預(yù)測(cè)分析,發(fā)現(xiàn)其氨基酸第65~68、114~116、137~140和150~154區(qū)域可能有潛在的優(yōu)勢(shì)抗原表位。成功克隆了豬流行性腹瀉病毒ORF3基因,說(shuō)明2015年重慶市榮昌部分腹瀉豬場(chǎng)存在豬流行性腹瀉病毒的感染。
[Abstract]:In order to study the infection and prevalence of porcine epidemic diarrhea virus (ORF3(Open reading flame 3) in Chongqing Rongchang Pig Farm in 2015, the ORF3(Open reading flame 3 gene was cloned and sequenced. The RT-PCR method was used to clone the ORF3 gene of porcine epidemic diarrhea virus (ECDV) by collecting small intestine tissue from pig farm suspected to be infected by epidemic diarrhea virus (ECDV). The results showed that the ORF3 gene ORF was 675 BP long and encoded 223 amino acids. The analysis of DNAMAN software showed that the similarity of ORF3 gene between the cloned ORF3 gene and CV777 standard strain AF353511) was 96.4545, the highest similarity was 99.41with attenuated DR13 vaccine strain EU054930), and the similarity with CV777 vaccine strain GU372744) was only 79.072744). Phylogenetic tree analysis showed that the gene was in the same evolutionary branch as the Chinese strain, Korean strain and American isolate USA/Illinois 2010 / 2014 KR265795, while the attenuated DR13 vaccine strain, CV777 truncated vaccine strain, and the European standard CV777 strain were in another evolutionary branch. The result showed that the genetic distance between the gene and the Chinese strain and Korean strain was the closest. Based on the prediction of B cell epitopes, it was found that the potential dominant epitopes were found in the amino acid regions 65M681144, 116137M140 and 150Mn-154. The successful cloning of porcine epidemic diarrhea virus (ORF3) gene indicated that swine epidemic diarrhea virus infection existed in some diarrhea pig farms in Rongchang Chongqing in 2015.
【作者單位】： 西南大學(xué)榮昌校區(qū)動(dòng)物醫(yī)學(xué)系;
【基金】：西南大學(xué)榮昌校區(qū)青年科學(xué)基金(RC20700925&RC20700421) 中央高�；緲I(yè)務(wù)費(fèi)專項(xiàng)基金(XDJK2015C032)~~
【分類號(hào)】：S852.651

【參考文獻(xiàn)】

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本文編號(hào)：1816165