VCAN及GRAMD3基因多態(tài)性及其與雞脛黑色素沉著的關(guān)系研究
本文選題:雞 + 腿脛。 參考:《華中農(nóng)業(yè)大學(xué)》2015年碩士論文
【摘要】:已有的研究推測(cè)VCAN 及 GRAMD3基因可能與黑色腿脛的形成有關(guān),本研究的目的是研究Verican (VCAN) 和 Gram domain containing 3 (GRAMD3)基因及其與雞脛色的關(guān)系;贜CBI的數(shù)據(jù),這兩個(gè)基因分別位于五號(hào)染色體(Z染色體、即性染色體)長(zhǎng)臂的14.3和23.2。本研究先利用DNA測(cè)序的方法在52只雞的Versican 和 GRAMD3基因上分別尋找SNP,結(jié)果共找到12個(gè)突變位點(diǎn),其中七個(gè)位于Versican、五個(gè)位于GRAMD3。分別對(duì)versican基因上的的內(nèi)含子3(T161 C),內(nèi)含子4(G 127 C),內(nèi)含子5(C 143 T),外顯子7(G 603 A),外顯子s8(G 290A),外顯子14(G 235 C),外顯子15(C 154 T)以及GRAMD3基因上的外顯子2(G 199T),內(nèi)含子4(C 81 G),外顯子6(G 111 C),內(nèi)含子9(C 128 T)and內(nèi)含子11(A84G)進(jìn)行分型。通過(guò)PCR-RFLP對(duì)多態(tài)進(jìn)行檢測(cè),并用Z檢驗(yàn)進(jìn)行分析,然后利用SPSS對(duì)檢驗(yàn)結(jié)果進(jìn)行顯著性分析。在這兩個(gè)基因中,我們鑒定出GRAMD3第四外顯子的非編碼區(qū)的單尾分析結(jié)果為顯著的P0.028717。該突變?yōu)闊o(wú)義突變,因此沒(méi)有改變編碼蛋白質(zhì)氨基酸序列的編碼區(qū)組成。但我們推測(cè)該突變可能是為雞脛色的連鎖標(biāo)記或者通過(guò)其他方式影響雞的脛色。
[Abstract]:It has been speculated that VCAN and GRAMD3 genes may be related to the formation of black leg shank. The purpose of this study is to study the relationship between Verican and Gram domain containing 3 GRAMD3) genes and their relationship with chicken shank color. Based on NCBI data, the two genes are located at 14. 3 and 23. 2 of the long arm of chromosome 5, Z, or sex chromosome, respectively. In this study, DNA sequencing was used to search for Versican and GRAMD3 genes in 52 chickens respectively. The results showed that there were 12 mutation sites in which seven were located in Versica anand five in GRAMD3. The intron 3(T161 C, intron 4G127C, intron 5C143T, exon 7G 603A, exon s8G290A, exon 14G235CU, exon 15C154T) and GRAMD3 gene exon 2G199TU, intron 4G81 GG, exon 15C154T, exon 7G 603A, exon 8G 290A, exon 14G 235CU, exon 15C154T) and exon 2G199TN, intron 4C81G, exon 15C154T, respectively. 6G 111C, intron 9 C 128 T)and intron 11A 84 G) were classified. The polymorphism was detected by PCR-RFLP, analyzed by Z test, and the significance was analyzed by SPSS. Among the two genes, we identified the single tail analysis of the non-coding region of the fourth exon of GRAMD3 as a significant P0.028717. The mutation is nonsense, so it does not change the coding region composition of amino acid sequence of encoding protein. However, we speculate that the mutation may be a linkage marker of chicken shank color or influence the shank color in other ways.
【學(xué)位授予單位】:華中農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】:碩士
【學(xué)位授予年份】:2015
【分類號(hào)】:S831
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,本文編號(hào):1798899
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