本文選題：鴨 + SCD基因�。� 參考：《南方農(nóng)業(yè)學(xué)報(bào)》2017年10期

【摘要】：【目的】分析鴨SCD1基因啟動(dòng)子多態(tài)性與血清生化指標(biāo)的遺傳效應(yīng),揭示鴨SCD1基因啟動(dòng)子的生理調(diào)控機(jī)制,為今后開(kāi)展畜禽SCD1基因研究及遺傳標(biāo)記選育提供參考依據(jù)。【方法】構(gòu)建基因組DNA池,利用PCR-RFLP結(jié)合DNA直接測(cè)序技術(shù)檢測(cè)鴨SCD1基因啟動(dòng)子區(qū)遺傳變異情況,采用Meg Align尋找SNP位點(diǎn),通過(guò)在線啟動(dòng)子分析軟件預(yù)測(cè)SNP位點(diǎn)對(duì)鴨SCD1基因啟動(dòng)子g.952260~g.954527區(qū)域轉(zhuǎn)錄因子的影響,并以SPSS 19.0分析啟動(dòng)子酶切位點(diǎn)變異對(duì)父母代櫻桃谷鴨血清生化指標(biāo)的遺傳效應(yīng)。【結(jié)果】從櫻桃谷鴨SCD1基因啟動(dòng)子g.952260~g.954527區(qū)域共檢測(cè)到11個(gè)SNPs位點(diǎn)。其中,g.952323CA和g.952661AG位點(diǎn)突變分別致使原有轉(zhuǎn)錄因子D1和Sp1消失;g.952702AG位點(diǎn)突變則產(chǎn)生新的轉(zhuǎn)錄因子TEC1;g.952591TC、g.952868AT、g.952869TG、g.952971GC和g.953301TC突變區(qū)域無(wú)轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn),也未產(chǎn)生新的轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn);g.952873TG和g.954401TC位點(diǎn)突變未引起轉(zhuǎn)錄因子改變;g.954239CT位點(diǎn)突變導(dǎo)致原有轉(zhuǎn)錄因子Sp1、Sp1、Tra-1和AP-2α改變?yōu)镾p1、Tra-1、ETF和Sp1。通過(guò)PCR-Bgl II-RFLP和直接測(cè)序比對(duì)分析,發(fā)現(xiàn)g.952868AT和g.952869TG雙堿基突變?cè)斐稍夹蛄蠥GT_(952868)G_(952869)CT突變成AGA_(952868)T_(952869)CT,而產(chǎn)生新的Bgl II酶切位點(diǎn),共產(chǎn)生3種基因型:CC(2268 bp)、CD(2268+1659+609 bp)和DD(1659+609 bp),2個(gè)等位基因(C和D)。CC基因型和C等位基因分別為優(yōu)勢(shì)基因型和優(yōu)勢(shì)等位基因,其頻率分別為0.710和0.805;有效等位基因數(shù)(Ne)和多態(tài)信息含量(PIC)分別為1.458和0.265,屬中度多態(tài)位點(diǎn);卡方(χ~2)檢驗(yàn)結(jié)果表明,Bgl II酶切位點(diǎn)突變所產(chǎn)生的基因型分布嚴(yán)重偏離哈代—溫伯格平衡(χ~2χ_(0.01)~2,P0.01)。Bgl II酶切位點(diǎn)變異與父母代櫻桃谷鴨血清生化指標(biāo)的關(guān)聯(lián)性分析結(jié)果表明,總體上以DD基因型櫻桃谷鴨的血清生化指標(biāo)略優(yōu)于其他兩種基因型。【結(jié)論】櫻桃谷鴨SCD1基因啟動(dòng)子g.952260~g.954527區(qū)域共篩查到11個(gè)SNPs位點(diǎn),其中g(shù).952868AT和g.952869TG位點(diǎn)變異產(chǎn)生新的Bgl II酶切位點(diǎn),且該酶切位點(diǎn)變異可能對(duì)鴨血清生化指標(biāo)有調(diào)控效應(yīng)。
[Abstract]:[objective] to analyze the genetic effect of duck SCD1 gene promoter polymorphism and serum biochemical index, and to reveal the physiological regulation mechanism of duck SCD1 gene promoter. [methods] Genomic DNA pool was constructed, PCR-RFLP combined with DNA direct sequencing technique was used to detect the genetic variation of duck SCD1 gene promoter region, and Meg Align was used to search for SNP locus. The effect of SNP locus on the transcription factors of g.952260~g.954527 region of duck SCD1 gene promoter was predicted by on-line promoter analysis software. SPSS 19.0 was used to analyze the genetic effect of promoter restriction site variation on the biochemical indexes of the blood of Cherry Valley duck. [results] A total of 11 SNPs loci were detected from the g.952260~g.954527 region of the SCD1 promoter of Cherry Valley duck. Among them, the mutation at the locus of G. 952323 CA and g.952661AG caused the mutation of the original transcription factor D1 and Sp1 to disappear. The mutation at the locus of g. 952702 AG produced a new transcription factor TEC1. 952591 TCU. 952868 ATG. 952869 TGN. 952971 GC and g.953301TC mutation region had no transcription factor binding sites. No new transcriptional factor binding sites, such as G. 952873 TG and g.954401TC, were found. No changes in transcription factors were found. The mutation of the original transcription factors Sp1, SP1, Tra-Tra-1 and AP-2 偽 resulted in the changes of the original transcription factors, Sp1P1-Tra-1ETFs and Sp1. By PCR-Bgl II-RFLP and direct sequencing alignment analysis, it was found that g.952868AT and g.952869TG double base mutations caused the original sequence AGT_(952868)G_(952869)CT to mutate into AGAS / s 952868 / CTT, resulting in the production of new Bgl II restriction sites. There were three genotypes: CC-2268bpC2268 1659 609bp) and DD(1659 609bp1. The two alleles were dominant genotype and dominant allele C, D).CC genotype and C allele, respectively, and the two alleles were dominant genotypes and dominant alleles, respectively. Its frequencies were 0.710 and 0.805, and the effective alleles and polymorphic information content (Pi) were 1.458 and 0.265, respectively, which were moderately polymorphic. The results of chi-square test (蠂 ~ 2) showed that the genotype distribution of BGL II restriction site mutation deviated seriously from the Hardy-Weinberg equilibrium (蠂 ~ 2 蠂 ~ 2 蠂 ~ (2) 蠂 ~ (2)) (蠂 ~ (2) 蠂 ~ (2) 蠂 ~ (2)) (蠂 ~ (2) 蠂 ~ (2)) (蠂 ~ (2) 蠂 ~ (2)). In general, the serum biochemical indexes of Cherry Valley duck with DD genotype were slightly superior to those of the other two genotypes. [conclusion] there were 11 SNPs loci screened in the g.952260~g.954527 region of the SCD1 promoter of Cherry Valley duck, in which g.952868AT and g.952869TG loci mutated to produce new Bgl II restriction sites. Moreover, the variation of the restriction site may have a regulatory effect on the biochemical indexes of duck serum.
【作者單位】： 貴州大學(xué)動(dòng)物科學(xué)學(xué)院;高原山地動(dòng)物遺傳育種與繁殖省部共建教育部重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;六盤(pán)水市草地工作站;貴陽(yáng)市花溪區(qū)農(nóng)業(yè)局;
【基金】：教育部博士點(diǎn)基金項(xiàng)目(20115201120004) 貴州大學(xué)研究生創(chuàng)新基金項(xiàng)目(研農(nóng)2015025)
【分類(lèi)號(hào)】：S834

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本文編號(hào)：1794832