本文選題：豬 + 巴馬香豬　； 參考：《江西農(nóng)業(yè)大學(xué)》2017年碩士論文

【摘要】：拷貝數(shù)變異(copy number variation,CNV)是一種結(jié)構(gòu)變異,具有可遺傳性、相對穩(wěn)定性和高度異質(zhì)性,并以多種形式廣泛地存在基因組范圍內(nèi)。前人的研究顯示CNV與畜禽的健康狀況、生產(chǎn)性能等密切相關(guān)。豬作為一種非常重要的農(nóng)業(yè)動物,對其進行CNV檢測及其與生產(chǎn)性狀的關(guān)聯(lián)分析具有重要意義。目前,對豬CNV的檢測大部分是基于Illumina公司推出的豬60K SNP芯片。由于60K芯片的標記密度相對比較低,相鄰標記之間的間隔較大,導(dǎo)致CNV的檢測效率較低。本研究利用Affymatrix公司定制的1.4M SNP芯片數(shù)據(jù),采用PennCNV和R-GADA兩種軟件,對中國地方豬種巴馬香豬進行CNV檢測,并把相互重疊的CNV所在的區(qū)域稱為(copy number variation region,CNVR)。PennCNV軟件共檢測到了6237個CNV,它們構(gòu)成了795個CNVR。R-GADA軟件共檢測到3489個CNV,它們構(gòu)成了340個CNVR,其中226個CNVR與PennCNV一致。本研究還考察了不同標記密度對拷貝數(shù)檢測率的影響。隨著SNP密度的增加,CNV的檢測率不斷上升。因此,1.4M SNP標記沒有達到標記飽和的程度,增加標記,還可以進一步提高CNV的檢測率。最后將檢測到的CNVR與肩胛骨、臂骨、前臂骨、股骨和小腿骨5塊四肢骨骼長度進行關(guān)聯(lián)分析,在2、5和7號等染色體上共檢測到18個與四肢骨骼長度顯著關(guān)聯(lián)(P0.05)的CNVR。本研究利用1.4M高密度SNP芯片的數(shù)據(jù)對巴馬香豬進行CNV檢測,繪制了巴馬香豬CNVR圖譜。在1.4M SNP標記的基礎(chǔ)上增加標記,還可以進一步提高CNV的檢測率。通過關(guān)聯(lián)分析,鑒定了18個與四肢骨骼長度顯著關(guān)聯(lián)的CNVR。本研究結(jié)果為巴馬香豬品種特異性研究以及四肢骨骼長度的分子育種提供了重要參考。
[Abstract]:Copy number variation (number) is a structural variation with heritability, relative stability and high heterogeneity, and exists in a wide range of genomes in a variety of forms.Previous studies have shown that CNV is closely related to the health status and production performance of livestock and poultry.As a very important agricultural animal, it is of great significance to detect pig by CNV and to analyze its association with production traits.At present, the detection of pig CNV is mostly based on 60 K SNP chip produced by Illumina.Because the labeling density of 60K chip is relatively low and the interval between adjacent markers is large, the detection efficiency of CNV is low.In this study, using the 1.4 M SNP chip data customized by Affymatrix Company, using two kinds of software, PennCNV and R-GADA, we detected the CNV of Chinese local pig Bama Xiang pig.The overlapping region of CNV is called copy number variation region CNVRV. PennCNV software detects 6237 CNVs, and they make up 795 CNVR.R-GADA softwares to detect a total of 3489 CNVs, and they constitute 340 CNVs, of which 226 CNVR are consistent with PennCNV.The effect of different labeling density on copy number detection rate was also investigated.The detection rate of SNP is increasing with the increase of density.Therefore, 1.4m SNP marker did not reach the saturation level, and the detection rate of CNV could be further improved by adding the marker.Finally, the detected CNVR was correlated with the bone length of 5 limbs, such as scapula, arm, forearm, femur and leg. A total of 18 CNVRs with significant association with limb bone length (P0.05) were detected on chromosome 2Q5 and chromosome 7.In this study, the data of 1.4 M high density SNP chip were used to detect the CNV of Bama Xiang pig, and the CNVR map of Bama Xiang pig was plotted.The detection rate of CNV can be further improved by adding the tag on the basis of 1.4m SNP marker.By association analysis, 18 CNVRs with significant association with limb bone length were identified.The results of this study provide important references for the study of breed specificity and molecular breeding of limb bone length in Bama Xiang pig.
【學(xué)位授予單位】：江西農(nóng)業(yè)大學(xué)
【學(xué)位級別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號】：S828

【參考文獻】

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本文編號：1740795