本文選題：大腸桿菌O∶H　切入點(diǎn)：轉(zhuǎn)錄組　出處：《中國畜牧獸醫(yī)》2017年06期

【摘要】：為了解大腸桿菌O157∶H7毒力差異株轉(zhuǎn)錄組差異,豐富O157∶H7轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)信息,本研究采用Illumina HiSeqTM2000平臺對兩株大腸桿菌O157∶H7毒力差異株進(jìn)行高通量測序,測序數(shù)據(jù)采用測序評估、基因功能注釋等生物信息學(xué)方法進(jìn)行分析。結(jié)果發(fā)現(xiàn),經(jīng)過測序,兩個(gè)菌株分別獲得3 113 118和2 944 912條reads,比對到參考基因組上的reads分別占總reads的83.76%和78.97%。以中等毒力株為參考,在高毒力株中共獲得941個(gè)差異表達(dá)基因,其中上調(diào)基因637個(gè),下調(diào)基因304個(gè)。GO功能注釋分析表明,差異表達(dá)基因主要與催化活性功能、黏附、轉(zhuǎn)運(yùn)活性、受體活性、酶調(diào)節(jié)活性、定位、生化調(diào)節(jié)、運(yùn)動等諸多生理生化過程相關(guān);KEGG富集分析發(fā)現(xiàn)共有425個(gè)基因注釋到160個(gè)代謝通路中,其中新陳代謝、核糖體、鞭毛合成、嘧啶代謝、糖類代謝、細(xì)菌趨化等通路顯著富集。此次通過大腸桿菌O157∶H7毒力差異株轉(zhuǎn)錄組研究對差異表達(dá)基因涉及的信號調(diào)控及可能的功能基因進(jìn)行了探索,豐富了轉(zhuǎn)錄組信息,為進(jìn)一步開展大腸桿菌O157∶H7毒力相關(guān)基因的研究及分子調(diào)控機(jī)制奠定了基礎(chǔ)。
[Abstract]:In order to understand the virulence of Escherichia coli O157: H7 strains transcriptome differences, rich O157: H7 transcriptome data, this study uses the Illumina HiSeqTM2000 platform of two strains of Escherichia coli O157: H7 virulence strains were high-throughput sequencing, sequencing data by sequencing evaluation, gene function annotation methods, bioinformatics analysis results. Found that, after sequencing, two strains were respectively 3113118 and 2944912 reads, compared to the reference genome reads accounted for 83.76% of total reads and 78.97%. in the middle of a virulent strain as a reference, 941 differentially expressed genes in the high virulent strains, including 637 up-regulated genes and 304 down regulated genes.GO functional annotation analysis show that the differentially expressed genes mainly related to catalytic activity, transporter activity, adhesion, receptor activity, enzyme regulator activity, localization, biochemical regulation, movement and many other physiological and biochemical processes; KEGG enrichment analysis showed that there were 425 genes annotated to 160 metabolic pathways, including flagellar synthesis, ribosome, The new supersedes the old., pyrimidine metabolism, carbohydrate metabolism, bacterial chemotaxis pathway. The significant enrichment of Escherichia coli O157: H7 virulence difference of plant transcriptome studies on differential expression genes involved in signal regulation and gene function may be explored to enrich the transcriptome information for the further development of Escherichia coli O157: laid the foundation for research and molecular regulation mechanism of H7 gene related to virulence.

【作者單位】： 廣西獸醫(yī)研究所;廣西獸醫(yī)生物技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室;廣西大學(xué)動物科學(xué)技術(shù)學(xué)院;
【基金】：廣西科技廳攻關(guān)項(xiàng)目(桂科攻0719004-3C) 廣西畜禽疫苗新技術(shù)重點(diǎn)實(shí)驗(yàn)室專項(xiàng)(14-045-31-B-4)
【分類號】：S852.61

【相似文獻(xiàn)】

相關(guān)期刊論文 前10條

1 楊旭芹,梁光軍,張小榮,文其乙,劉秀梵;H7亞型禽流感病毒血凝素基因的真核表達(dá)載體的構(gòu)建及鑒定[J];中國家禽;2004年S1期

2 姚斐,沙莎,陳剛,紀(jì)偉尚,徐懷恕;間接酶聯(lián)免疫吸附技術(shù)檢測活的非可培養(yǎng)狀態(tài)的大腸桿菌O157:H7[J];青島海洋大學(xué)學(xué)報(bào)(自然科學(xué)版);2001年02期

3 李永紅;;中國部分地區(qū)人群和動物中腸出血性大腸埃希菌O157∶H7分布特征[J];疾病監(jiān)測;2008年07期

4 張建群;羅學(xué)輝;顧文珍;徐景野;;1株腸出血性大腸桿菌O157∶H7檢測及菌株特征[J];浙江預(yù)防醫(yī)學(xué);2011年12期

5 徐建國;第三講　O157 : H7 大腸桿菌和腸出血性大腸桿菌[J];疾病監(jiān)測;1997年06期

6 徐建國;第三講 O157∶H7大腸桿菌和腸出血性大腸桿菌[J];疾病監(jiān)測;1997年07期

7 顧寶柯,王春宴,李生,謝梅雯;家畜、家禽腸出血性大腸桿菌O157∶H7的監(jiān)測[J];疾病監(jiān)測;2000年06期

8 龔云偉,王平,劉紅,喬鳳娟;腸出血性大腸桿菌O157∶H7監(jiān)測及分析[J];微生物學(xué)雜志;2004年05期

9 宋宏新,程軍表;腸出血性大腸桿菌O157∶H7特異性脂多糖抗原的制備[J];中華微生物學(xué)和免疫學(xué)雜志;2005年10期

10 徐義剛;崔麗春;李蘇龍;于恒純;李丹丹;謝曉峰;姜艷春;;腸出血性大腸埃希菌O157∶H7環(huán)介導(dǎo)恒溫?cái)U(kuò)增快速檢測方法的建立與應(yīng)用[J];中國人獸共患病學(xué)報(bào);2010年07期

相關(guān)會議論文 前6條

1 夏興霞;王永山;孟祥升;朱國強(qiáng);張雪寒;何孔旺;;大腸桿菌O157:H7單克隆抗體膠體金免疫層析檢測試紙條的研制[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會動物傳染病學(xué)分會第十二次人獸共患病學(xué)術(shù)研討會暨第六屆第十四次教學(xué)專業(yè)委員會論文集[C];2012年

2 劉潔;夏興霞;王永山;張雪寒;費(fèi)榮梅;何孔旺;;大腸桿菌O157:H7抗體膠體金免疫層析檢測試紙條的研制[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會獸醫(yī)公共衛(wèi)生學(xué)分會第二次學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2010年

3 劉潔;夏興霞;王永山;張雪寒;費(fèi)榮梅;何孔旺;;大腸桿菌O157:H7抗體膠體金免疫層析檢測試紙條的研制[A];中國畜牧獸醫(yī)學(xué)會動物傳染病學(xué)分會第四次豬病防控學(xué)術(shù)研討會論文集[C];2010年

4 陳雅君;段志剛;魏戰(zhàn)勇;王亞賓;崔保安;張龍現(xiàn);陳麗穎;胡慧;;動物源大腸桿菌O157，

本文編號：1656987