本文選題：PRV　切入點(diǎn)：轉(zhuǎn)錄組　出處：《蘭州大學(xué)》2017年碩士論文　論文類型：學(xué)位論文

【摘要】：偽狂犬病毒(Pseudorabies virus,PRV)是偽狂犬病的病原體,屬于皰疹病毒科,皰疹病毒屬。豬感染PRV后其臨床伴有發(fā)熱、流產(chǎn)和死胎等癥狀,給養(yǎng)豬業(yè)帶來嚴(yán)重的經(jīng)濟(jì)損失。轉(zhuǎn)錄組是指在一定的生長發(fā)育時(shí)期或生理?xiàng)l件下,細(xì)胞中所有轉(zhuǎn)錄物的總稱。目前偽狂犬病毒感染宿主細(xì)胞轉(zhuǎn)錄組學(xué)的相關(guān)研究較少。本研究對(duì)PRV感染12h(P-12)和PRV感染18h(P-18)的豬腎上皮細(xì)胞PK-15進(jìn)行轉(zhuǎn)錄組測序,并對(duì)測序數(shù)據(jù)進(jìn)行分析,包括測序數(shù)據(jù)統(tǒng)計(jì)與評(píng)估、數(shù)據(jù)比對(duì)質(zhì)量評(píng)估、基因表達(dá)水平及差異分析、InterProScan功能注釋、GO功能分析、KEGG通路分析。研究結(jié)果表明:(1)與對(duì)照組相比,感染PRV 12h后,發(fā)現(xiàn)18546個(gè)顯著差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本,包含17427個(gè)新轉(zhuǎn)錄本,注釋到基因組的參考基因1119個(gè);其中17255個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平發(fā)生上調(diào),1291個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平發(fā)生下調(diào)。同樣感染PRV18h后,發(fā)現(xiàn)47318個(gè)顯著差異表達(dá)轉(zhuǎn)錄本,包含44993個(gè)新轉(zhuǎn)錄本,注釋到基因組的參考基因2325個(gè);其中44727個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平上調(diào),2591個(gè)基因轉(zhuǎn)錄水平下調(diào)。(2)轉(zhuǎn)錄組測序后,對(duì)IRF3、STAT6和PKR進(jìn)行RT-PCR驗(yàn)證,結(jié)果表明IRF3基因出現(xiàn)上調(diào),STAT6,PKR基因出現(xiàn)下調(diào)。這些研究結(jié)果為進(jìn)一步了解偽狂犬病毒感染宿主細(xì)胞的作用機(jī)制提供了理論參考。自噬是調(diào)控哺乳動(dòng)物蛋白質(zhì)被細(xì)胞器降解的代謝途徑,大量研究表明自噬對(duì)于維持機(jī)體組織細(xì)胞和生物體內(nèi)的平衡極其重要。研究表明多種病毒感染與自噬密切相關(guān),PRV與自噬的關(guān)系目前還沒有相關(guān)的報(bào)道。本研究首先探索了PRV能否誘導(dǎo)自噬。我們選取了豬腎上皮細(xì)胞(PK-15)作為試驗(yàn)材料,PK-15感染PRV后,對(duì)不同時(shí)間點(diǎn)的自噬相關(guān)蛋白LC3和p62進(jìn)行檢測,發(fā)現(xiàn)p62沒有發(fā)生明顯變化;病毒感染8h后,LC3II減少;病毒感染20h后,LC3II增加。實(shí)驗(yàn)結(jié)果表明,病毒感染8h時(shí)抑制自噬,病毒感染20h時(shí)促進(jìn)自噬。通過對(duì)偽狂犬病毒和自噬的探究,為控制PRV感染提供了有益的參考。
[Abstract]:Pseudorabies virus (PRV) is the pathogen of pseudorabies virus (PRV), which belongs to the family Herpesviridae. After infection with PRV, pigs have clinical symptoms such as fever, abortion and stillbirth. Serious economic losses to the pig industry. Transcriptome refers to a certain period of growth or physiological conditions, At present, there are few studies on transcriptome of pseudorabies virus infected host cells. In this study, the transcriptome of porcine renal epithelial cells (PK-15) infected with PRV and PRV were sequenced and the sequencing data were analyzed. Including sequencing data statistics and evaluation, data comparison quality assessment, gene expression level and differential analysis InterProScan functional annotation go functional analysis KEGG pathway analysis. The results showed that compared with the control group, PRV infection was 12 h after infection. It was found that 18 546 differentially expressed transcripts, including 17 427 new transcripts, were annotated with 1119 reference genes in the genome, of which 17 255 genes were up-regulated and 1 221 genes were down-regulated. We found 47318 differentially expressed transcripts, including 44993 new transcripts, 2325 reference genes annotated in the genome, of which 44727 genes were up-regulated and 2591 genes were down-regulated. The transcriptome was sequenced, and IRF3mSTAT6 and PKR were verified by RT-PCR. The results showed that IRF3 gene up-regulated STAT6PKR gene down-regulation. These results provide a theoretical reference for further understanding the mechanism of pseudorabies virus infection on host cells. Autophagy is the regulation of mammalian protein stromal cells. Metabolic pathways for organ degradation, A large number of studies have shown that autophagy is extremely important in maintaining the balance between organism, tissue, cells and organisms. Studies have shown that multiple viral infections are closely related to autophagy. There is no report on the relationship between PRV and autophagy. We first explored whether PRV could induce autophagy. We selected porcine renal epithelial cells (PK-15) as experimental material to infect PRV. The detection of autophagy associated protein LC3 and p62 at different time points showed that p62 did not change significantly; the number of p62 decreased after 8h of virus infection, and the increase of LC3II increased after 20 h of virus infection. The results showed that the inhibition of autophagy was observed at 8h of viral infection. The study of pseudorabies virus and autophagy provided a useful reference for the control of PRV infection.
【學(xué)位授予單位】：蘭州大學(xué)
【學(xué)位級(jí)別】：碩士
【學(xué)位授予年份】：2017
【分類號(hào)】：S852.65

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本文編號(hào)：1649403