2014年~2016年某大型規(guī)模化豬場豬繁殖與呼吸綜合征病毒的遺傳演化分析
本文選題:豬繁殖與呼吸綜合征病毒 切入點:NSP 出處:《中國預(yù)防獸醫(yī)學(xué)報》2017年01期 論文類型:期刊論文
【摘要】:為研究近年來豬繁殖與呼吸綜合征病毒(PRRSV)在規(guī);i場的變異情況,本研究對華北某規(guī);i場2014年~2016年采集的117份疑似PRRS的病料進(jìn)行PCR檢測,結(jié)果陽性病料57份,并對陽性病料中PRRSV的NSP2基因和ORF5基因測序分析。結(jié)果顯示,43份陽性病料中的PRRSV為NSP2缺失1+29個氨基酸,與HP-PRRSV的缺失相同,其NSP2基因區(qū)與HP-PRRSV Hu N4株的同源性為93.6%~99.6%;而其余的14份陽性樣品中的病毒NSP2則為缺失111+1+19個氨基酸,與PRRSV NADC30株的缺失相同,NSP2基因區(qū)同源性為92.3%~92.9%,ORF5基因同源性為93.8%~94.8%。此外,在2016年檢測到的4份陽性病料,基于NSP2基因構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹顯示其屬于HP-PRRSV亞群,但基于ORF5基因構(gòu)建的系統(tǒng)進(jìn)化樹結(jié)果顯示,這些病毒則與國內(nèi)近年來在香港、臺灣以及華南地區(qū)流行的低致病力PRRSV GM2株(譜系3)同源性最高,核苷酸同源性為96.7%~97.0%。以上結(jié)果表明2014年以來同一豬場內(nèi)的PRRSV變異呈多樣性,并且出現(xiàn)了兩類新的PRRSV變異株。
[Abstract]:In order to study the variation of porcine reproductive and respiratory syndrome virus (PRRSVV) in large scale pig farm in recent years, 117 samples of suspected PRRS collected from a large scale pig farm in North China were detected by PCR from 2014 to 2016. The NSP2 gene and ORF5 gene of PRRSV were sequenced and analyzed. The results showed that the PRRSV of 43 samples was NSP2 deletion of 129 amino acids, which was the same as that of HP-PRRSV. The homology of the NSP2 gene region with HP-PRRSV Hu N4 strain was 93.66.The virus NSP2 in the remaining 14 positive samples was 111,19 amino acids deletion, and the homology of the same nucleotide sequence of NSP2 gene with that of the PRRSV NADC30 strain was 93.894.88.In addition, the homology of the NSP2 gene region was 93.894.85.In addition, the homology of the NSP2 gene region with that of the PRRSV NADC30 strain was 93.894.894. In 2016, the phylogenetic tree constructed based on NSP2 gene showed that it belonged to HP-PRRSV subgroup, but the phylogenetic tree based on ORF5 gene showed that these viruses were similar to those in Hong Kong in recent years. The PRRSV GM2 strains with low pathogenicity (lineage 3) have the highest homology and the nucleotide homology is 96.77.00 in Taiwan and South China. The above results indicate that the PRRSV mutation in the same pig farm has been diverse since 2014, and two new PRRSV variants have appeared.
【作者單位】: 中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院哈爾濱獸醫(yī)研究所;南陽師范學(xué)院;中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院上海獸醫(yī)研究所;
【基金】:國家自然科學(xué)基金(31270045);國家自然科學(xué)基金(31502097)
【分類號】:S852.651
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